在庄严肃穆的道教三清大殿中，通常供奉着神态端庄的三位尊神，这就是道教的最高尊神“三清祖师”。站在三清大殿大门看，三清即玉清元始天尊神像在大殿居中间、上清灵宝天尊神像在大殿居左、太清道德天尊神像在大殿居右，三清为道家哲学“三一”学说的象征。《道德经》第四十二章曰：“道生一，一生二，二生三，三生万物，万物负阴而抱阳，冲气以为和。”由无名大道化生混沌元气，由元气化生阴阳二气，阴阳之相和，生天下万物。第十四章又说：“视之不见名曰夷，听之不闻名曰希，搏之元始天尊不得名曰微。此三者不可致诘，故混而为一，”认为一化为三，三合为一，“用则分三，本则常一”。
后来道教以此衍化出居于三清胜境的三位尊神。因此“三清”尊神在道教神仙体系中位为最尊，《道教义枢》卷七引《太真科》说：“大罗生始元玄三气，化为三清天也：一曰清微天玉清境，始气所成；二日禹余天上清境，元气所成；三曰大赤天太清境，玄气所成。从此三气各生，”据《云簋七籖》和《道法会元》等道书记载，清微天玉清境，混洞太无元，其气始青，真道升圣境，天宝尊(元始天尊)治之；禹余天上清境，其气元黄，仙道升真境，灵宝尊治之；大赤天太清境，其气玄白；人道升仙境，道天尊居之。文曰：“此四种民天，即三界之上，灾所不及四种民天上有三清境。三清之上即是大罗天，元始天尊居其中，施化敷教。
天宝君治在玉清境，清微天也。灵宝君治在上清境，即禹余天也，神宝尊(道德天尊)治在太清境，即大赤天也。”(《云簋七籖》卷三《道教本始部》)又据《集说诠真》引《读书纪数略》云：“三清者玉清圣境，元始居之；上清圣境，道君居之；太清仙境，老君居之。”同时，道教的三清尊神还反映了道教“三洞真经”的神化。《云簋七籖》卷六《三洞经教部》说：“《道门大论》云三洞者，洞言洞也。通玄达妙，其统
有三，故云‘三洞’。第一洞真，第二洞玄，第三洞神。乃三景之玄旨，八会之灵章。”根据《道法会元》卷一《清微道法枢纽》关于清微神位的记载；清微圣祖玉清元始妙道上帝代表洞真经部，太玄辅之，传道教清微派；清微玄祖上清灵福玉雇大道君，代表洞玄经部，太平辅之，传灵宝派；清微始祖太清道德五灵玄老君代表洞神经部，太清辅之，正一盟威之道通贯三洞，传道德派和正一派。元始天尊三清尊神的形象有一个历史过程。
汉顺帝时(126—144年)，张道陵鹤鸣山(今四川大邑县境内)创立五斗米道，尊“太上老君”为最高神。后来寇谦之改革天师道，亦以“太上老君”为最早最高尊神，但已经出现了“道德天尊”的名称，以今所见，“三清”的名称最早始见于南梁陶弘景所撰的《真灵位业图》。该书排列神仙序位，分为七个层次，每一层设一个中位。上第一中位，上合虚皇道君，应号元始天尊。第二中位，上清高圣太上玉晨元皇大道君(为万道之主)。第三中位，太极金阀帝君，姓李，(壬辰下教太平主)。第四中位，太清太上老君(为太清道主，下临万民)。上皇太上无上大道君。其中较为明显地提出了上清太清的名称，但“三清”之名位次序尚未确定，并且第三位为“金阀帝君”，太上老君却居于第四中位。以后“三清”神名逐渐流变发展，至唐代才成为定说。《道藏·太平部·三洞珠囊》卷七引《老君圣迹》云：“此即玉清境，元始天尊位，在三十五天之上也。此即上清境，太上大道君(灵宝天尊)位，在三十四天之上也。太清境太极目，即太上老君位，在三十三之上也。”于是“三清”遂成为道教的最高神。
元始天尊的由来：元始天尊是道教最高神灵“三清”尊神之一，生于太无之先，禀自然之气，初称元始天王。东晋葛洪的《枕中书》称，“昔二仪未分，溟滓鸿蒙，未有成形。天地日月未具，状如鸡子，混沌玄黄。已有盘古真人，天地之精，自号元始天王，游乎其中”。元始天王，开天辟地，治世成功以后，蜕去躯壳，一灵不昧，游行空中，见圣女太元，喜其贞洁，即化成青光投入其口。圣女怀孕十二年，始化生于背膂之间，言语行动常有彩云护体。因其前身是盘古、元始天王，就称为元始天尊。
灵宝天尊原称上清高圣太上玉晨元皇大道君。齐梁高道陶弘景编定的《真灵位业图》列其在第二神阶之中位，仅次于第一神阶中位之元始天尊。唐代时曾称为太上大道君，宋代起才称为灵宝天尊或灵宝君。
道经说他是在宇宙未形成之前，从混沌状态产生的元气所化生。原是“二晨之精气，九庆之紫烟”，后托胎三千七百年诞生，住在上清境的玄都玉京仙府，有金童、玉女各30万人侍卫，万神朝拜，超度之人不计其数。有三十六变七十二化，人们随时随地都可以见到他。
据《云笈七签》引《洞真大洞真经》，灵宝天尊系“玉晨之精气，九庆之紫烟，玉晖焕耀，金映流真，结化含秀，苞凝元神，寄胎母氏，育形为人”。《灵宝略记》则称“太上大道君以开皇元年托胎于西方绿那玉国，寄孕于洪氏之胞，凝神琼胎之府三千七百年，降诞于其国郁察山浮罗之岳丹玄之阿侧，名曰器度，字上开元。及其长，乃启悟道真，期心高道，坐于枯桑之下，精思