是月，鄭遵謙等起兵紹興，進守錢塘，金聲亦扼徽州，阻上江，由是閩嶺晏然，藉以休甲。尋命芝龍兼戶兵工三部尚書，開府天興，坐見九卿，入不揖，出不送。
大清順治二年，乙酉，七月朔，王下詔親征，詔曰：“朕痛念祖陵，閔茲萬姓，中心搖搖，如在水火，擇於八月十八日亭午禡祭，親統六師，敕平魯侯芝龍為御營中軍，定魯侯鴻逵為左先鋒，尚賴文武諸臣，襄力效謀，有功者賞，朕不爾負。”
命訪求十六朝實錄及古今遺書。諭行在日用以儉樸為本，有司不得背旨阿奉，違者以不敬論。敕司禮龐天壽，行宮中毋用金玉器，帷幔毋用錦繡濃花灑線，止用居常銅錫布帛。王長齋，日御便殿，見大臣，性好讀書，手自披覽，常丙夜不休。
南都之敗，馬士英奔浙江，潞王監國，時猶持故態，執黃道周章不下。後遇亂，蹌踉□涕，落屣竄方國安營中。聞王即位，又謀入覲。鄭芝龍雅善之，言士英不即北降，亟欲求立太祖子孫，罪可貰。下其議於朝堂，王出獨斷，傳諭各關軍將，毋納士英。
初，王在州杭，訪故臣於張家玉，家玉舉黃道周，王曰：“得此商彝周鼎，當為廊廟羽儀。”至是，道周自衢州入見，喜，稱之曰：“真名相也！”即日，晉少保吏部尚書武英殿大學士，入閣辦事。王以家玉直起居注，家玉言：“唐魏謩為文宗起居舍人，文無避諱，不令人主見。今陛下自待豈啻唐宗，臣愚亦不肯居魏謩下。”王嘉納。家玉嘗薦句容人何成吾、敏吾兄弟，天下奇才，乃心明室，且家近南都，可觀釁；又句容知縣宗室議漎，王心識之。及金聲自徽州遣諸生戴明恩齎奏至，詔升聲兵部侍郎僉都御史，巡撫池太徽寧。因授成吾總兵，敏吾為副，與聲犄角，共取南京。敕成吾曰：“兵行所至，不可妄殺。有發為順民，無髮為難民，此十字可切記也！”敕議漎曰：“朕自許忠孝，為法受過，百折千磨。今為祖宗復仇，有進無退，宗卿朕猶子行，其克悉朕心，出險亨屯，助朕以助祖宗，於乎飲哉！高廟亦孚祐爾於無窮。”議漎成吾等結七十二村，聚眾至八千人，卒不就，而徽州告急。
大清兵進建昌，命永勝伯鄭彩出關援之。汀州大旱，鬥米三百錢。王決意親行，乃封弟钅粵為唐王，監國福州，某為鄧王，協守都城。駕發芋江，父老遮道泣留，復止，鄭芝龍沮之也。
是月，以副總兵施福守崇安關，命首輔道周出師江西。浙江諸將奉魯王以海監國於紹興。王即位詔至，魯王欲守藩，大臣張國維、熊汝霖、陳函輝等，以為舉足一動，義師星散，浙亡閩亦危，願堅奉監國，以督厲將士。事成，入關者王。於是不受隆武年號。使者劉中藻，廢然而返。王心雖弗能善，然猶藉錢塘為外屏，手書致魯王曰：“朕與王同氣，共本聖祖，王無忘朕之焦勞，朕無忘王之危戺戹，一誠金石，豈惑浮詞？當遣兵赴王，上報孝陵，王其愛玉體，以需天休！”
八月乙酉，以鄭芝豹為前軍左都督，賜總兵黃蜚璽書，令屯太湖，收兵聯絡三吳。庚寅，以黃斌卿為官義兵馬招討總兵官，帥舟師屯舟山，便宜恢取南京。王御門親餞，百官郊送。
壬辰，立妃曾氏為皇后。後性警敏，頗知書，有賢能聲。每召對奏事，後於屏後聽，共決進止，王頗嚴憚之。罪倡逃，辟邵武知府吳文煒，絞推官朱健，敘廣信知府解立敬，鉛山典史周寅生守城功。贛州告急，命上遊巡撫吳春枝，移駐邵武；汀州總兵陳秀援建昌；參將周之蕃剿武平；以陳豹為防海將軍，鎮漳、泉、興、汀、惠、潮；授南昌人羅大任少詹事，募兵恢南昌；黃雲師大理少卿，募兵恢九江；南饒；贛州人曾應遴兵科給事中，募兵援贛州；遣張家玉監鄭彩軍，拓撫丘華，謝朝恩。
丁未，副總兵楊武烈，守備元體中復新城。命都御史楊文驄、誠意伯劉孔昭，分屯處州。王郊天南台，鄭芝龍、鴻逵，皆稱疾不出。何楷劾二勛不陪祭，無人臣禮，王賞其風裁。既而鴻逵扇於殿上，楷呵止之，楷告歸，盜截其耳於道，詔追盜不得。時軍興餉亟，芝龍請於兩稅內五石預借銀一兩，民不樂從，反愆正供。以浦城訓導王兆熊為御史，督義餉，不輸者榜其門不義，於是閭里騷然。芝龍又請括寺田，王不聽。封芝龍子森為忠孝伯，賜姓名朱成功，總督禁旅，督師。何騰蛟自長沙，楊廷麟、萬元吉自贛州，皆遣使奉表迎乘輿。大學士蘇觀生請先行，出屯南安。王幸雍祭酒賴垓進講，三品以上官坐聽，其餘侍，圜橋觀者濟濟。遣使冊封桂世子由根為桂王。黃斌卿兵敗於崇明，永寧王起兵復建昌、撫州，副總兵施福入戈陽。
大清兵大舉臨廣信、攻福，張家玉使洪旭，林習山救之。
是月，靖江王亨嘉稱帝於桂林，舉兵入梧州，執