边方召商贾纳粮草情弊，瑾素知其故。一日，因户部奏差给事中三年一次查盘，奏内有“粮粗秕，草浥烂”者，瑾遂票旨逮系各年巡抚都御史、管粮郎中数人下狱。既而锁杻差人押至所任地方，加倍赔偿。又商人纳过粮草，拖欠价银，亦皆没官不给。由是商贾重困，边储渐乏。
刘瑾因户部奏送各边年例银两，瑾以为先朝无此例，令户部查天顺以前年例银数。顾尚书佐以天顺年前无银例回报。瑾大怒曰：“此户部官通同边方巡抚都御史共盗内帑银两之明验也。”悉追问致罪，革罢送银之例，边储至是缺甚。盖自成化八年间设榆林镇，巡抚余都御史子俊增置城寨，陕西民供馈不继，奏送江南折粮银，以补不足。然初亦依江南原折银例，每米一石，折银二钱五分放支军士。其后大同等边缺乏，亦暂送银补足，数皆不多，未有以万计送者。弘治间户部叶尚书淇，淮安人，盐商皆淇亲识，因与淇议：“商人赴边纳银，价少而有远涉之虞；在运司纳银，价多而得易办之便。”时内阁徐溥与淇同年交好，遂从其议，奏准两淮运司盐课，于运司开中纳银解户部，送太仓银库收贮。分送各边盐价，积至一百余万，人为利便，而不知坏旧法也。盖洪武、永乐以来，天下盐课俱开中各边，上纳本色米豆，商人欲求盐利，预于近边转运本色，以待开盐报中，故边方粟豆无甚贵之时。今废商人赴边报中之法，虽曰得价多，而近边米豆无人买运，遂致腾涌。正德五年，侍郎丛兰整理陕西边储，遂令百姓每石征银二钱五分，准米一石。盖六部政本，少有差错，胎弊如此。使顾尚书当刘瑾查例之时，答曰：“昔盐课在各边上纳，故无年例银之送。后改盐课纳银解京，故不得不分送各边。”如此，瑾必不怒而反正盐法，淇其不免矣。
逆瑾以富国为名，每欲巧取横敛，且因以窘迫文臣。凡有公错诖误者，辄捏旨以姑免提问为名，各罚米粟以实边储。士大夫畏其凌虐，亦甘心从罚。初自一二百石，后渐增至千五百石。坐此破家者甚众。
自逆瑾用事，文臣裁抑至甚，内官、武弁纵横而行。瑾等数人，皆赠父祖为都督、都指挥，母为夫人，造坟祭葬。该部不敢执，科道不敢言。其诰命、祭文，皆内阁所撰。议者以当时内阁诸公，结党乱政之罪不可掩也。至文臣三品以上祭葬，却沮格不与。如侍郎郝志义故，其子援例乞祭葬，瑾以为洪武礼制，文臣无祭葬之例，皆后来文臣专权擅加。传旨，遂下锦衣卫狱，问发充军。学士武卫病故，其子乞恩，亦下狱。其弄权裁抑文臣如此。