开皇九年（589），隋灭陈，除石头城（作为新置蒋州治所）外，把建康所有宫苑城池夷为平地
由于孙吴建业城和东晋建康城均恃大江为固，并未建成坚固的城墙和城门，直到南齐时才有所改变。
建元二年（480年）“五月，立六门都墙”，从此以后，建康城固若金汤。在此筑城以前，城门多为竹篱门，缺少防御能力。
“宋世外六门设竹篱。
是年，初有发白虎樽者言：‘白门三重门，竹篱穿不完’。
上感其言，改立都墙。”
六门指建康城的六个城门，南面三门，西曰陵阳门，后改名广阳门，世谓之尚方门。正中宣阳门，本吴所开，世谓之白门，晋为宣阳门。
门三道，上起重楼悬楣，上刻木为龙虎相对。南对朱雀门，相去五里余，名为御道。
这条御道，实际上就是全城中轴线的延长，两侧槐柳成荫，十分壮观。
东为开阳门。
东面二门，南为清明门，门三道，门东出青溪港桥。
北（正东）为建春门，后改为建阳门，门三道。西面一门，正西南西明门，门三道，东对建春门，两门之间即宫城大司马门前横街。正北面用宫城，别无门。
苑城即吴之后苑，一名建平园。
“都城周二十里一十九步，本吴旧址，晋江左所筑，但有宣阳门。”
从《地舆志》的记载可知，城为方形，边长5里余，即边长2.077千米，面积4.31平方千米，范围比较小
。由于宫城南有南北向干道和东西向干道，又可把全城分为东西两部分和南北两部分，布局整齐。
主要政府机关都布设在宫城南御道的两侧，有“府寺相属”，“屯营栉比，廨署棋布”之称。
在建康城外，还有许多小城，以东府城、西州城最为著名。
东府城位于大城东南，宋武帝初领扬州，筑东府城。
元嘉中彭城王义康更开拓之，自后常为宰相府第。
西州城位于大城西南，为扬州刺史治所。
另外还有丹阳城（大城西南）、白下城（大城北）、江乘城（大城东北）等，证明建康城的范围比较小，许多重要机关在城外各自为城。
当然，也有加强防御的意义，战争年代可以互相支援。不过这种形式在中国都城发展史上是不多见的。
同时也说明建康城区不断向城郊发展，突破了城墙的限制。
实际上，早在孙吴时，“京师鼎族，多在青溪左及潮沟北”，青溪即东渠，通城北堑潮沟。
也就是说，孙吴时许多名门大族多居住在城北堑潮沟外和城东北青溪附近。青溪在城北，“以泄玄武湖水，南入秦淮”。
另外，城南秦淮河一带也是人口稠密区。
“横塘（秦淮河堤）、查下（巷名，横塘西），邑屋隆夸；长干（里名，秦淮河岸山岗间的平地称为干）、延属，飞甍舛互。其居则高门鼎贵，魁岸豪杰，虞（文绣）魏（周）之昆，顾（雍）陆（逊）之裔。”也是名门望族，证明从孙吴起，有权有势的人就多住在水路交通发达、经济繁华的地区，这也是六朝建康城的一个重要特点，即城小市区大，贵族多居住在城外。
城东南的东府城，也就是东晋简文帝和会稽王道子的私宅，南朝时才成为宰相办公的所在。
孙吴建业城有二市，即建初寺前的大市和东市。
而凿句容（今江苏句容）中道，至云阳（今江苏丹阳）西城，以通吴、会的破岗渎，为建业东南的主要水运交通线，沟通了长江和秦淮河，上下14埭，“通会市，作邸阁”，也是主要的商业区。市场兴旺发达，“开市朝而并纳，横阛阓而流溢”，“轻舆案辔以经隧，楼船举帆而过肆”，“乘时射利，财富巨万”，货物繁多，人流如潮，一派繁荣景象。
东晋南朝称建康市。刘裕破后秦，“执姚泓归于京师，斩于建康市”。
这里所说的建康市是指哪一个市，已不得而知。据说城内有四市。孙吴时从御道南端的朱雀门南渡淮（秦淮河），“名为大航门”，朱雀桥“亦名大航桥”，就是商业兴盛之区。东晋时“新作朱雀浮桁”，也就是以舟船所做的浮桥，证明这里仍为交通要道，商业依然兴盛。
到了南朝梁时，建康城达到鼎盛时期，其市区范围东西南北各40里。“梁都之时，城中二十八万余户，西至石头城，东至倪塘（方山北），南至石子岗，北过蒋山（钟山），东西南北各四十里”，发展成为全国最大的城市。
以建康为代表的南朝文化，与西方的古罗马被称为人类古典文明的两大中心，在人类历史上产生了极其深远的影响。