5月25日，明治天皇下令，任命乃木希典中将为第3军司令，出征辽东，负责进攻旅顺战役，因为就在10年以前的甲午战争中，正是当时还是旅团长的乃木希典率军在辽东半岛花园口登陆，攻克金州，占领大连湾炮台，之后又占领旅顺，并纵容日军造成了旅顺大屠杀，死难者达2万余人。
甲午战争之后，乃木希典还担任一届台湾总督，后来就一直处于休职状态，而现在日本再次启乃木希典，并还让他负责进攻旅顺，当然是希望借他曾经攻占过旅顺的这个彩头。
6月1日，乃木希典从日本出发，而就在前一天，乃木希典收到了从东京家里转来的信，得知长子乃木胜典己战死金州城的消息，而这时次子乃木保典也辽东前线作战，因此乃木希典买了三口棺材随行，以示与二子一道战死，以报效天皇，报效日本的决心。
6月6日，乃木希典在盐大澳上陆，同时接到自己晋升的电报。原来就在当天，陆军侍从武官冈泽精、近卫师团长长谷川好道、第2师团长西宽二郎、参谋次长儿玉源太郎、联合舰队司令东乡平八郎、海相山本权兵卫以及乃木希典共7人，同时晋升为大将（上将）。
而就在前一天，俄国远东司令官库罗帕特金下令，命西伯利亚第1军和第35师第2旅向得利寺集结，第3师向海城、营口、盖平推进。救援旅顺。日军由第3军负责包围旅顺，第2军北上迎击俄军，双方在6月14日在得利寺遭遇，展开激战，6月15日，俄军战败撤离。而日军一时也无力再北进，因此双方暂时对持起来。
6月20日，日军成立“满洲军总司令部”，以大山岩陆军元帅任总司令统一指挥各部日军。而在此之前，华东政府催促日本确定再次举行协商，被日本政府借故推迟了。
但就在这时，俄国的海参崴分舰队再度出击，海参崴分舰队司令耶森少将率领装甲巡洋舰格罗姆鲍伊号、留里克号，防护巡洋舰波卡茨里号、莱纳号，*快艇10艘南下，竟然一直穿过了对马海峡，6月15日在下关附近击沉货船和泉丸号，又在对马海峡附近击沉了运兵船常陆丸号，船上1215名日本官兵葬身海底。而为防止被俘，大队长须知中佐等人在焚烧军旗后剖腹自杀，而损失了送往旅顺前线的18门280毫米攻城重炮。随后又击伤了佐渡丸号。等第2战队赶到附近海域时，俄舰早己全无踪影，而海面的硝烟肖未散去，漂浮着无数死尸。
而己经取得了重大战果的海参崴分舰队并未回港，而是贴着本州岛西海岸北上，6月16日，又在岛根半岛附近俘虏了一艘英国运煤船阿兰顿号，又击沉了安静丸号、八幡丸号，俘虏了博通丸号，洗劫了宝德丸号、巴港丸号、新凑丸号、第9运矿丸号等小型船舶，然后才于19日回到海参崴。
这次海参崴分舰队共计击沉了4艘舰，俘虏2艘，洗劫4搜，日本共计损失船舶3.6万余吨，死伤2500余人。而日本政府也隐瞒不了这一次的损失，因此国内顿时舆论大哗，纷纷批抨海军未能尽责，才导致运输船受到俄舰的攻击，而第2战队的司令上村彦之丞成为民众们发泄怒火的对像，私邸被暴怒的民众捣毁。
就在这时，欧洲那边又传来消息，原来俄国打算从波罗地海舰队调到远东来，增加远东舰队的实力。如果波罗地海舰队真的到达远东，和太平洋舰队汇合，那么俄国海军的实力将远凌驾于联合舰队之上，毕竟联合舰队己经损失了两艘战列舰。
虽然在开战之前，日本己在英国定制了两艘更为强大的战列舰香取号、鹿岛号，但这两艘军舰要到1906年中期才能完工，远水解不了近渴。
而这时日本政府才意识到，这场战争可没有那么容易，虽然现在日本还占有一定的优势，但这种优势并不稳固，随时都有可能翻盘，因此在这个时候还不能完全拒绝华东政府。
果然，就在这时，华东政府向日本表示了严正的抗议，认为日本完全是在有意推托，没有合作的诚意，因此拒绝再向日本提供物资。
日本政府赶忙进行协商，认为现在虽然还不能完全拒绝华东政府，但暂时在战场确实是占有一定的优势，到也用不着华东政府出兵，而且这样拖着也不是办法，不如和华东政府说清楚。于是日本政府通过青岛领事馆向华东政府解释，不是日本有意推托，而是因为现在的战事太忙，抽不出时间来。并且向华东政府提议，现在的战争局势，日本尚可支持，到也不用华东政府立刻参战，不如华东政府暂时不参战，而是全力准备，等到1905年，准备充份了之后再出兵参战，那时华东政府也能够确定能够投入的兵力，这样双方也好协商俱体的作合方式。同时也希望华东政府能够继续提供物资。
华东政府协商之后，认为日本政府的这个建议是可以接受的，而且还可以用这个借口全力的备战，因此也就答应下来，并且也答应仍然向日本提供物资，但要求日本履行在战前双方达成的协议，在双方未能协商好联合作战的作合前，保障在辽东的海外华人的权益，并且有重大军事行动前，预先通知华东政府。日本也都全盘答应下来。
协商好之后，日本政府也松了一口气，总算是不用和华东政府扯皮弄筋，全力将精力都投入战事中，进入7月，海参崴分舰队再度出击，又击沉了数艘运输船，而日本陆军部又成立了第4军，投入辽东战场，并且准备分南北两线，