留美幼童的一切费用，朝廷是全包的。特旨从海关税收中，拨出一笔一百二十万两白银的巨款，用于“留美幼童”。每批留美幼童三十人，四批总计一百二十人，则平均下来，朝廷在每一位小留学生身上，花费白银一万两。
同时，清廷在美国康涅狄格州首府哈特福德设“驻洋肄业局”，派驻专员，管理、照应小留学生们。
“留美幼童”事实上的投入，并不止一百二十万两白银。光绪三年，即1877年，驻洋肄业局以美国近年物价腾贵，原款不敷所需，请求添拨。
李鸿章立即上奏，力陈美国“税增物贵，束脩、膏火、房租、衣食各费倍于从前，”支持添拨经费。
奏折中，李鸿章说了这么一段话：“此举为造就人才，渐图自强至计，关系甚大。据报，头、二批学生，一、二年间，已有可进大书院之童，既应专心研究，以裨实用，断无惜费中止之理！”
然而，四年之后，“此举”便“中止”了，何故？
确不为“惜费”，而是另有重大缘故。
后世的史评，一般都认为，“留美幼童”的半途夭折，是由于“保守势力的阻挠和破坏”所致，但关卓凡认为，事实刚刚好相反，要对此事负最大责任的，不是“旧派”，而是“新派”。
究其竟，是留美幼童的管理者——“驻洋肄业局”内部，对“办学方针”，产生了极其严重的分歧，彼此势同水火，无法协调，以致“留美幼童”整体上有偏离既定轨道、脱幅而去的危险。
于是，清廷只好自断手足，偌大心力、花费，统统付之流水，空留一声叹息。
关卓凡认为，此事的第一责任人，正是首倡“留美幼童”、并一直为之尽心竭力的容闳。甚至，在某种意义上，可以说，是容闳自己一手毁掉了自己呕心沥血的事业。
“驻洋肄业局”内部，分歧众多，但主要集中在两点上：一，有相当数量的留美幼童，加入了洋教——基督教或天主教；二是，留美幼童普遍只重“西学”，十分轻视、甚至荒废了“中学”。
容闳不仅支持小留学生们信教和“轻中”，事实上，他本人就是留美幼童这些行为的幕后推手之一。
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