在得到了总统的最高许可之后，很多盟军机密级的作战兵器都可以。info盟军的超时空传送仪和质子撞击炮就是这种类型的超级作战兵器。年轻的爱因斯坦在一次演讲之中发生了意外，没能继续她的科学研究事业。但是他的助手在查阅爱因斯坦遗留下来的手稿时发现，这位天才的科学家在他“光电效应”的研究之后更近了一步，发现原子之中可能有超强的能量。盟军的科学家很快接手了这方面的研究，他们发现用高速（接近光速）的质子团直接撞击原子，放出多余的质子和巨大的能量。而这种撞击还会产生一些连锁反应，连锁反应是因为放出的多余质子撞击其他原子造成的。在能量达到一定大小时质子轰击其他原子，破坏原子内部作用力，将质量转化为能量，这与核弹原理类似。但是因为质子带电，靠近其他原子会被排斥因此会有损耗，所以这一反应会停止，所以这个武器没有直接毁灭地球，却有足够杀伤力。
对于传说之中的质子撞击炮，太子殿下已经眼馋很久了。帝国近些年来的军事实力一直都在腾飞，但是底蕴还是补足。虽然海陆空三军很强，但是还是没有自己的超级武器。太子殿下希望硫娜可以趁机从其他国家的超级武器之中借鉴一些东西。正海谭雅提出要使用质子撞击炮，硫娜就悄悄地派遣出了帝国的忍者前去探听虚实。作为帝国的间谍部队，忍者有些时候甚至比盟军自己的间谍还要好用。帝国人有时候戏称盟军的间谍是用钱战斗的，事实上盟军的间谍可以在支付一些金钱的情况之下直接策反敌方的部队――这一点和y倒有几分相似。
娜塔莎也贡献出了苏联的真空内爆弹。这是苏联终极武器，是俄军科学家发明的。他们将lún_lǐ道德抛到一边，经过反复实验、测试最后发明了这种骇人听闻的弹头。其有效范围要比盟军的质子撞击炮的攻击范围小一些（指对单位的有效范围，对建筑的有效范围其实三者一样），但对活动单位威力比它们强，其强大之处是能将有效范围一切活动单位（包括空中单位和潜水单位）吸到空中绕其攻击中心旋转并将其爆破摧毁，“真空内爆弹”中的“内爆”从这里体现。因此可以考虑着重攻击单位密集区域。相对而言，真空内爆弹对于军队的杀伤力更大，它并不适合拆建筑。硫娜也尝试着盗取了真空内爆弹，但是太子看了之后却大失所望。原来这需要苏联特有的超级反应堆技术才能实现，而帝国地域狭小，并不适合建造占地面积极大而又很危险的超级反应堆。
在主基地正在建造超级武器的时候，被困在y的领地附近的硫娜等人也没有闲着。她们分成两个小组去解决苏联的超级反应堆。
硫娜这一边首先面对的是磁暴线圈的集群。硫娜作为肉盾顶在了最前方――在这次任务之前，太子将应用于“将军刽子手”的超强反特斯拉装置编写到了硫娜身体之中的纳米机器人之中，虽然做不到被特斯拉攻击回血，但是硫娜还是可以成功地扛着七八个特斯拉线圈的攻击谈笑风生。有了硫娜这个的存在，百合子轻而易举地将一座座磁暴线圈拔了起来。只有两个人的小队四舍五入之后就像是一个亿，轻而易举地就突破了敌人严密的防线。虽然敌方的抵抗很顽强，派出了茫茫多的海啸坦克洪流前来堵截，怎奈硫娜这一边有着盟军的战场监视（esweep），就和开图了没什么两样。再加上硫娜和百合子人数少目标小，所以地方根本抓不住她们。反倒是为了维持铁幕装置的正常运作，y的超级反应堆太多，防御塔拉扯出来的战线太长，反倒是被硫娜逐个击破。y的很多超级反应堆都被摧毁了。
硫娜和百合子在人群之中开了无双，而谭雅和娜塔莎也大闹了一场。谭雅精准的手枪火力压制可以歼灭所有的步兵单位，而娜塔莎则是用她出众的狙击天赋可以透过敌人的载具直接狙杀其中的驾驶员。很快，大地上多出了数量多得数不清的无主海啸坦克、天狗机甲、铁锤坦克、v4、天启坦克和牛蛙载具。和百合子与硫娜类似，娜塔莎和谭雅也是极好的组合。他们也成功地破坏了y的电力。由于电力大幅下降，所以y无力维持所有的铁幕装置，对于y的基地的无敌保护时间有了空隙。但是，这个空隙其实很小，大概一天之中只有半个小时主基地才不是无敌的。
这个时候盟军的质子碰撞炮已经造好了，真空内爆弹也已经准备就绪。这时候，硫娜也得到了一个好消息。由帝国忍者部队窃取的质子碰撞炮已经成功通过v之中的纳米核心送到了太子那边。帝国的科学家在连夜研究之后，终于破解出了其中的一些关键信息，并且即将成功创造出帝国自己的超级武器：“纳米虫巢”。
“我们什么时候才能得到纳米虫巢？”硫娜问道。
“短期内的使用时不可能的了。”太子解释道，“纳米虫巢的技术还不是很成熟，我们还没有切实实践过。而且其中还有一个很有意思的现象――我们的科学家模拟之后发现，如果在盟军的质子碰撞炮之后使用纳米虫巢的话，质子碰撞炮会有多米诺骨牌效应，威力将会称几何级数地上升。可能是因为我们纳米虫巢的科技借鉴了质子碰撞炮的创意，但是这件事情我们实在不想让盟军知道。所以在这次任务之中我们也最好不要使用纳米虫巢。”
“其实我觉得也不需要，实际上我觉得连质子碰