吐鲁番一丢，乌鲁木齐便门户大开。马占鳌也知道阿古柏肯定会放弃乌鲁木齐，逃回他起家的疆南一带。
阿古柏在疆北的统治并不合民心，各族的人都恨他入骨。况且现在白彦虎的大军已经败亡，自己又被华兴军打败。阿古柏失去了左膀右臂，就是华兴军不收拾他，各族的首领也会趁机反抗他的统治。
现在华兴军又给了异族这么优惠的条件，没有人会傻到每天过提心吊胆的日子。华兴军肯给他们一条活路，他们一定会服从华兴军的统治。
马占鳌越想越是悔恨的牙根子发痒，若不是他和华兴军有解不开的仇恨，他也早就带兵归降了华兴军。哪里用得着现在这样，像落水狗一样被人痛打。
第二日，后勤部队与王保田的两路大军在吐鲁番会师。众将也按照先前的制定的计划，在吐鲁番修建军事基地，作为进攻疆北和疆南的中转站。
各族的百姓也越来越把自己放在一个旁观者的位置，当初他们是怕华兴军的屠杀才无奈聚在阿古柏的周围。现在华兴军攻下吐鲁番后，并没有肆意杀戮，各族百姓的心也都放了下来。
他们和阿古柏积怨已久，当下就如同压抑的火山喷发一样。竟有部族首领主动找到华兴军，要帮助华兴军剿灭阿古柏。
乌鲁木齐危机四伏，阿古柏的左膀右臂相继被华兴军打败，手下只有当初起家时候的数千兵马值得信任。
面对华兴军来袭，阿古柏果真如马占鳌所说，并没有和华兴军硬拼。而是带着手下的一干亲信，往疆南的和田方向逃窜。准备在从英国人和俄国人那里弄些武器，在疆南收编人马东山再起。
兰州军区的两路大军刚发兵乌鲁木齐，还没有走到半路就传来了阿古柏逃窜的消息，不费吹灰之力就占领了乌鲁木齐。
乌鲁木齐收复之后，北疆的大局便定了下来。因为有鄯善县维族大毛拉阿不力孜的呼吁，北疆目前人数最多的维族首领，最先开始上书臣服华兴军。各地的维族一有表示，北疆除了博尔塔拉没有发表声明外。各地的其他异族首领也纷纷上书表示，愿意服从华兴军的统治。
博尔塔拉是蒙古人的聚居区，这个部族向来与清廷亲近。就是在阿古柏通知期间，也没有断了和清廷的联系。从前还准备联合蒙古部落，推翻阿古柏的统治，将新疆纳入蒙古势力范围内。
华兴军也暂时没有动博尔塔拉，博尔塔拉位于南北疆的交汇地带，各将领研究后准备进军南疆后再解决这些不识抬举的蒙古人。
张闲根据华兴军以往的策略，采用战时管理办法，成立了临时军政府，暂时性的管理新疆的军政、民政。等新疆真正平定后，才由乔志清任命政府官员，正式按照新中国的行政和法律管理新疆。
临时军政府在占领区内筹建政府机构，划定各个市县。任命和华兴军亲近的异族首领为政府的官员，采用民族自治政策，自己管理自己族内的事务。
乌鲁木齐也暂时划定为新疆的省会，政府的官员由乌鲁木齐本地的汉人推选担任。乌鲁木齐作为新疆最大的汉人聚居的城市，也应该保持汉人的绝对地位。
新疆的汉人从乾隆年间戍边垦荒，发展到现在已经有数十万之多。不过随着陕西回乱波及到了新疆，后来又加上阿古柏作乱。汉人们先后遭到屠杀。到华兴军拿下乌鲁木齐后，汉人们只剩下十几万人。
华兴军目前只能先稳定住新疆的大局，和异族妥协。在完成第一个目标后，关内也将开始大举向新疆移民。等到汉族的人数在新疆占据绝对优势的时候，也才是真正整治新疆的开始。