南美洲大西洋一线战火停歇，另一线的太平洋沿岸，没了汉国军队牵制，智利海军憋着一肚子火气，沿着海岸线北上去找玻利维亚、秘鲁两国的麻烦，9月20日，伊基克陷落，9月22日，智利海军兵围秘鲁首都利马，城内的秘鲁军队两次出城作战都没能打破智利军队的围攻，9月26日，智利海军两艘大型铁甲舰利用海水涨潮期，驶进军港，炮轰利马城，9月28日，两万智利陆军在海军舰炮配合下，攻进利马城，秘鲁总统不幸被俘，被迫签订屈辱的停战条约，将莫克瓜省、塔克纳省、塔拉帕卡省、阿里卡市、伊基克市五地割让给智利。
10月2日，玻利维亚政府独木难支，也不得不承认智利占领安托法加斯塔的事实，至此，历史上持续4年的鸟粪战争提前结束，智利在失去南部巴塔哥尼亚荒原地区所有权后，从秘鲁、玻利维亚两国手里夺取了重要的硝石产地，而且和历史上相比，智利方面额外从秘鲁手里获得了莫克瓜、塔克纳两省，总体比较起来，倒也不算太吃亏。