文官从九品开始，州、县分上、中、下县，下县主簿从九品，中上县主簿正九品，下县丞正九品，中上县丞从八品，下县知县从八品，中上县知县正八品。京兆、顺天、承天、应天、奉天四府下辖的县为直隶县，县主簿为从八品，县丞为正八品，知县为从七品。
下州知州正七品，州别驾从七品，州通判从八品，中知州从六品，州别驾从七品，州通判正八品。上州知州正六品，州别驾正七品，州通判从七品。要州（即位置要害、人口众多、十分富庶的州，如徐州、苏州、扬州、杭州、益州、汴州、洛州、楚州、青州、晋州、荆州、广州、福州等二十五州），知州正五品，一般加衔。州别驾正六品，州通判正七品。
京兆、顺天、承天、应天、奉天五府尹，皆为正三品，皆由内阁阁老或亲王、郡王遥领，无实权。一般遥领京兆府尹的亲王，就可默认为太子。实际管事的为五府知府，正四品，同知、通判正五品和正六品。一般称为京府、辽阳府、开封府、金陵府、西安府。
行省有布政司主理民政，称巡抚，正四品，有按察司主理司法审判，称巡按，从四品，有指挥司主理地方兵马，称总兵，从四品。还有负责提学的学政，正五品到正四品不等，还有负责钱粮税赋的转运司，人称藩台或粮台，转运司主官参议，正五品或从四品。
还有属于都察院，分驻和分巡地方的巡道御史，负责肃政纠劾，一般都是八品到七品。
中央分三省六部九署。中书省负责决策，中央政令，包括皇帝诏书，都以中书省名义，或者中书省拟定恩准后发布。主官中书令，正二品，因本朝太祖未登基前以中书令执政，故避讳不设，以中书侍郎为中书省主官，从二品。
副职中书省左右丞，正三品，分领二十四厅，对应各部和各行省，厅主官主事，也称中书主事或中书郎中，正五品，副职佥事，也叫中书佥事，从五品。还有中书舍人两到三人，直属中书侍郎，正六品，负责拟定中书省的制令。因为大秦朝中央政令都由中书省出，中书舍人即负责大秦朝的中央政令的拟定，称为外制事。
尚书省负责执行，由尚书仆射为主官，从二品，下分六部，部下再分各司。各部尚书，正三品，左右侍郎，正四品，各司主官郎中，正五品，副职员外郎，从五品，各司以下有科，主官主事，正六品，副职佥事，从六品。因为五军都督府，兵部职权严重削弱，只负责地方警戒、治安等其它事务。
门下省负责监督，所有中书省颂布的中央政令，包括皇帝诏书，必须有门下省副署，主官门下侍郎，从二品，副职左右丞，也叫左右散骑常侍，正三品，分领都察院，也叫御史台。门下左右丞兼领左右都御史，一负责监察殿中、尚书各部等中央机构和京兆府，另一负责地方监察弹劾。门下省还有门下给事中两到三人，直属门下侍郎，正六品，负责监督中书舍人的拟制，副署。再下是左右副都御史，正四品。
九署：大理寺，负责对刑部审判案件的审理复核，尤其是死刑，拥有最高复核权，主官大理寺正卿，副职左右少卿。
度支司，负责对天下钱粮和赋税（户部），各行省、各机构支出进行复核审计，正卿，左右少卿；
鸿胪寺，负责招待来朝的各外国使团，以及出使各国。正卿、左右少卿；
通政司，主官通政使，左右副使；
国子监，主官国子监祭酒，副职左右司业；
都察院，主官为左右都御史，分殿中御史，负责朝堂风纪纠察；监察御史，分二十五道，分别监察各行省和各部各署。
枢密院，负责情报和军事协调。主官枢密使，副职，枢密同知。
市舶司，负责海外船舶出入以及赋税征收。
翰林院，比较特殊和重要的部门，职能有三，一是给皇帝、内阁提供咨询，二是给皇帝、宗室、各文武大臣讲课；三是管理下属的国史馆（修史）、弘文馆（也叫庶吉馆，庶吉士们学习实习的地方）、詹事府（负责王子公主们的教育）、殿中司（知制诰-负责帮皇帝拟定诏书，承旨，负责传旨；起居舍人，负责记录皇帝起居）、成均馆（掌成均之法，以治建国之学政，国家最高学术机构，包括律令、算学，负责讲课的部门），以及集贤馆、文渊阁等馆阁。
各主官或正四品，或从四品，官职与尚书省各部侍郎并行。其中市舶司、鸿胪寺、通政司、国子监、大理寺、翰林院、度支司名义上属中书省，但实际管辖权归政事堂，枢密院直属军机班，都察院直属门下省。
翰林院和枢密院都比较特殊。
中书侍郎、门下侍郎、尚书仆射分领保和殿、中和殿、文渊阁大学士，中书侍郎加平章政事衔，为宰事，门下侍郎、尚书仆射加参知政事衔，为执事，组成政事堂。中书左右丞、门下左右丞、吏部尚书、礼部尚书、户部尚书七人领昭文阁学士，加兼知政事衔，为参事，与宰事、执事组成内阁。中书舍人、门下给事中则以参掌机密的名义，均可参与到政事堂和内阁的所有决议中，但没有表决权。
所有政事以宰事、执事决议于政事堂，或宰事、执事、参事决议于内阁，呈交皇帝批复，然后中书舍人拟定、门下给事中副署，以“三省同奉圣旨”名义颂布，决议的具体细则有规定。也有皇帝直接下的诏书，叫中旨，但必