天启七年正月，清兵征朝鲜，因为毛文龙不断在后方骚扰，于是分兵去攻他所驻守的铁山。毛文龙大败，逃上了皮岛。
他在中朝边区打游击时，虽然屡战屡败，却也能屡败屡战。上了皮岛之后，有了大海的阻隔，而清军没有水师，毛的安全感大增，加之又上了年纪，很快就腐化起来。[89]
他开始发挥后勤才能，在皮岛大做生意，征收商船通行税，那便是海上买路钱，派人去辽东和朝鲜挖人参。一方面向朝廷要粮要饷，又向朝鲜要粮食，理由是帮朝鲜抵抗清兵，要收保护费。朝鲜也只得时时运粮给他。他升官发财之后，对打仗更加没有兴趣了。当时皮岛驻军有二万八千，战马三千余匹，皮岛之东的身弥岛驻兵千余，作为皮岛的外围，宁锦大战之时，毛文龙手拥重兵在旁，竟不发一兵一卒去支援，也不攻击清兵后方作牵制。袁崇焕当然极不满意，但因管他不着，无可奈何。
天启年间，毛文龙不断以大量贿赂送给魏忠贤和其他太监、大臣。对朝中当权派的公共关系做得极好。天启五年，御史麦之令弹劾毛文龙，认为他无用，辽东军务不能依靠他。魏忠贤极力袒毛，说麦之令是熊廷弼的同党，将他杀了。这样一来，所有反对魏忠贤的东林党清流派都恨上了毛文龙。
崇祯接位后，毛文龙作风不改。朝廷觉得皮岛耗费粮饷太多（因毛文龙要的是十万名官兵的粮饷），要派人去核数查帐。毛文龙多方推托，总之是不欢迎御用会计师驾临。
袁崇焕的新任命，理论上是有权管到皮岛东江镇的。朝中于是有人建议皮岛的粮饷经由宁远转运，意思是交由袁崇焕控制。甚至有人主张撤退皮岛守军，全部调去宁远。这些主张，都遭到毛文龙的抗拒，而兵部又对毛相当支持。
袁崇焕写信给首辅钱龙锡商量，要杀毛文龙。钱回信劝他一切慎重。袁在北京时，也曾和钱龙锡商议过杀毛的事，当时袁对钱龙锡说，要恢复辽东，必须从整肃东江镇的军纪开始。
袁崇焕决心要解决这件事。崇祯二年五月廿二日，袁崇焕离宁远，去和毛文龙会谈，约定了在旅顺附近的一个小岛上相会，这小岛叫做岛山。[90]从宁远经渤海到旅顺，和从皮岛经黄海到旅顺，海程大致相等，所以旅顺是一个中间地点，也可说是中立地带。那时毛文龙对袁崇焕已心存疑忌，如邀他到宁远相会，他是不肯来的。袁崇焕如去皮岛，却又是身入险地。
袁崇焕除座船外，带船三十八艘，出发前先试放西洋大炮，射程远的五六里，近的三四里。廿六日到双岛，登州的军官带了兵船四十八艘来会。廿七日到岛山停泊，旅顺的军官前来参见。袁崇焕带众将上山，到龙王庙去拜龙王，对众将训话：“本朝开国，中山王徐达、开平王常遇春诸将起初在鄱阳湖、采石矶大战，后来一直打到漠北，水战固然胜，马步战也胜，才能驱逐胡元，统一中国。现在你们的水师只能以红船在水上自守，满清鞑子不下海，难道能赶他们入海打水战么？所以水师必须也能陆战。”他的抱负是要将水师训练成为海军陆战队。
六月初一，毛文龙率领部属到达岛山，与袁互相交拜。毛文龙呈上礼帖三封和三桌筵席。在船中吃过，袁崇焕和他谈话，说道：“辽东海外，只有我和贵镇二人，务必同心共济，方能成功。我历险来此，旨在商议进取。军国大事，在此一举。我有一个良方，只不知生病的人肯不肯服这一帖药。”当晚两人直谈到二更。初二袁崇焕上岛，犒赏毛的部属，和毛又密谈到三更。初三日又再谈，袁崇焕要求皮岛设文官监军，粮饷由宁远转发，改编部队，连谈三日三夜，毛文龙始终不同意，到这时谈判终于破裂。袁崇焕给他最后一个机会，劝他辞职回乡，享受西湖风物。毛文龙说：“辞职回乡这件事，我一直是在盼望的。只不过我对辽东事务很熟悉，解决了满洲之后，可顺势袭取朝鲜了。”袁崇焕听他大言不惭，更是不满。[91]酒散后，袁传副将汪翥上船密议，五更方毕。通宵部署，要杀毛文龙了。
初四日，袁崇焕犒赏毛部兵将共三千五百七十五名，军官每名银子三五两不等，兵每名数钱，又将带来的饷银十万两交卸。同时和毛划分职权，此后旅顺以东由毛指挥，旅顺以西由袁指挥。毛文龙收到大笔银子，对指挥权的区划又十分满意，减少了提防警惕。
初五日，袁崇焕邀毛文龙一起检阅将士比赛射箭。相见后，袁崇焕说：“我明天要回宁远了。贵镇身当国家海外重寄，请受我一拜。”说着下拜，毛文龙跪下还礼。大家上山后，袁的亲信参将谢尚政指挥各营士兵布成一个大围。毛文龙和随从官员百余名在围内，将毛部兵丁都隔在围外。袁崇焕问起毛文龙手下将官的姓名，居然大多数姓毛。袁崇焕觉得奇怪。毛文龙说：“他们都是我的义孙。”[92]
袁崇焕笑了起来，跟着对毛部众将说道：“你们在海外辛苦，兵士每个月只有五斗米的粮，甚至家中几口人都分食此粮，想起来令人痛心。请大家受我一拜，感谢你们为国家尽力，以后大家不必耽心没有粮饷。”当即下