进入龙脉的核心结界以后，水木当着众人的面恢复原身，然后跳进龙脉能量柱里，获得了更加强大的力量。
波风水门连同众人连忙关闭龙脉，穿越到砂隐40年的人全都回到了各自的时代。
水木回到木叶60年，和大蛇丸接触，参与到木叶毁灭计划，和大蛇丸联手杀死了三代目火影猿飞日斩。
大蛇丸也因此没有被尸鬼封尽伤到。
混乱之中，入侵木叶的人纷纷离开了。
水木的爱人椿无法接受这个事实，离开了木叶，去追捕水木。
而水木的学生奈良余人则找到了迈特凯，经过一番乞求，成为了迈特凯的弟子，开始学习禁术八门遁甲。
在所有人都把目光注视到水木身上的时候，大蛇丸照常把宇智波佐助捉来培训成一个强大的容器，剧情照常发展。
而水木为了弥补精神力量方面的弱点，用草雉剑，从大蛇丸手上，交易到了灵化之术，通过不断钻研，终于研究出强化灵魂的手段。
他躲在音隐村修炼，结果还是被椿找到了。
但是那个时候，水木正在修炼灵魂，进入了沉睡的状态，对椿的到来毫不知情。
椿进入音隐村以后，和药师兜大战一场，也被药师兜诱导出了她的身份，知晓椿的身份以后，药师兜出于恶趣味，把椿引入大蛇丸的密室。
椿义正辞严和大蛇丸对峙了一番。
大蛇丸并不知道椿是谁，但他手下修炼出龙地洞仙人模式的宇智波佐助知道，大蛇丸让宇智波佐助和椿交手，于是宇智波佐助把椿打败。
但是椿并不死心，满身伤痕地问大蛇丸关于水木的消息，大蛇丸没有回答，宇智波佐助则冷着眼说了一声聒噪，用大蛇丸给他的草雉剑，一剑捅穿了椿的心脏。
水木心有所感，立刻出来，结果看见了椿的死状。
水木猛然发狂，把宇智波佐助打得落荒而逃，大蛇丸显出八岐大蛇真身来阻止水木，结果水木耗尽全身力量将大蛇丸击败，大蛇丸昏迷不醒。
水木毁灭了音隐村，为椿埋葬。
然后，水木把大蛇丸的皮囊剥光，让大蛇丸的女儿身暴露无遗。
大蛇丸醒过来，质问水木意欲何为。
而水木则封印住大蛇丸的力量，打断了大蛇丸的手脚，然后在狂笑中，把光溜溜的女性身体的大蛇丸丢进了一家土匪窝里。
两年时限到了，晓组织的人来召唤水木。
水木便和佩恩一起，捉了九大尾兽，惹怒了整个忍界。
和原著一样，在铁之国的推动下，五大忍者村联合起来，向晓组织宣战。
等到漩涡长门耗尽生命力死去以后，宇智波带土随后干死了小南，控制了晓组织。
水木一直冷眼旁观，没有阻止带土的行动。
之后，第四次忍界大战爆发。
带土如愿以偿地成为复活十尾，这时候，水木突然冒出来，抢先吸收了十尾。
十尾人柱力状态下的水木和秽土重生的宇智波斑、各代火影作战。
这时候，黑绝上场，想要控制水木，结果被修炼了灵魂力量的水木吊起来打。
水木当众把黑绝谋划了千年的计划说了出来，所有人为之骇然。
之后六道仙人突然出现，夺回了十尾，黑绝见缝插针，控制了十尾，召唤出了大筒木辉夜。
一直等待这一刻的黑袍人跑出来，显出真身，原来黑袍人就是千年前祖之国的国王天子，也就是大筒木辉夜的丈夫，六道仙人他爸爸。
黑袍人满怀深情地对大筒木辉夜致歉，说当年不该为了和平就把辉夜献贡给其他国家，导致了如今的悲剧，劝辉夜停手。
然后六道仙人又出现，把黑袍人拉进了轮回。
水木跟着进去，发现所谓轮回，其实是六道仙人建造的一个小世界，这个小世界可以吸收亡灵，然后把亡灵的力量为己所用，延续生命。
黑袍人和六道仙人大战一场，结果被六道仙人用一口大锅镇压。
黑袍人告诉水木，那口大锅就是整个轮回的核心，是六道仙人的仙器，六道仙人平常捉轮回中的百亿亡灵，用这口大锅来油炸鬼魂，再吞食鬼魂，用以维持自己的灵体长存。
黑袍人把自己全部力量传给水木，请他打破大锅。
水木又得到了一股无可匹敌的力量，但是，却没有按照黑袍人所说的，打破六道仙人的仙器。
“事情恐怕没有那么简单吧。”水木说着这样的话。
探寻出这一切事件背后的真相。
之后，他回到战场之中，杀死了大筒木辉夜，接着将一个个强者打败。
所有强者把剩余的力量全部灌输到宇智波佐助和漩涡鸣人的身上。
宇智波佐助和漩涡鸣人以强悍无比的气势挑战水木。
水木将二人打败，紧接着，一手一个大波，把五大国一一毁灭。
在所有人心生绝望的时候，奈良余人站了出来。
他爆发了八门遁甲冲到水木跟前，却被水木一把捉住。
奈良余人看着分崩离析的陆地，哀嚎不断的人民，泪流满面的质问水木，为什么要那么心狠手辣毁灭世界。
水木笑了笑。
提着奈良余人的衣服，直冲天际。
水木带着奈良余人，飞出了天空，来到了外太空。
“看看这个宇宙。”水木的声音在奈良余人的心头响起。
奈良余人看着星光灿烂的宇宙，不知所措。
而水木则带着余人直飞到太阳的跟前。
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