军的架构也做了调整，还是以十人为一什，三什为一队，三队加旗手、号手计百余人为一屯，三屯三百余人为一营，三营连旗卫队等计千余人为一都，三都加一队陌刀手队等为一厢，左右两厢六千人为一军。各级主官依次为什长、队正、屯长、营正、都尉、校尉和中郎将。而每队依例开始设书记官，掌军法、军功记录和士气军心。
如此算下来，还余下三千余人，全部被打发到地方守备部队充当预备役去了。
地方守备部队的编制，司马遹基本上是按照唐朝的府兵制来做的。暂时设三个折冲府，置三名折冲校尉统领。每府下辖一千名由各地民兵选拔而来的府兵，编制如都，下面的编制跟正规厢军一样。折冲府和厢军一样直接受太子府管辖，地方无权调度。
接着，司马遹任命祖逖担任第一军统领，驻新城，司马雅、许超分别担任司马遹亲卫营的统领，驻守皇庄军营。
地方实行府兵和民兵制后，各地各户青壮每年在农闲的时候必须参加一段时间的民兵训练，自备武器。而民兵中优秀者按照比例被选拔出来，成为府兵。折冲府一般都是驻扎在郡城附近，一般都是服役五年，服役期间没有月饷，自备兵器，由朝廷供给曰常粮食，但是在其服役期间对他的家里是免除一切赋税的。从府兵退役后，照旧参加每年的民兵，但是一旦有战事，折府奉令征集，就必须重新参加府兵。
司马遹的军制改革核心就是要让自己牢牢抓住正规军和地方军队的兵权，为接着进行的“新政制度”打好基础。所以，在司马遹握紧枪杆子之后，立即开始施行已经策划好细节的新政改革了。
时间很快到了元康三年八月间，这数月间司马遹前所未有的忙。头两个月，他一边制定“新政”制度，一边训练整编后的新军。在新政改革大纲出来以后，他和心腹谋士杜锡、江统等人商量了十几曰，将细节修改了又修改，然后开始在新城县推行。
任何新政都会遇到阻力和反对，这个是司马遹等人所预料到的。这股阻力也正如他们所预料的一样，主要来自各世家大族。
在司马遹的“新政”中，受到关注和反对最大的应该是均田赋税制，而最大的反对者就是拥有大量土地的豪族世家。他们不愿看到百姓都有田分，也不希望赋税按照田地亩数来征收，这样的话他们的损失就太大了。
在新城县本来存在有王、李两个当地豪族，但经过司马遹的一番整治后，这里根本就没有什么大的豪族世家，就是留下的几个小虾米也在司马遹嫡系势力的包围下显得势单力薄，起不了什么大风浪。
对于剩下的小虾米，司马遹并没有强行征收他们的土地，而对于他们手中的少则百余，多则上千的私人部曲、奴仆则采用赎买制。凡沦为豪族部曲奴仆的人可自请上书官府，由官府出钱将他们从豪族世家手里赎买出来，另迁他地授田耕种，在交纳数年赋税之外的“赎买金”之后，他们就和平常百姓一样了。
至于新城以外的豪族世家，司马遹根本就不理会对方，周围的豪族世家看找不到借口阻挠新政实施，他们就暗中搞小动作。于是豪族世家一边在地方鼓动当地人大动手脚，阻挠新政推行，一边纷纷派人到洛阳活动，上书朝廷，控诉太子在新城乱政。
但是这个时候的贾后还没有完全掌握朝中大权，而且她需要太子在外牵扯世家大族的注意力，怎么可能在这个时候帮那些跟她不一心的世家大族
所以豪族世家在洛阳的活动了半天，财物如流水价的花了出去，但是朝廷却连训斥太子的表示都没有。
虽然有些名士对于司马遹新政中一些举措不满，但是太子本来就是出了名的行为乖张，当年不还在东宫卖酒再加上司马遹完全无视朝野的一些议论，使得那些名士们除了过过嘴瘾外，根本不能伤及新政丝毫。
一些别有用心或者心急的人乘机强自起兵闹事。但这些起兵都在司马遹等人的预料之中，于是都成了新军的实战训练。亲卫营、府兵、厢军第一军轮流出击，横扫叛乱。一些阻挠新政地主豪族被一一攻破，家产被抄没，家人被发配，自己和上百亲信党羽们一起，被高挂在木杆上成为豪族世家们的反面教材。
司马遹更是以此为借口，将属下新城所有豪强地主连同他们的家人数千人一起强行迁移到新城县城，以便就近治理，只留族人和少部分奴仆继续在旧地耕种。
如此肃靖一番之后，司马遹不但让人看到了他打压异己的铁血手腕，也将新城开始经营地象铁桶一样，以至后来贾后、世家根本就渗透不进来。
而影响同样深远的官职分设制和劝学考试制，暂时还没有给众豪族世家带来损失，也没有侵害到他们的利益，所以就没有引起太多的关注和反应。
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