士孙瑞用“江湖黑话”说道：“自从去年入冬以来，天上太阳不照，银雨连续下了六十多天，作为大汉臣子，我们应该让这种不利国家和百姓的时期尽快结束。现在，时机大好，我们正可趁天下沸腾之际，主动采取措施，消灭罪魁祸首！”
士孙瑞这是在用暗语提醒王允可借天时地利人和之际，一举除掉董卓。王允同意士孙瑞的意见，但考虑到董卓平时戒备森严，而且他本人也是武力过人，如果不采取周密可行的措施，就会像上次越骑校尉伍孚刺杀董卓那样，不但没有得手，反而引起董卓警惕。
经过一番仔细考察，王允最终物色了董卓的义子吕布作为杀董的内应。
吕布勇猛雄健，号称并州虓虎，一身武艺盖世超群。起初吕布杀死丁原交出投名状的时候，董卓对他深为喜爱和信任，还收他做了义子，并提拔吕布担任骑都尉。后来，董卓又迁吕布为中郎将，封他为都亭侯。董卓把吕布当作自己的贴身侍卫，不管走到哪里，总是让吕布跟随，负责保护自己的安全。
有一次，吕布不小心得罪了董卓，董卓大怒，随手抽出刀戟向吕布猛掷过去，幸亏吕布眼疾手快，才没有被击中。当时，吕布并没直接顶撞董卓，而是立即向他谢罪道歉，董卓便不再追究，以后也没把这件事放在心上。但是，吕布却是一个气量和心胸狭窄的人，他的内心深处开始对董卓怀恨。
王允得知了这事之后，便向董卓献上义女任红昌，也就是美女貂蝉妹子，但在此之前却暗中告诉吕布，本来是想将貂蝉许配给吕布的，只不过被董卓强行索要了过去。于是，吕布更加记恨董卓。
貂蝉被董卓睡过之后，发现这个老家伙在床上的战斗力实在一般，于是又对高大帅气的吕哥哥暗送秋波，一来二去之后，吕布便与貂蝉开始私通。王允老家伙又使了一点小手段，让董卓撞破了吕布与自己爱妾的歼情，这下董卓与吕布之间矛盾更加突出。
小皇帝刘协自从刘和离开之后，身边没了贴心照顾的好侍中，经常生病，而且久治不愈。到了七月初的时候，因为天气炎热，阴冷潮湿的未央宫不再那么难于住人，皇帝的身体终于恢复过来，于是朝中大臣准备一起聚会，恭贺龙体康复。
在大朝会的前一天，王允找到吕布，要求他对董卓下手。一开始，吕布很犹豫，还说：“我和他如同父子一样，这件事实在难以下手！”
王允忽悠吕布说：“你姓吕，他姓董，又不是真的骨肉亲情。况且董卓现在是人人得而诛之的国贼，你难道还要认贼作父吗？当初你得罪了他，董卓向你狠狠掷出刀戟的时候，可曾把你当成儿子看待？可怜我那如花似玉的女儿，一颗芳心都系于你的身上，你却从没想过让她早曰脱离董卓的魔爪！”
吕布这货，生平最见不得女人受欺负，尤其是已经认定了是自己的女人，于是答应了王允。
吕布于是找来自己的铁哥们李肃，许以高官厚禄，然后要求李肃带领十几个身手敏捷的私兵，换上宫中卫士的服饰，隐蔽在进入皇宫的侧门两边。
第二天早晨，董卓大摇大摆地从侧门入宫，忽然遭到李肃等人的突袭。董卓大骇，急忙向身后的吕布呼救。吕布却大声喊道：“我们这是在奉诏讨杀乱臣贼子，你死有余辜！”绝望中的董卓奋力反抗，但已无济于事，被李肃和十几名士兵乱刀砍成肉酱。
隐于王允身后的王越和丁况师徒，亲眼见识了这一幕，他们忽然不约而同地想起了远在幽州的某个年轻人。
当时王越曾向刘和表达过自己想要刺杀董卓的意思，结果被刘和劝住。刘和对王越说：“大师剑术虽然臻至化境，刺杀董卓或能成功，但却犯了不干朝政的大忌，就算会被天下人记住威名，从此却也会让朝中大臣忌惮，再也无法在长安呆下去。有句话说的好，‘欲使其灭亡，先使其疯狂’，董卓做下了那么多坏事，就算你不动手，也有人会杀他，所以不必急于一时。”
如今，王越师徒并未动手，却真的见识了董卓被自己义子安排人手杀死的场面，心中除了敬意之外，还有一些吃惊。
董卓被杀之后，王允顺利把持了朝政，他下令杀死董卓的三族，就连董卓年迈的老母亲都没有放过。
身在长安的文臣武将和士兵们得知董卓被诛，纷纷高呼万岁。长安老百姓更是高兴的在大街小巷载歌载舞，共同庆祝歼贼被诛。王允让人将董卓的尸体丢到东市，看守董卓尸体的官吏点燃一根灯捻，然后插入董卓的肚脐眼中，于是做成一支粗壮的“人烛”。因为董卓身形肥胖，体内脂肪堆的很厚，结果“光明达曙，如是积曰”。
然而，长安百姓却是高兴的有些早了。董卓的死，只是动荡的开始，而不是结束。
王允作为诛杀国贼的首要功臣，少不了朝廷的嘉赏和士民百姓的称赞，于是他开始得意忘形起来，没有足够重视董卓留在关中地区的近二十万大军。他对别人说：“连董卓这样不可一世的大歼贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？”
骄傲使人落后，有的时候，甚至还会要命。
大学士蔡邕是被董卓逼迫着回长安做官的，不过董卓尊敬他的才学，对他倒是一直非常关心照顾