就拿英国来说，本来是为了反抗罗马教廷的势力，英国新教才逐渐兴起，并得到了国王的扶持。但是。从新教兴起之后，支持上帝派和新教的国王轮流登基，都会迫害与自己不同的教派。而英国的新教之内又分成了不同的教派，教派之间又彼此迫害。结果，本来是为了争取自由的新教，反而带来了更多的宗.教迫害。一位英国绅士在信中慨叹，也许那些被迫害的上帝派徒说得对：“出于纯粹宗.教原因的迫害，是新教的第一原则，新教正是在这一原则之上，奠定了它在英国的政治基石』话黄小兰全文阅?a/"target="_blank"/?br/
新教利一开始极为反感罗马教廷的宗.教迫害。大力提倡“良心的信仰”。主张因信称义。但是。他们的教派后来也和国家政.权结合起来，在实践中就放弃了宗.教自由的主张。很多路德宗和兹温格利宗的国家，极力迫害他们认为的宗.教异端。比如再洗派(anaba)就遭到了极为血腥的迫害。历史学家们甚至一般认为，欧洲16世纪对再洗派的迫害。已经超过了当初罗马帝国对早期教廷的迫害。这些迫害，正是直接导致很多再洗派教徒逃亡美洲的原因。
当这些教徒来到美洲后，他们对欧洲的宗.教迫害当然仍心有余悸。不过，很多殖民者最初想要做的，并不是建立一个容忍多元宗.教的国家，而是希望建立一个只有自己所属的宗派的官方教会，在这里不再有欧洲那样的宗.教分歧和宗.教斗争。于是，他们热心地在新大陆传播宗.教。比如，1606年。弗吉尼亚的殖民地上就建立了圣公会，成为弗吉尼亚的官方教会。他们要求人们每天要来教堂两次，压制所有不同的教派，凡是有公职的人，都必须向教会宣誓。殖民地政府还用税收来支持教堂。不遗余力地惩罚破坏安息日、渎神、不信三位一体或上帝的教导的罪行，甚至用死刑来判处最后一项。同样，来到新英格兰的清教徒坚信，他们的宗.教是唯一正确和完美的宗.教。他们要在新世界创造一个崭新的统一教会。于是，他们同样用税收来支持教会，命令人们必须前往教堂，只有教徒才有投票权，所有的异端都被赶出殖民地。马萨诸塞湾的殖民地政府在他们的法律条文中宣布：“上帝不会允许任何国家主动宽容任何假宗.教』话黄小兰全文阅?a/"target="_blank"/毕窀ゼ尼亚和新英格兰各州的这种官方统一教会，一直持续到独立战争时期，甚?9世纪才告终结。
从欧洲的情况可以看到，当时宗.教迫害与宗.教冲突的根源，在于政教结合。各个宗.教之间的教义分歧本来是很正常的事情。如果各教派之间和平共处，在理论上相互竞争，本来不会造成血腥的迫害。但是，一旦某个教会得到国家的支持，甚至被尊为国教，它就可以用政治力量来维护自己的独尊地位，迫害别的宗.教教派。美洲早期殖民者因为坚信自己的宗.教是唯一正确的，他们的指导思想，是通过在新大陆上建立绝对统一的教会，来避免宗.教冲突。究其根本，这和罗马上帝派、英国圣公会等欧洲教会的做法没有根本的不同。并且，虽然美洲最开始是一个未经开垦的宗.教chù_nǚ地，但因为各种原因受迫害的教徒都会来到这里，在这里建立统一教会的可能性比在欧洲还要小。当然，在各殖民地之间没有联系的时候，在弗吉尼亚这样较小的地域之内建立官方宗.教，还不是完全没有可能的事情。但这样的宗.教理想，与后来联邦党人建立统一的美利坚合众国的愿望，无疑是相冲突的。无论是从各教派之间平衡力量来考虑，还是从建立统一联邦对抗英帝国来考虑，实现各教派之间的宽容和自由，已经成为统一的美国非常必要，且唯一可能的宗.教政策。
不过，正如赖特指出的，当时所谓的宗.教自由，并没有面向所有的宗.教。虽然宗.教自由的法律有效地取消了各地的官方教会，但是，宗.教自由只是教廷各宗派之间的自由，甚至主要是新教各派之间的自由。即使在罗得岛，虽然犹太人和上帝派徒可以居住和实践自己的宗.教仪式，但他们没有选举权，也不得占据公职。宾夕法尼亚1790年制定的宪法不再要求只有教堂徒才能享有公职，但是，他们却仍然要求。公职人员必须信仰上帝，信仰未来的奖赏和审判。宾州的规定比罗得岛的开放一些，原则上允许犹太人和上帝派徒占据公职，但是不信仰犹太教廷系统的宗.教的人却没有这一权利。最极端的例子是马里兰，公职人员要向上帝宣誓的要求直到1961年，才被最高法院认为违宪而撤销。
如果把美国的宗.教自由完全归结为各教派之间的力量制衡，当然有失公允。美利坚究竟如何从一个新教民族变成一个信仰自由的合众国，以及这种自由背后为什么有着那么强烈的新教色彩，这里还有更多理论上的原因。
人们都记得《独立宣言》里那段著名的话：“我们认为这些真理是自明的：人人生而平等，他们从他们的造物主那里被赋予了某些不可转让的权利。其中包括生命、自由和追求幸福的权利』话黄小兰全文阅?a/"target="_blank"/—为了眜险庑┤g。才在人们之间成立了政府u府的正当权力来自于被统治者的同