第一次征日战争虽然失败，但是自我感觉十分良好的忽必烈竟然认为经过此战日本必定已经领略到了蒙古大军的威力，会因此而屈服，遂再次派遣使者要求日本称臣纳贡做小弟。
但日本人很不给这位薛禅汗面子，很干脆的斩杀了蒙古来使，表示你若战，便来战。
忽必烈自然不会忍气吞声，在灭掉南宋之后，便着手准备第二次东征。远征军的士兵有中原各地、蒙古和高丽召集至沿海地区接受登陆作战训练，远征军的粮秣补给也源源不断地从全国各地征集，于此同时高丽和中国东南沿海的造船厂也昼夜赶工，制造大小战船和运兵船。
如此大规模的行动自然无法保密，日本人一直严密监视着元朝的一举一动，早已从各种渠道获知了忽必烈的计划，对即将到来的第二次“蒙古来袭”做了充足的战争准备。
此时的日本政局稳定，一代枭雄北条时宗对镰仓幕府和日本各藩的控制力远胜以往，因此得以集中更多的人力物力抗击蒙古人的入侵。
幕府与九州征用民夫于博多湾——这个敌人最有可能登陆的地区眼海滩修筑了一道石墙，用以阻碍蒙古骑兵。
当敌人的进攻日期临近时，北条宗盛和北条宗政分别率领精锐武士军开往本州和九州沿海地区布防，北条宗政的镇西军后来成为战斗的主力。同时九州各藩开始动员民兵，日本其他地区的武士也赶来参战。
公元一千二百八十一年，元帝国庞大的远征军由江浙和朝鲜两地同时出发。此次出征的军容十分壮观，共有大小船只近五千艘，军队约二十万，其中蒙古人四万五千人，高丽人五万多，汉人约十万，其中汉人大半为新附军（收编的南宋军），远征军中蒙古人自然是作战的中坚力量。
北方出海的舰队于五月底如日本人所料抵达博多湾，在等待南方舰队期间，蒙古人轻而易举的攻占了博多湾的几个岛屿，一如既往的将岛上的居民全部屠杀，岛上的建筑物也被他们全部焚毁。
六月上旬，南方舰队抵达，两支庞大的舰队在九州外海汇合，之后元军开始登陆作战，登陆地点九龙山距上次战争主力部队登陆的地点不远。
这一次，元朝远征军遭遇到了更加顽强，更加有效的抵抗，日本军队以石墙为掩护，不断击退元朝的进攻，还伺机组织反冲锋。
日本人最成功的一次反击击溃了高丽军主力，高丽军统帅兼东征大军副统帅，已经入侵过一次日本的洪茶丘被俘杀，几名蒙古高级军官也相继阵亡。
激烈的战斗持续了一个多月，远征军的损失已经超过三分之一，但依然不能突破石墙。到七月下旬，元军的粮草和箭矢都已告罄，此时无论蒙古人还是日本人大概都以为这次战争的结局会和上次相同，以元军的撤退收场。
然而八月一日，太平洋上突然刮起了猛烈的飓风，风暴持续四天，元军南方舰队的舰船基本被毁，北方舰队的舰船也损失大半。北方舰队剩余的舰船搭在着指挥官以及部分蒙古军和高丽军十分不厚道的逃离战场，返回高丽。南方军的指挥官和部分高级官员眼看回天无术，也不愿意做炮灰，只能丢下大部队，乘南方舰队残存的几艘船逃离战场。
此时九龙山的海滩上还留有近十万元军，这些人眼看着操蛋的军官抛下他们而去，呼喊骂娘都不顶用，每个人都陷入了一种深深的绝望之中。他们既无力突破日本的防线，又失去了退路和补给，只等待在沙滩上等死。
三天后，日本开始反攻，将已经饿得半死的残存的元军赶到一个叫八角岛的狭窄地区，然后纵兵攻击。
元军大部分被杀，剩余想两万多人作了俘虏。日本人将除了南方汉人以外的蒙古人、女真人、高丽人、色目人以及北方汉人全都处死，将南方汉人贬为奴隶。
今天的博多湾还有一座名为“元冠塚”的小山，据说是当年元军将士的集体墓地。
在这次惨败中，南方军只要三名士兵逃脱，他们拼凑了一条小船，幸运的漂回中国。忽必烈透过这三位幸存者终于知道了战败的真相。此次战争的副统帅汉将范文虎被当作替罪羊斩首，其他官员也受到不同程度的惩罚。
日本人称第二次蒙古入侵为“弘安之役”，此次战争日本投入的军队无论质量还是数量都远胜前一次，蒙古人在战术上没有丝毫的优势。
根据日本人战后的总结，蒙古人的战斗力并没有想象的那么强大，日本武士在各方面都胜过他们，尤其是在装备和战技方面。日本人的装备优势不仅在于战刀，也在于武士的铁甲，据说只要距离稍远，蒙古人的弓箭就无法射穿。
日本的武士完全脱产，自小就开始接受严格的军事训练，可以说是除了杀人什么都不会干，他们的战技胜过蒙古人并不奇怪。蒙古人的记载里也称他们擅长单打独斗，可以和日本人的说法完全互相印证。
由此可见，日本人打败两次蒙古入侵不完全靠的是运气，主要还是靠的他们的武士阶层，这个阶层的日本人从小接受杀人训练，武艺高强，而且社会地位很高，有丰厚的收入，可以负担的起精良的武器装备，是日本军队的主力，也是日军赖以取胜的支柱。
曾几何时，中国的唐朝也有一群这样的军事贵族阶层，他们从小接受严格的军事训练个个可以以一当十，并且出身豪门，可以自己负担起昂贵的精良装备，他们