事情果然按照萧别离和丹丹推定的那样发展，蒙哥大军到了襄阳城下，摆开阵势，先是逼忽必烈强行攻城，结果被别离炮轰得十亭去了三亭，萧别离带领萧家军和忽必烈城外血战，又得数千武林人士相助，忽必烈大军抵挡不住，败回去见蒙哥。蒙哥大发雷霆，狠狠责骂了忽必烈一顿，接着派他南取大理。忽必烈苦恼于蒙哥的胡乱指挥，但又不得不听从君命，率军五万绕开襄阳，去取大理。而忽必烈去后，蒙哥整日高台饮酒，与青妃厮混。萧别离以卑词厚礼之计，让高傲的蒙哥渐渐失去警惕之心，再加上青儿的策应，蒙古大军渐渐丧失南来的锐气。萧别离调派明教主力，趁机攻陷洛阳，断了鞑子退路。在与四川唐家堡、金钱帮等川蜀门派取得联系之后，蜀中宋军和武林人士以火船大破鞑子水军，萧别离水陆合一，渐对蒙军形成南北夹击之势。
忽必烈攻取大理，一路势如破竹，很快攻到云南，但在大理军民顽强抵抗下，迟滞在云南边界城池上。萧别离夜入皇宫，迫得理宗杀贾似道，以全天下兵马相授。萧别离于是以明教诸雄节制各路军队，沿忽必烈进攻路线，自后方收复失地。忽必烈进退失据，大军有覆没之忧。
半年后，萧别离整顿完全国军队，开始和蒙哥决战，大战当日，千军万马糜战襄阳，于战阵中以血战十式格杀蒙哥，鞑子军队全线崩溃。
萧别离趁机收复失地，北渡黄河，重新占据中原。忽必烈得知蒙哥兵败被杀，往北撤退，却被明教和白莲教率领的军队一路截击，待其九死一生回到蒙古，身边兵马仅余寥寥。
萧别离花费半年时间，将战线推到蒙古。蒙哥死后，忽必烈等人争夺大汗之位，蒙古帝国四分五裂，忽必烈在一部分人支持下登上汗位，与萧别离求和。
理宗突然暴毙，萧别离接受忽必烈求和，将国都迁往洛阳，并推理宗侄子赵禥为君，萧别离自称太尉。全国军政大权，尽落萧别离手中。
萧别离以郭靖为天下兵马大元帅，尊明教和道教为国教，放开宗教信仰，准许白莲教等传道。
一连窜的大动作之后，萧别离终于完成主线任务，蒙古帝国已经灭亡，分裂成四大汗国，四国之间经年纷战，蒙古元气大伤，已不足对大宋构成威胁。
林青儿也终于获得其余诸女承认，重新回到萧别离身边。丹丹遣人将韩天栋手中的宝剑奉还，至于这个人从此没有在世间出现，萧别离将宝剑赠与小龙女。
至于陆元和何沅君，他夫妇二人看透红尘，已经避隐江湖，在江南找了个地方住下。
萧别离大事已毕，携诸女回潜龙谷居住。
这一日完颜萍在谷中晒被子，忽见一人立在树下，仔细一瞧，竟是李莫愁，原来她已经还俗，见到李莫愁，完颜萍吟吟笑道：“李姐姐，你来啦。”李莫愁脸色有些不自然道：“是啊，萧别离呢，在哪？”
完颜萍道：“他在房间里，你想见他吗？随我来罢。”
李莫愁点了点头，跟在完颜萍后面。
二人推开萧别离房门，完颜萍道：“萧哥，你看谁来了。”谁知房中空无一人，完颜萍一怔，笑容立时顿住。
李莫愁道：“不在房间吗？”
完颜萍突然间想起什么，泪水霎那间夺眶而出，喃喃道：“萧哥……萧哥走了。”