南京城军务名义上的负责人有三，一为南京兵部尚书史可法，二为南京守备忻城伯赵之龙，三为南京镇守太监韩赞周。除了史可法，赵之龙与韩赞周都是北京城破前夕受崇祯帝委派临时赶赴南京提前布置军事的北京旧人。
如今北京早就失陷，崇祯帝也驾鹤西去，南京城的实权不可能让给赵、韩，所以当前拱卫南京城及周边的兵马主要有两支，一支提督南京大校场刘肇基统辖的南京大校场营、南京小校场营、南京神机营共一万五千人；一支领南京右府提督操江兼巡江防刘孔炤统辖的新江口营、池河营、振武营共近两万人。
刘肇基本为辽东系将领，在中原、辽东等处作战十余年，资历甚老，洪承畴总督辽东时被罢黜，转至南京任职。史可法奉命勤王，出动的兵力就是刘肇基这支军队。不过刘肇基当前正带兵驻扎南京对岸的浦口，一来就近防御江北，二来伺机向北支援凤阳、淮扬等处，所以他暂时动不了。
刘孔炤为勋臣诚意伯刘基之后，崇祯十一年就走通了时任首辅温体仁的路子来到南京，算得上南京旧臣。此人生性凉薄残酷，其父本为庶出，只因年长方得以继承爵位。他既袭爵，怕叔叔旧账新算，先下手为强把叔叔以及祖母胡氏全都杀了以绝后患，家丑外传，人多畏鄙之。
史可法督刘肇基出兵渡江，为防南京空虚，特留刘孔炤守城。因此时下南京城中可以调动的，只有刘孔炤的三个营。
刘孔炤听到张慎言说那一句“南京也有一个吴三桂在”，并见群臣纷纷点头，不甘落后，随口就道：“是也，协守瓜洲副将张天禄就屯兵不远，可让他进驻南京。”
张天禄与其弟张天福均为陕西人，曾随历任陕抚衙门及临洮总兵曹变蛟等征战剿寇，累功得授副将驻防瓜洲，就在南京左近。张氏兄弟兵马数千，多北地老兵，战力不俗，刘孔炤想起他也不奇怪。
然而史可法却捻须笑道：“诚意伯说的张家兄弟的确需要调用，不过张公口中的那个人并非张天禄，另有其人。”
“什么人？”刘孔炤脸一红。
“福建镇郑芝龙。”史可法正色说道。
张慎言这时对刘孔炤道：“素闻诚意伯与郑鸿逵交厚，通过郑鸿逵，可否拉拢郑芝龙？”
郑鸿逵虽是郑家人，但走的是武举入仕的路子，基本都留在南京，与刘孔炤等人交往频繁，史可法等人此前就暗中授意刘孔炤去探听郑鸿逵的口风。
刘孔炤回道：“郑鸿逵我一直在接触，最近一次见他是在秦淮河的画舫上，那时他酩酊大醉，但言只要朝廷要用，郑家必然为国效力。”说到这里，环顾史可法、张慎言等人，“难道诸公要招郑芝龙来南京？”
史可法道：“郑芝龙为海寇，本难登大雅之堂，可值此用人之际，凡事全该以大局为重，切不可囿于门户之见，化友为敌。郑氏经营东南十余年，钱粮充足，兵船壮盛。若得他相助，可溯江直趋湖广腹地，赵当世如何抵挡得住？”
刘孔炤思索着说道：“郑氏强于水战，舟船一出，湖广大江两岸自然所向披靡。可偌大湖广，并非独能以水战取之，要击垮赵当世，还需更多兵马。”
史可法点着头道：“诚意伯之言颇是，独郑芝龙一军的确难制赵当世。我之愚见，攻楚要分两步。”继而清清嗓门，“第一步，以南京刘肇基、诚意伯两军再加上瓜洲张天禄、凤阳刘良佐两军，合力将左梦庚、方国安击退。左、方人虽多，大体两万出头，我等数军联合足有五万余人，凭南京城力战，岂有不胜的道理？”
众人称是，史可法继续道：“与左、方对抗期间，便得先行遣人去福建请郑芝龙出兵。其众以中左所、金门所为老本据点，若解缆发船，走海路半月可至南京。届时我南京出万人、凤阳刘良佐万人、张天禄等部零散万人并郑芝龙水师两万人共五万大军并进湖广，取胜的把握将大上许多，这便是第二步。”
吕大器插嘴道：“郑氏久为寇，虽受招安，但恶行不改。招他进来，是否有引狼入室的危险？”
史可法摇头道：“郑氏为贼，外贼也。赵当世为贼，国贼也。以外贼击国贼，以毒攻毒。若其两败俱伤，为国家之幸。若赵败郑兴，郑氏到底难比赵当世势大，他要真有贰心，我等往后慢慢周旋，就轻松容易太多了。”
刘孔炤想了想道：“郑芝龙率军抵达南京，最快也要半个月，若左梦庚与方国安受挫回湖广坚守，或是赵当世趁机增兵再攻南京，该当如何？”
史可法摇头道：“这半个月时间看似给予赵当世反应准备的时机，但对我等而言，又岂非观察局势的良机？倘若湖广真无机可乘，我等暂缓进兵即可，不必匆忙行事。郑芝龙兵马就屯驻在南京便了，更加安稳。”接着又道，“且李、赵相争，双方纵深皆达数千里，不是仅凭一两场战斗就能决定胜负的。就给他半年时间，也未必有分晓。半个月，赵当世全线牵一发而动全身，难以短期内调动全线战略部署增援湖广，但我等则能整顿兵马，储备粮秣，做好万全准备。所以，半个月的缓冲，是我之利，赵之弊也。”
刘孔炤听了，道：“史司马所言极是，可话中‘南京出万人’，这个万人，从何而来？”南京主要兵力只他和刘肇基两支，看史可法回南京城都半个月了还没有把刘肇基军调回来的意思，可见十有八九是想让刘肇