就在这场快刀斩乱麻的平叛中，吕不韦在干什么呢？成了千古之谜。
吕不韦是相国，管理全国的军政大事。可是在加冠礼和平叛中，都不见有他的影子。平叛，嬴政用的是左相昌平君，昌平君是楚公子，在秦国做官，可见吕不韦已不受信任。
一年后，嬴政终于对吕不韦开刀，罪名是与嫪毐案有牵连（拉皮条的？），免去相国一职。嬴政还想杀掉这个“二爸”，但考虑到他为先王做的贡献实在大，又有宾客辩士纷纷来说情，闹得下不去手。吕不韦被罢免后，仍顶着文信侯的贵族帽子，坐拥洛阳十万户的封地。
这样的日子也不错，满咸阳都是故旧，即使被监视居住，老吕也不会寂寞。
可是没多久，嬴政又一道令下：“就国河南（今洛阳一带）。”
二爸，还是到你的封地上去呆着吧！
吕不韦在洛阳又晃荡了一年多。这期间，各诸侯国对吕不韦仍是恭敬有加，宾客使者络绎不绝，都来问候吕不韦。
听到这个情报，嬴政心里不舒服，怕“二爸”有一天也来个造反，也怕六国把吕不韦偷偷地携带走，做人家的谋臣。于是嬴政写了一封措辞严厉的信：
你对秦国有何功？秦国却封你在河南，食邑十万户。你和秦王是什么亲？而敢号称仲父。现在命令，你全家都迁到蜀地去住吧！
到此终于，恩断义绝了。嬴政要是老考虑先王不先王的，也就没法做事。这样子逼迫吕不韦，就是要逼他死。
青年君王终于从“伪父辈”的阴影中走出来了。
世界上哪有那么多愿意为别人义务当爹的，还不都是为权力而来。于是，嬴政也只能寡情，以期把大事做起来。
秦王嬴政的这一道谕令下来，韬光养晦的吕不韦知道，想苟且偷生是再也不能了。昔日权倾一时，今日贬斥边地，这反差太大了，超过了他的心理承受底线。也许是对复起灰心失望，也许是对君主的冷酷十分愤怒，也许是对下一步可能的惩处感到害怕，于是他不再留恋人生，饮鸩而死。
这颗政治巨星陨灭了，可是他的影响还在，还得劳驾秦王嬴政下一番工夫来清理。
吕不韦死后，他的数千宾客感念旧主人，偷偷把他葬在洛阳北邙山下了。这就是著名的“窃葬”事件。
嬴政发怒了，难道还有拿死人压活人的么？你们感念他，就等于说我不对。于是，嬴政又有一道谕令下来：
吕氏舍人凡是去哭丧的，三晋人逐回老家去；秦人六百石以上爵位者，夺爵、流放；五百石以下未参加哭丧者，流放、但不夺爵。
这道命令一下，算是把吕氏集团完全摧毁。据考证，吕氏的这些舍人，全都被迁到了蜀地的房陵（今属湖北十堰）。
耐人寻味的是，几乎就在同时，原先被流放到房陵的嫪毐门客四千余家，却被允许从蜀地迁回老家去。嬴政的这一措置，也许是为了安抚母亲，也许是为了凸显打击吕氏的力度，让人感觉这个年轻君主在想些什么，不是那么好琢磨的。
就在对吕不韦不断惩罚的这几年，秦国实施了400年的客卿政策，突然发生了了大的改变。嬴政下了一道《逐客令》，在境内大肆清查，凡是外来宾客全部限期离境。周朝人都知道，自秦穆公发布《求贤令》之后，来自山东六国的客卿，为秦的扩张事业立下赫赫功劳。嬴政不会是个不了解历史的人，那么，是什么原因使他出此极端之策的呢？
事起一件匪夷所思的间谍案。