由于大光头的算计，好不容易才解决了魔法师的争斗的上条君再次被卷进了这次的战斗里。
以上条君老好人的脾气，怎么可以将正在受到伤害的女孩子弃之不顾。
在去买书的路上无意间遇见了一位御坂妹妹，在和御坂妹亲密得游玩了一阵后却在回家的路途中发现刚刚还在和自己谈笑的御坂妹妹就这么死在了小巷内。
“这···这是···哇啊啊啊啊！！！”顺着偶然发现的血迹跟了过来，没想到却是这样一幅惨绝人寰的画面出现在眼前。虽然曾今也见过死人了，但那些人不但包着铠甲还是不认识的人，亲眼看到熟人死在面前上条当麻还是不由得惨叫起来。
“喂！喂！！！是警备员吗？我要报案，我···我发现死人了！！！快来啊！”上条当麻慌乱得述说着自己的发现。
“好的，好的，我就在xx书店附近，我在书店门口等你们！”被警备员安慰了一会之后，上条当麻总算是能够理智的思考了。没有办法准确的描述小巷的位置也只好定下一个最近的地方亲自带警备员过来了。
“啊啊啊！快来啊！！！······啊！来了！这边这边，快跟我来！”焦急得在书店门口跺脚的上条当麻在看见警备员时不停地挥手意识自己的位置，马不停蹄地带着警备员回到小巷里。
“这里吗？可是什么也没有啊！”大量了一番的警备员不悦得看着上条说道。“怎么会？这里？之前？我记得就是这里到处都是血才对！”上条当麻显然也不能接受这个现实。难道是我撸多了产生幻觉了吗？怎么可能啊！谁能告诉我发生了什么。
没错，现在呈现在上条当麻还有警备员面前的是一尘不染的巷子，干净的别说是血肉了，连垃圾都没有一点。好似之前根本就是上条误入了地狱一样的里世界一般。
“下次不要再开这样的玩笑了，要是再报假案就抓你进去教育两天。”白跑一趟的警备员没好气得对上条当麻教育道。
也是，想人家警备员要管那么大一个都市的安危已经很累了，要是再这样被人打电话骗得跑来跑去还不累死啊！再次检查了一下没有发现什么端疑的警备员就这样离开了。
“怎么会！”在警备员离去之后，上条当麻依旧徘徊在小巷里。
不会错的，之前一定没有看错，确定有一个御坂妹死在了这里，我一定要将真相找出来。怀抱着这样的信念，上条独自迷茫得往小巷的深处走去。
充满困惑的上条当麻在小巷深处见到了长着同样模样的数十位「妹妹」以及被杀害的那位妹妹尸体，妹妹们在确认上条无事后先行离开。
作为一个好人，自然不可能放在这样的事情不管吧。理所当然的上条当麻去找御坂美琴去确认这件事了。但是世事总是不如人意，傍晚来到常盘台的上条当麻并没有找到御坂美琴。这也是意料之中吧，毕竟御坂美琴现在还忙着去摧毁那些与绝对能力者计划相关的研究所。
由于舍监的突袭，上条当麻被黑子强硬得塞到了御坂美琴的床底下。当然，在上条当麻被塞进去的瞬间黑子就后悔了吧，由于对于舍监的恐惧既然让这个类人猿玷污了姐姐大人的床底，万一这个类人猿在姐姐大人的床底做出这样那样的事情怎么办！
也拜这次舍监的突袭的功劳，上条当麻无意中在床底的玩偶中找到了自己苦苦寻求的真相。充满震惊得读完「绝对能力进化实验」资料，上条当麻匆匆得开始寻找御坂美琴。
以被杀害为目的，而创造出来的少女。
从某人的体细胞中取出细胞核，植进完整无缺的卵子中，在试管中与数种药物混合，最后培养出来的一具肉块。
外观看起来像是十四岁的少女，但其实一直被关在冰冷的研究机构中，甚至连名字都没有，只能拥有一个号码。
但是，那又怎么样?
就算御土反妹妹被制造出来的目的只是为了被杀，就算她被制造出来的方式只是从某人的体细胞取出细胞核塞进卵子里，就算她一直活在冰冷的研究机构中，就算她连名字都没有，只能拥有一个号码。
但是，在上条的饮料掉到地上的时候，她主动伸出了援手。知道三色猫身上有跳蚤的时候，她帮忙驱除。
虽然表情上看不出来变化，但是跟黑猫在一起的御版妹妹，心情似乎颇为高兴。
这些都不是什么特别的事情。对普通人来说，或许没什么大不了，不需要经过特别的思考，一切都只是理所当然。
但是反过来说，
御版妹妹正是一个能够理所当然地，做出这些没什么大不了行为的“正常人”。
怎么能够把她当作实验动物一样对待?
虽然上条不知道美琴是基于什么样的理由，才在上条面前露出笑容，隐瞒着这个事实。
但是，既然御土反美琴绝对不是对这样的“实验”毫不在乎。
那上条当麻，就还能跟御土反美琴站在同一阵线。
不能再继续在这里等下去了。不，应该说，就算在这里继续等待才是最佳选择，上条也无法忍着什么都不做，在这里继续多等一秒钟。
上条抓住黑猫的脖子，奔出了房间。完全不在乎是否被人看见。他不顾一切地在走廊上狂奔，冲下楼梯，打开大门，带着一股惊人的气势往门外奔驰而去。
虽说皇天不负有心人，但能说这句话的都是那些被上天爱戴的气运主角