刘裕入主建康的首要任务不是追击桓玄，而是巩固自己在建康的地位，毕竟桓玄大势已去，不可能再有东山再起的机会，抓着了，是锦上添花，抓不着，也无伤大雅。
而且卫风摆明了是要夺取荆江二州，虽然刘裕很不乐意上游掌握在卫风手里，但人家有实力，大破魏军也令刘裕心存忌惮，因此他并不愿意在阵脚未稳时过早与卫风发生冲突，更何况放走桓玄也不是一点用都没有，桓氏在荆襄经营数十年，卫风想得到荆州，总不能轻轻松松，说不定还能磕掉大门牙呢！
桓玄主政时，事无巨细，亲历亲为，追求完美，自然也要求臣下不得有一丝缺陷，在给他的奏章中，即便是发现一个错别字，最起码也要罢官撤职，根本谈不上量才录用，而刘裕一改桓玄弊端，他不干涉政令革新，秉承用人不疑，疑人不用的指导方针，并把政事完全托付给了刘穆之，除此之外，还一力笼络高门甲族。
笼缀高门甲族离不开王谢，对于卫风倚重的王凝之与谢混一系，刘裕只维持着表面上的客气，因为他清楚在卫风垮台之前，这二系不可能为他所用，关键是卫风与这两系纠缠的太深了，谢混把两个宝贝女儿都许给了卫风，刘裕还能如何？
刘裕重用的是王导的直系，即曾给桓玄奉上玺绶的王谧，王谧当初也曾救过他一命，另一系则是谢重，即与谢混、谢道韫不大对眼的谢氏旁支，并把年仅十四岁的谢晦任为了孟昶的中兵参军。
只不过，刘裕虽无心追击桓玄，刘毅却立功心切。在刘裕入主建康的第十天，即五月十日，刘毅找到了刘裕，说道：“德舆兄。如今建康初定。但桓玄仍未伏诛，故毅请领水军攻打桓玄。必将生擒此獠，迎主上回镇建康！”
“这....”刘裕有了片刻的迟疑，只是拿不出正当的理由拒绝，在看了看刘穆之。刘穆之略一点头之后，便道：“好，既然希乐有心，就让无忌随你同去，你若取下荆江，二州刺史可择其一！”
刘毅心头大喜，郑重施了一礼：“请德舆兄放心便是。毅这就去做准备，争取十日内启行。”说完，疾步向外走去。
目送着刘毅的背影渐渐远离，刘穆之捋须微微笑道：“将军。刘毅自视颇高，将来或有可能与您生出争端，让他去上游，与卫将军争夺荆江二州倒也不错，刘毅虽未必是卫将军敌手，却可使我北府军与卫将军结下仇怨，若是刘毅被卫将斩落马下，呵呵~~至少可以抵消掉卫将军对京口的援手之德啊！”
“哈哈哈哈~~”刘裕禁不住的捋须长笑！
......
刘毅与何无忌于十日后领水军万人追击桓玄，而桓玄在荆州还是有些根基的，竟然也纠集了近五万的水军反扑刘毅，他害怕的只是卫风与刘裕，对于刘毅还未放在眼里，两军于峥嵘洲（今湖北黄冈西北长江中的沙洲）相遇。
放眼望去，桓玄一方有近千条船，还有数条楼船，而北府军由于原来的水军已被打散，同时水军不像步卒那般说召集就能召集，最起码水手要一个个的找来，船只也要一艘艘调集，所以刘毅才需要花费十天的时间。
可纵是如此，也只收集到百来艘艨艟斗舰，人数只有万人，面对着对面那浩浩荡荡的舰队，刘毅的心里有些发怵，迟迟没法下达进攻的命令。
何无忌不禁冷冷笑道：“希乐，桓玄虚有其表，此人志大才疏，胆怯如鸡，乌合虽众，不足一扫，你看，他在大舰旁系有小舟，已便败时逃循，如此怯弱，三军谁肯用命？两军决战，胜负之间，尽在主将雄怯与否，汉光武破昆阳，魏武克官渡，皆是以寡制众，彼能行之，你我何不可？”
刘毅细细一看，果然如此，于是放下心来，大喝道：“今日便是我等大破桓玄之机，檑鼓！”
当时的水军战法主要有三种，一是战船冲撞，利用已方坚船冲击敌舟要害部位，如划过舷侧断其长楫，冲撞船尾破其舵室，或拦腰撞其斗楼，毁其弩窗、矛穴，使敌船丧失部分战力，二是当狭路相交，舟楫相逢时，须以楼船士跳帮接舷作战，三则为火攻，但火攻不可轻用，须与天时地利紧密结合起来。
而且水军的军纪极为严苛，甚至连骑兵都远远及不上，因为水战动辄舟楫数千，稍有不慎便会引发混乱，所以军士、船工、舵手须分工明确，各就其位，战船行进调度须有严格规定管理。
檑鼓一通，吏士皆严，檑鼓二通，伍什皆就船整持橹棹，军士各持兵器就船，各当其所，幢帆旗鼓各随将所载船，鼓三通鸣，大小战船以次发，左不得至右，右不得至左，前后不得易，违令者斩！
“咚咚咚~~”第一通鼓重重檑响，北府军将士均是面色沉凝，一股凛然煞气正在蕴酿当中，第二通鼓响，船面上的战士各就各位，把兵器牢牢握在了手里，第三通鼓响，猛然间，近百条船运桨如飞，向着上游直冲而去！
桓玄心头大骇，惊呼道：“想不到刘毅也是一员勇将啊，朕小瞧了他，朕不该轻身犯险，速退速退！”
卞范之立刻劝道：“陛下，退不得啊，一退全军必乱！”
桓玄不悦道：“朕为九五至尊，怎可置身于险地？你究竟存的什么心思？”
卞范之立时闭上了嘴巴，一丝苦涩升上了心头，桓玄和他父亲桓温相比，一丝一豪的英雄气概都没继承到，反而各种恶习缠身，甚至卞范之都怀疑，桓玄是不是桓温的种？桓