一觉起来的申若愚神清气爽，在基地里转了转之后感觉这里还是人太少了一点，缺乏人气，来来回回的全部是机器人，对此申若愚有些皱眉头，对于现实世界的人才申宫若愚还是不敢招揽，怕引起什么国家的注意，思来想去还是感觉生化危机世界比较靠谱，毕竟那里已经是末世了，只要能够给那些科学家一个安全能吃饱饭的环境，想来那些科学家是不会有什么意见的才对。
想做就做，在之后的一段时间里，申若愚频繁的来往于生化危机世界和本源世界之间，只要异能能量足够，就会带一个科学家回到基地，然后就锻炼拳法和枪法以及念力控制绣花针进行刺绣，这是申宫若愚一时无聊想出的办法。直到异能能量再次足够穿越。
转眼间时间再次过去三年，申若愚的异能再次有了进步，现在不但能够带两个人进行穿越，而且异能的恢复速度也达到了一天就能恢复能量的地步。这对于申宫若愚来说实在是一件好消息，而基地的人数也达了五百多人，而科学家们也对这里感到满意，除了不太自由之外，这里相对于生化危机世界简直就是天堂。
这三年来，除了在生化危机世界招人手和掠夺各种物资之外，申若愚根本没有离开过基地一步，但是申若愚并不感觉无聊，只是现在地下基地基本已经完成，是该开始进行地上部分的建设了。
地上部分申若愚打算完全按照电影中仙山福地的样子建设，那么首先悬浮山就是必须要有的道具之一了，《阿凡达》和《蜀山传》是之前早就选好的电影，申宫若愚准备先进入《阿凡达》之中试试手，毕竟那些悬浮山听说也是一种珍惜的矿物资源。
在基地外面的草地上，申若愚打开了电影《阿凡达》，再确认清空了戒指之后，申宫若愚带上新制作的外骨骼装甲打开氧气做了最后的检查，然后果断进行了穿越。
故事发生在2154年的潘多拉星上。潘多拉星是南门二恒星系波吕斐莫斯行星（us）的一颗类地卫星，星球上生物繁茂。rda公司正在星球上开采名为难得素的珍稀矿产。派克·塞弗里奇主管rda殖民地的采矿作业。rda殖民地有着自己的私人保安部队“－ops”。潘多拉星的大气对人类有毒，迫使人类必须使用呼吸面具。
潘多拉星球上的居民纳威人是具有智力的类人种族，有着10尺长的尾巴和蓝色的皮肤；他们与自然和谐共处，崇拜大地之母爱娃（eywa）。为了改善和纳威人的关系，并对潘多拉星的生物圈加以研究，科学家们培养了纳美－人类混血的“阿凡达”，他们可以通过心灵连接而受基因匹配的人类控制。前海军陆战队队员杰克·萨利里的双胞胎兄弟是一名科学家，曾接受过作为阿凡达控制者的训练，但却在一次商业迫害的抢劫中被杀害。于是，下身截瘫的萨利里就接替了其双胞胎弟弟的工作。阿凡达计划的领导者格**·奥古斯汀博士认为萨利里并不能胜任他弟弟的工作，因此为他安排了一名保镖。当处于阿凡达形态的格**、人类学家诺姆·斯贝尔曼和杰克正在萨姆林中收集生物样本并记录数据时，一只闪雷兽（tor）袭击了他们，导致杰克与队伍走散。女纳威人妮特丽（救出了迷失在萨姆林里的杰克，并把他带回了她的部族——奥马地卡雅族（oetree）。妮特丽的母亲是部族的精神领袖，她对这名“梦行的战士”（walker）很感兴趣，并指示她的女儿要将纳威人的生活方式传授给杰克。
－ops的领导者迈尔斯·夸里奇上校向杰克许诺说，如果杰克能提供可迫使纳威人与其合作的情报，他的截瘫就能得到恢复姓的治疗。随着杰克开始向夸里奇提供情报，格**也越来越对其感到怀疑，最后她决定将自己、杰克和诺姆三人，转移到具备阿凡达连接单元的偏远基地去。在三个月里，杰克与妮特丽和奥马地卡雅族人愈加亲近，并最终拒绝了夸里奇和rda的要求。当奥马地卡雅族接受杰克成为其中一员后，他和妮特丽互相选择对方作为自己的伴侣。当一台推土机铲平了声音树（treeofvoices）后，杰克破坏了它：这显示出他效忠对象的改变。夸里奇给塞尔弗里奇播放了杰克的影像曰记，杰克在影像中说到，奥马地卡雅族绝对不会放弃家园树。于是，塞尔弗里奇下令摧毁家园树。
尽管格**竭力主张说，摧毁家园树会影响潘多拉星球有机体赖以连接的神经网络，但塞尔弗里奇只给了杰克和格**一小时去劝纳威人离开家园树。杰克向奥马地卡雅族人披露了他的最初任务，妮特丽认为杰克出卖了他们。杰克和格**的阿凡达因而被俘。夸里奇的军队摧毁了家园树，杀死了包括妮特丽的父亲eytucan酋长在内的许多奥马地卡雅族人。在基地，杰克、格**和诺姆因背叛rda公司而受囚禁。对夸里奇的战争手段感到厌恶的保安部队飞行员楚迪·查肯将他们劫出，把他们带到前哨站，并协助其转移。但在逃离过程中，格**被夸里奇击中，严重负伤。
为了重获奥马地卡雅族人的信任，杰克制服了一只霸王飞龙（leonoeryx）：历史上只有五名纳威人驯服过这种强大的空中捕食者。杰克在神圣的灵魂之树（treeofo‘at帮助治愈格**。在灵魂之树的帮助下，族人们试图将格**从其奄奄一息的人类躯体中转移到她毫无意识的阿凡达身上，但因其伤势过重，格**未能坚持完转换。随后宣布说：“她现在