襄阳整军的目的何在，奏报到了京师，陈燮一五一十的把他作的事情都说的很清楚。最后才提到了整军的用意：官兵为何不振？无他，不公也！以文驭武之道，本质上就是一种最大的不公平。武将要求着文臣，打仗送死的是他们，首功还落不到头上，臣以为这一点必须要做出一些改变。襄阳整军，就是一个尝试。各省官兵，猬集襄阳，以陛下的名义，去芜存菁，发饷到人，监督口粮，这些事情才是监军该做的事情。
陈燮说的很含蓄，实际上的意思就一个，要皇帝把军队抓在手里，而不是交给文臣去瞎指挥。还有一点，就是要朱由检明白一个道理，权利的是需要制衡的，只有皇帝、文臣、武将三者之间的权利出现一个平衡时，才叫真正意义上的平衡。
襄阳整军的事情，对于文臣阶层来说，是一种真正意义上的挑战。如果在明朝的其他时代，陈燮这么做的问题很大。受到的阻力将是整个天下，甚至武将都不会支持。但是在明末这么做，得到了皇权的支持和武将的支持。理由很简单，整个文臣阶层，在明末表现过于拙劣，导致武将集团在对内对外的战争中，实际上是文臣在求着武将好好打仗。这一点，在杨嗣昌对待左良玉的问题上就能看的很明白。实际上，这也是陈燮要杀左良玉的关键理由。
陈燮自己本质上是个军阀，但是他绝对不允许出现别的军阀。陈燮这个军阀，将来是要出去祸害别的国家的。其他军阀，那是要祸害大明的。这个一定要搞清楚。
明末的农民战争，在陈燮看来，最大的功劳就是把大明的基层缙绅给洗了一遍，河南、陕西、山西、江北、这几个省的情况最为明显。尤其是河南省，可以说被反复的洗，给陈燮在河南进行一些尝试奠定了基础。这些都是后话了。事情要一件一件的做，路要一步一步的走，没有人能一步登天，也没有一觉醒来就能实现四化的好事。
襄阳整军，首先是军事制度上的改变，陈燮在其他各省的军队之中，引进了真正意义上的监督机制。这个监督机制，其实说穿了很简单，就是如实发饷到人，独立的宪兵制度。什么人来发这个饷？监军，代表皇权的监军。那么如何杜绝监军的贪腐呢？这就是皇帝的事情了，陈燮还真的操不了这个心。至于宪兵嘛，陈燮只好暂时先自己来做。回头把这个制度完善了，再交给王德化这个监军体系。监军监军，不就是该做这些事情的么？瞎指挥，不是监军该做的事情。
陈燮这份奏折，在朝廷内引起了不小的恐慌。主要是文臣们慌了，因为陈燮这么干，等于是在军队控制上，绕过了文臣集团，另辟蹊径，让皇帝走别的渠道来控制军队。
文臣集团的恐慌，陈燮没负责的心思。反正这事情，陈燮早就想干了。爱慌不慌！([m.520dus.com 书呆网]。。)