在第三次忍界大战彻底爆发后，长期活跃在战争前线的神原真司，修炼时间大幅减少。
导致沸遁的开发也用了一年半的时间才完成，尘遁的开发更是遥遥无期，没有丝毫进展，被他无限期搁置了。
不过相对应的是，神原真司因为战功而早卡卡西一年被村子破格提拔成为了上忍，一个仅十岁就名噪一时的天才上忍。
这几年里，在砂隐战场上，神原真司直面了同为灼遁血继忍者的叶仓，第一次在人前使出了他所拥有的第二种血继限界，炎遁。
与叶仓平分秋色的一战，加深了神原真司对灼遁的领悟，让他的实力更进一步，更让他有了炎灼使的名号。
在云隐战场上，神原真司旁观了金色闪光对战云隐ab组合之战，第一次近距离目睹了忍界巅峰忍者之间的战斗，让他对于飞雷神之术这个时空间忍术更加渴望了。
除此以外，为报卯月真咲手臂被废之仇，神原真司还主动挑上了云隐磁遁忍者特洛伊，在战场上将其一举击杀。
将碰触到的东西磁化，再通过磁化物品的接触将磁性转移到敌人身上，让敌人身体磁化，再借由磁性攻击敌人，使敌人无法躲避的磁遁·磁化之术，根本奈何不了神原真司。
必中的方片手里剑也就只能对付一下普通忍者了，对已经开发出磁遁的神原真司来说，特洛伊使用的所有攻击都是徒劳的。
特洛伊运用磁遁的方式太过拉胯，无论是砂铁，砂金，还是砂子，都远胜他所谓的磁化手里剑。
四大自然力之一的磁力的真正威力可不止这一点，只可惜神原真司自身文化程度和知识储备不够，无法深入运用磁力。
不过即便如此，只要神原真司肯花费一定的时间去开发自身的磁遁，未来就可以在磁遁上轻松强过忍界其他磁遁忍者。
单身出阵的神原真司，炎遁与灼遁并用，轻松的完成了一场碾压式的战斗，特洛伊四人小队更是被他全数击杀，这一战后，他便被村子破格提拔为了上忍。
随即而来的是神原真司在黑市悬赏金的提高，一个还没完全成长起来的少年天才，在黑市的悬赏是高过他本身的身价的。
之后神原真司更是与波风水门、秋道丁座，以及原小队队长油女志微一起，频繁的执行a级和s级的任务。
期间神原真司参与了封印了楼兰古国的龙脉封印，但过程中却没有遇到时空来客，水门父子也没有相遇，这一点他能确认，因为他事后查看过记忆没有被封印的情况。
在草之国的对岩隐战场上，与波风水门一起前去支援木叶前线防御部队的神原真司，第二次遇到了爆遁狩。
今非昔比的神原真司轻易结果了曾经叫嚣要结果他，却被他废了左臂的爆遁狩，还消灭掉了爆遁狩率领的一整支岩隐爆破小队，及时为仅剩四人的木叶前线防御部队解了围。
神无毗桥之战后，接到野原琳求援的神原真司，还从岩隐精锐部队的包围中，救下了留下断后，拖延时间的卡卡西和迈特凯两人。
也就是在这一战中，卡卡西以千鸟切断了岩隐忍者发动的大范围攻击术式所制造出来的雷电，让千鸟有了雷切之名，在这之后没多久，木叶与岩隐的战争便彻底结束了。
木叶历四十六年，由于金色闪光波风水门在前线的突出表现，以大野木为首的岩隐高层抽调千名忍者，穿过草忍者村对木叶进行突袭计划遭到遏制。
在神无毗桥一战失利，补给线被以金色闪光波风水门为首的小队切断后，面对砂隐介入的岩隐，只好选择了和木叶和平谈判，结束战争。
当然这里面也有猿飞日斩认下了承认岩隐活动，放弃战后索赔权力的合约的原因。
也正因为此，为了对在战争中牺牲的木叶忍者负责，同时迫于木叶高层志村团藏的压力，全面承担责任的猿飞日斩才主动退位，辞去了三代目火影的职位。
不肯轻易放手大权的猿飞日斩，在与大名的会议上，直言自己的得意弟子大蛇丸眼中藏有恶意和野心，拒绝了让大蛇丸担任火影，随后提名徒孙波风水门接任他的位置，提名也顺利的通过了。
得知消息的大蛇丸，与志村团藏一致认为猿飞日斩此举是把波风水门当做傀儡，师徒一同掌控木叶。
从结果上来看，猿飞日斩在退位后依旧把持着极大的权力，暗部没有移交给波风水门，而是让水门自行组建直属暗部。
政务方面就更不用说了，以波风水门经验不足需要指导为由，从卸任到九尾之乱，猿飞日斩一直都没有放手政务。
当然这些政治上的事情和神原真司没什么关系，战争结束给他也带来了不少的好处，除了修行时间的变多之外，也方便了他学习村子所拥有的高级忍术，乃至部分禁术。
在木叶，完成高级别的任务是可以申请学习新的忍术的，去执行有些特别危险的任务时，村子还会提前将忍术预支。
猿飞日斩在位时，神原真司很少用功绩来换取新的忍术，只换了几种b级的五遁术，大部分功绩都积攒了下来。
一来他是为了积攒更多功绩换取更高级的忍术，二来是他认为不是提出学习如飞雷神这种禁术的时候，因为猿飞日斩不一定会同意，而且如果因此暴露了野心就不值当了。
四代目波风水门刚继任没几天，神原真司便前往火影办公室，提出了将自己积累的战功和以前没有兑换的任务