三月十七日，农民起义军围攻京城。十八日晚，朱由检与贴身太监王承恩登上煤山（也称万寿山，今北京景山），远望着城外和彰义门一带的连天烽火，只是哀声长叹，徘徊无语。李自成军攻入北京。太监王廉急告皇帝，朱由检在宫中饮酒长叹：“苦我民尔！”太监张殷劝皇帝投降，被一剑刺死。朱由检命人分送太子、永王、定王到勋戚周奎、田弘遇家。回宫后写下诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈烺。又命周皇后、袁贵妃和3个儿子入宫，简单叮嘱了儿子们几句，命太监将他们分别送往外戚家避藏。他又哭着对周皇后说：“你是国母，理应殉国。”周皇后也哭着说：“妾跟从你18年，陛下没有听过妾一句话，以致有今日。现在陛下命妾死，妾怎么敢不死?”说完解带自缢而亡。朱由检转身对袁贵妃说：“你也随皇后去!”袁贵妃哭着拜别，也自缢。朱由检又召来15岁的长平公主，流着泪说：“你为什么要降生到帝王家来啊!”说完左袖遮脸，右手拔出刀来砍中了她的左臂，接着又砍伤她的右肩，她昏死了过去。[24－25]
朱由检又砍死了妃嫔数人，并命令左右去催懿安张皇后自尽。懿安张皇后隔帘对朱由检拜了几拜，自缢身亡。十九日凌晨，李自成起义军从彰义门杀入北京城。然后朱由检手执三眼枪与数十名太监骑马出东华门，被乱箭所阻，再跑到齐化门（朝阳门），成国公朱纯臣闭门不纳，后转向安定门，此地守军已经星散，大门深锁，太监以利斧亦无法劈开。三月十九日拂晓，大火四起，重返皇宫，城外已经是火光映天。此时天色将明，朱由检在前殿鸣钟召集百官，却无一人前来，朱由检说：“诸臣误朕也，国君死社稷，二百七十七年之天下，一旦弃之，皆为奸臣所误，以至于此。”最后在景山歪脖树上自缢身亡，死时光着左脚，右脚穿着一只红鞋。时年33岁。身边仅有提督太监王承恩陪同。[8][26－27]上吊死前于蓝色袍服上大书“：
“朕自登基十七年，逆贼直逼京师，虽朕薄德匪躬，上干天怒，致逆贼直逼京师，然皆诸臣误朕也。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。”[28]
三月二十一日尸体被发现，大顺军将朱由检与周皇后的尸棺移出宫禁，在东华门示众，“诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之。”，梓宫暂厝在紫禁城北面的河边。当地平民又将他合葬在田贵妃墓中。清军入关后.将他移葬思陵，谥为怀宗，后改谥庄烈帝。南明政权谥他为思宗烈皇帝，后又改谥为毅宗，史又称崇祯皇帝。[29－30]
明思宗死后，自杀官员有户部尚书倪元璐、工部尚书范景文、左都御史李邦华、左副都御史施邦曜、大理寺卿凌义渠、太常寺卿吴麟征、左中允刘理顺、刑部右侍郎孟兆祥等，驸马都尉巩永固全家自杀，[31]太监自杀者以百计，战死在千人以上。宫女自杀者三百余人。绅生生员等七百多家举家自杀。[32]四月四日，昌平州吏赵一桂等人将崇祯与皇后葬入昌平县田贵妃的墓穴之中，清朝以“帝体改葬，令臣民为服丧三日，谥曰庄烈愍皇帝，陵曰思陵”。
明朝在中国北方的统治处于崩溃边缘。之后，南方明朝势力于南京拥立福王朱由松建立南明政权。[33]
庙号谥号
顺治十六年十一月，以“兴朝谥前代之君，礼不称，数不称宗”为由，去怀宗庙号，改谥庄烈愍皇帝，清代史书多简称为“庄烈帝”。
思陵神主题为：大明钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝，当为清代所加谥号的全谥。[34]
另有书作守道敬俭宽文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝或果毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝，[35]改庙号钦宗[36]等，又有作庙号烈宗[37]或敬宗[38]，谥号正皇帝[37]。
南明安宗之大臣张慎言初议崇祯帝之庙谥号为烈宗敏皇帝，顾锡畴议庙号干宗或乾宗[39]。但不被采用。最终在崇祯十七年六月定先帝谥号为绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝，庙号思宗，弘光元年二月丙子改上庙号毅宗[40]。唐王谥为威宗。
如果崇祯南渡，带来的结果肯定会大不一样，以崇祯的正统身份可以避免后来南明面对的几股势力博弈而相互拆台的局面，各方力量相对会比较集中，而以崇祯的干练和经验，应该能够很快发现和调动江南的雄厚经济实力，随之南下的军队得到南方物资和经济的援助后会重新焕发出战斗力，但是局面的发展还有决于崇祯对大局的判断，对明朝来说，南渡后最好的策略是联合大顺或大西，而北面则积极抵抗后金，而此时吴三桂的关宁军很可能保持中立，静观成败，但绝不会立即倒向后金；崇祯如策略得当，将后金赶出关外，再收拾农民军，最终全部翻盘也是有可能的。
另一种可能，崇祯若采取联金灭顺的