柳真元是个心机很深的人，却做着最简单的决择，在那次貌似胜利其实注定失败的镇江水战后苏门三少的水师追随郑爽和朱聿键进入了福建，隆武帝即位后郑芝龙几个郑家兄弟封了候，黄道周为吏部尚书、蒋德璟为户部尚书、柳真元以他的睿智也成为了兵部的红人，而与林家姐弟的隔离让他寝食不安，所以当黄道周不愿皇帝受郑家架空一定要北伐的时候他是支持的，他不能呆在这明显尔虞我诈的朝廷，也不愿意皇帝这样等下去，贻误战机。
黄道周凭一腔忠义，自己出钱，加上朋友资助，仅带万余两白银，携数名弟子慷慨出征。福建各地义民闻之而附，近万人加入他的指挥之下。隆武帝非常感动，流涕送行。由于人、财、物皆在郑芝龙家族掌握之中，隆武帝只能给这位老忠臣一百道空白委任状，没能拔给他一两军饷和一个士兵。柳真元主张黄道周先要练兵，因为这支拼凑起来的军队，全无作战经验。黄道周救国心切，却一定要先行进入江西，进至江西广信清军已经抢先一步，占领了黄道周原拟为收得基地大本营的徽州。情急之下，黄道周紧急上疏隆武帝，请求增兵益饷。郑芝龙等人丝毫不为所动，隆武帝只能着急，没有任何办法，只能坐视黄道周身陷窘境。黄道周如此临危不惧冒死出征，郑氏家族仍旧在朝中散播闲话，说黄道周交通外臣，欲谋不轨。忧急之间，柳真元主张先派遣骑兵，昼伏夜行，去镇江和贾珠联合，同时积极地联络闯王的余部，控制大运河和长江的一些贸易沿线，这个相对正确的决断却没有被采纳。而此时黄道周的一个学生在江西婺源当明朝的县令，他给老师发来“密信”，表示说可以充当内应，要老师一定率军前来攻取婺源。
其实，这个人已经为清廷卖命。黄道周不知是计，贸然发三路兵前往。结果，半路皆被预先设伏的清军各个击破。黄道周手下仅剩三百人，战马十匹，仍旧义无反顾，直前冲杀。一战全部覆没，黄道周被擒，押入婺源县城大牢看管。柳真元因为出去联络贾珠，带着贾珠段传秀匆匆赶回，他们在大牢外埋伏多日，却找不到救人的机会。段传秀和贾珠在外围打了几次婺源，清兵兵力太强，不得不离开。柳真元继续隐蔽追查。
清朝贝勒博洛要率军攻福建，决定先杀害黄道周，给隆武帝一个打击，将黄道周一行押行至南京东华门时，黄道周坐地不起，高声说：“这里与太祖皇帝陵寝甚近，可于此处杀我！”扭头之际，看见市坊中有福建门牌，黄道周更坚定了要受刑当地的决心：“福建，皇帝正在那里，临行拜君，臣子之礼。”言毕，他南向再拜，慷慨就义。与其同死者，还有职方主事赵士超等数位弟子门人。
柳真元单枪匹马，原本不打算暴露行迹，此时仗剑砍杀，却也只是多杀了几名清兵，贝勒爷让人大叫：“来者可是武当柳真元，你的孩子林良玉在我手上，还不住手。”柳真元顿时呆住。七王爷博洛命人将柳真元带到自己的军营。在这里他见到了奄奄一息的林良玉，这种要挟让他自然就范了。贝勒爷大约也不愿意让林良玉死在这里，因为还有个一心要救林良玉的北静王在这里和他横扯。柳真元对林家的两个孩子他比自己的独子还要看重，当亲生儿子柳湘莲带着面具拒不认他的时候他并没有很难过，第一他觉得自己这个孩子皮实些，林家的孩子那么单薄柔弱让他觉得伤不起。北静王爷让博洛放走柳真元，博洛不愿意放虎归山，他主动要求吃下了北静王爷的脑神丹，带走了林良玉，路过福建门看到黄道周和同僚们留下的一地血迹，这个从来不落泪的汉子嚎啕大哭，他将当时刚刚五岁的林良玉抱在身上，一步步走出了阴云滚滚的金陵城。他的理想就此彻底破灭了。之后他一直将林良玉藏着在山里治伤，他接来自己的妻子，悉心照顾这孩子，而妻子挂念柳湘莲日日以泪洗面，这终于让他的妻子无法忍受抛开林良玉一走了之下落不明。林良玉大了一点哭着求他去找回母亲，他也确实不能在山里呆下去了，因为外面还有他牵挂的孩子，他将林良玉留给山民照顾，而他以后又为黛玉疗伤，一直守护在林良玉身边。
仙霞关隆武皇帝被抓柳真元受贾珠之托一起营救朱聿键，再次经历了这样的打击他只是心灰意冷了，从此他就再也对明朝政府没有兴趣了，这次营救同样只是损兵折将没有成果，十月隆武帝被押到北京，柳真元隆武皇帝和皇后被杀后他再也不愿意出山了。
柳湘莲的痛苦是深重的，在柳真元面前他永远把自己藏在面具之后，自从林良玉出现他就再不愿见到自己的父亲了。
他在大观园和薛蟠住在一起。能够经常见到薛宝琴和香菱的孩子逗趣就是他人生最幸福的事情。
一转眼十年过去了，此时柳真元和顺治皇帝与北静王爷这些人在一起，他更加关心的只是林良玉，凭着自己的直觉他知道林黛玉就在附近，如今这两个孩子的本事，现今世上能和他们抗衡的人不多，只是两个孩子都太心实了，这让他有些不放心。