凤翔节度使郑畋诈降，以缓巢军；河中节度使王重荣先降后反，击败黄邺、朱温军，进兵渭北。河东、荆南、忠武、河中、安南先后军乱。忠武牙将秦宗权兵取蔡州，旋被任为刺史。
沙陀兵趁乱先逼晋阳，后陷太谷，为唐军所败，李国昌、李克用父子兵败逃入鞑靼。唐乾符五年（公元878年），云州沙陀将士康君立、李有璮杀云州防御使段文楚，拥立李克用入主云州。朝廷遂命李国昌从振武军移镇大同军，李氏父子欲兼并两镇，不受命，合兵攻掠，遭到朝廷打压，一蹶不振。
唐中和元年（公元881年），唐僖宗在成都以郑畋为京城四面诸军行营都统，进军长安。尚让等攻凤翔不下，为郑畋所败。唐因李国昌死，赦免李克用，命率部入援。
四月，郑畋携程宗楚、唐弘夫攻长安。黄巢命离城东撤，驻军霸上，放唐军入城。而后，反攻长安，一举歼灭程宗楚、唐弘夫，复得长安。
但是，黄巢复得长安后，恼民协助唐军，竟纵兵屠杀，血流成河，谓之“洗城”。令黄巢始料不及的是，就在他退出长安城之时，他手下的将领们闻知长安失守，同、华、商三州守将竟然弃城而逃。
李克用兵至晋阳，需索钱粮不遂，大掠北去。
唐京西南面行营都监杨复光率神策军使王建、韩建等打败朱温，陷邓州，追至蓝桥。黄巢复取华州。因田令孜不赏蜀军，西川黄头军使郭琪受迫害，率部反抗，失败遁逃。凤翔行军司马李昌言逼走郑畋，被任为凤翔节度行营招讨使。宰相王铎毅然自请为帅，征讨黄巢。感化军将时溥逐节度使支祥，自称留后；寿州屠夫王绪起兵陷光州，附于秦宗权；杭州董昌自任都押牙、知州事，临海杜雄据台州；永嘉朱褒据温州；遂昌卢约据处州。另外还有朗州雷满、衡州周岳、灃州向環、道州蔡结、永州唐行旻等亦各据州城。
唐中和二年（公元882年），唐以王铎为中书令、兼诸道行营都统，罢免高骈都统之职；以崔安潜为副。又以王处存、李孝昌、拓跋思恭分任京城东、北、西三面都统，杨复光为南面行营都监使。旋因朱温攻取同州，以李昌言为京城西面都统，朱玫为河南都统。唐诸军进逼长安，京西、渭北、兴平、渭桥、武功均有兵营，四面围攻长安。黄巢之将令不出同、华，长安粮尽。
九月，朱温在同州与唐将王重荣展开血战，后继不续，向长安求救。不料，孟楷以朱温拥兵自重，贻误战机为由，强辞拒绝。谋士谢瞳、敬翔进言：“黄王起事，本为复仇，机缘巧合，得享尊崇。然究是草莽，非天子之象。今唐天子在蜀，号令天下，勤王之师云集，将军又值主疑兵危之时，此时附唐，当可保命安身。”朱温向来疑忌，闻言沉吟不语。未几，以同州降唐。唐僖宗甚喜，以朱温为右金吾大将军、河中行营招讨副使，赐名朱全忠。接着，华州黄邺被降兵所逐，华州亦降唐。
因杨复光倡议，复召用沙陀部李克用，以李克用为雁门节度使。李克用军至河中，渡黄河，进屯同州，所部穿黑衣，号“鵶军”。抚州刺史钟传取洪州，为江西观察使；南城危全讽据抚州、信州；魏博节度使韩简攻郓州，杀天平节度使曹存实；天平将朱瑄拒韩简，遂为天平节度使；昭义将孟方立据邢、洺、磁等州，自为昭义留后；和州刺史秦彦据宣州；浙东观察使刘汉宏谋并浙西，为钱镠所败。
唐中和三年（公元883年），李克用破黄揆于沙苑。朝廷遂以李克用为东北面行营都统，杨复光、陈景思分任东面与北面都统监军使；罢免王铎、崔安潜正副都统；加田令孜为十军兼十二卫观军容使。二月，李克用与诸军在梁田坡大破尚让军，巢军袭取华州，李克用兵围华州，分兵救渭北。三月，尚让救华州，战败，唐军破华州。李克用率诸军进迫长安。
四月初八，黄巢退出长安，由蓝田入商山。唐军入长安，大肆焚掠，府寺民居烧毁者十之六七。
巢军先锋孟楷攻蔡州，秦宗权降。孟楷进至项城，被陈州刺史赵犨袭败，战死。黄巢怒，携秦宗权兵围陈州。唐以朱温为宣武节度使，李克用为河东节度使。李克用取昭义之潞州；成德节度使王景崇死，子王鎔为帅；
唐中和三年（公元883年），韩简升坐帅府，部将乐行达上前道：“大帅！何以将士的钱粮迟迟未到？”“怎么还未到吗？韩冬总管不是去取了吗？”韩简有些疑惑地道。“大帅昨日食用的是什么？”乐行达逼视着韩简道。
韩简一时语塞，因为他昨日与一些富豪聚宴，极尽奢华。
“大帅！天已见寒，将士衣不蔽体，食不果腹，而你却肉山酒海，奢侈无度。据末将所知，昨日从帅府倒掉的酒肉残羹，竟装了整整一马车。”乐行达愤愤地道。“大胆！你区区一名副将，居然敢跟本帅如此说话。来人哪！给我拿下！”韩简恼羞成怒地吼道。乐行达蓦然抽出佩剑，喊道：“兄弟们！还等什么！此时不反，更待何时？”众将“呼啦”一下，纷纷举起兵刃，向韩简逼近。
韩简随手摸向椅后，心内一惊，自己赖以成名的霸王刀，竟然不在那里。他急忙起身，欲转入后堂，不料脚下一个踉跄，头脑昏涨，好似宿醉未醒一般。说时迟，那时快。乐行达的剑已刺向心窝，韩简向后一躲，滚倒在地，他见机飞快，就势滚向后门，进了这道门，就是他的牙兵