城破之后，蒙古大军照例洗劫了城中的财物，还选出了三万工匠，充到了军中备用，又将很多青壮年，拉去做苦役或充分人肉盾牌。
蒙古大军随后拆毁了城墙，将壕沟用土填平，以便骑兵随时可以进出，完全成了不设防的城，蒙古人随时都可以进出。
经过这次劫难，昔日繁华的中亚经贸之城撒马尔罕，人口也锐减到以前的四分之一，从而迅速廖落了。
当花剌子模的百姓，都在痛苦之中挣扎时，蒙古大军的军营里，却堆着如山的财物，将军抱着抢来的女人，日夜喝酒狂欢，忽兰皇后和一群妃子也吃着水果，逗弄着女婴，生活得无比惬意。
在花剌子模，不花剌的石榴，撒马尔罕的苹果，是出了名的好吃，忽兰皇后和一群妃子，当然也少不了吃这些东西。
攻下花剌子模的都城撒马尔罕之后，成吉思汗才松了一口气，然后又兵分两路：一路由哲别和速不台率领，负责去追击摩诃末；另一路则由术赤为主帅，带着察合台和窝阔台攻打旧都玉龙杰赤。
当哲别从费尔干纳盆地，来与蒙古大军会师时，带来了一千多匹阿拉伯马，成吉思汗看到这种马后，真的有些不相信自己的眼睛，世上竟然还有这么漂亮的马。
阿拉伯马的身材挺拔，体形完美，头颅、四肢和腰腹部等比例非常协调，耐力也非常好，而且非常聪明，易于驯养，不愧是马中的佼佼者。
摩诃末逃走了，又攻下了花剌子模的首都，成吉思汗放下心来，放手让四个儿子继续攻城略地，他本人则带着肉苁蓉、忽兰皇后和一群妃子，还有从花剌子模抢来的美女，躲到撒马尔罕附近的奈撒夫，开始过偎红倚翠的避暑生活。
玉龙杰赤是花剌子模的旧都，其富庶程度，不在新都撒马尔罕之下。察合台本想大肆劫掠财物，听说术赤为帅，心里又不痛快了。
蒙古大军攻下不花剌和撒马尔罕之后，玉龙杰赤成为了一座孤城，城墙和兵力等防守情况，与撒马尔罕相比，完全不在一个档次，但该城横跨阿姆河两岸，中间有桥梁相通，是一个易守难攻的城市。
玉龙杰赤还处在阿姆河注入咸海的三角洲地带，这里有很多沼泽和沙漠，抛石器没有石头可用，术赤听从了汉人工匠的建议，派人去郊区砍来桑树，锯成小段后泡在水里，等桑木吸收了足够的水分，像石头一般硬时，再当作石头使用。
蒙古大军使用了喷火筒和抛石器，给守军和城中居民造成了极大的创伤，但阿姆河穿过这个城，居民便用河水来灭火，顽强地进行抵抗，术赤一时无法攻下此城。
无奈之下，他派了三千勇士，去抢夺横跨河水的桥梁，结果全被杀死，无一生还。本来就心怀不满的察合台，立即找到了借口，开始公开指责术赤指挥无方，并拒绝听从指挥，窝阔台表面上没有说什么，也不怎么配合。
术赤打仗很勇猛，但还是不想强攻，毕竟不花剌和撒马尔罕都被毁了，他想保下玉龙杰赤，作为自己以后的栖身之所。
如此一来，兄弟三人各怀异心，连攻半年，也没有拿下玉龙杰赤，成吉思汗听到这个消息，立即派人来指责三兄弟，术赤和察合台两人，都将责任推到对方的身上。
成吉思汗一气之下，便让窝阔台来当攻城主帅，让术赤和察合台这两个哥哥来配合，并责令三个月之内攻下来。
听到成吉思汗的最后通牒，察合台和窝阔台这才紧张起来，开始拼命地攻城，由于守军和居民，早已听说蒙古大军在其它城池的暴行，为了自保，都誓死守城，蒙古大军死了不少人，还是攻不下来。
术赤再也顾不上保城了，一边命令抓来城外的当地人挖地道，一边命令士兵带着很多犬，去附近的卡拉库姆沙漠上，捉来了很多沙鼠和跳鼠回来。
接下来，他先用抛石器将盛满石油的陶罐抛入城中，使石油撒得到处都是，然后再用喷火筒将近处的石油点燃，再将抹上羊油的沙鼠和跳鼠装入木箱，点火之后，用抛石器抛入城中。
木箱抛入城中后，立即摔破了，沙鼠和跳鼠全身是火地冲出来，寻找一切可以躲避的地方，很快将地面和房屋上的石油全点着了，城里变成了火海。
这个时候，地道也挖通了，蒙古人从地道进城后，杀死了守城门的士兵，然后打开城门，术赤带着大军进去，与守军展开了艰难地巷战。
察合台和窝阔台听说术赤拔得头筹，已经攻进城了，纵然有些不痛快，也只得硬着头皮，带着大军跟在后面进了城。
攻进城之后，守军依然还在顽强地抵抗，蒙古大军进行了七天的巷战，才攻下玉龙杰赤，前后耗去了八个月的时间。
这次攻城，蒙古大军又死伤无数，窝阔台作为主帅，没有听从大哥术赤的劝告，反而听从了二哥察合台的意见，又进行了疯狂的报复。
除了城中的工匠和部分长得好看的妇女之外，蒙古大军杀死了城里的一百多万人，人均杀了二十多人，察合台为了杀得更快，又动用了军犬。
蒙古人攻打玉龙杰赤，完全没有按照术赤当初的预想进行，简直又是一个惨绝人寰的结局。
抢完了城中的财物，察合台还意犹未尽，根本没有征求主帅窝阔台的意见，便让自己的士兵，掘开阿姆河的河堤，引水淹了全城。
他的这一举动，除了防止城中有人装死，或者藏进地洞免遭屠戳以外，还