跟奥斯曼的大员们签署完战俘移交协议，左宗棠就可以轻松地回伊犁了。
不过，当邹国剑的那两师暂替浩罕戍边的人马也想按照事先商定好的计划行程，要返回国内接着去完成他们的屯垦大业的时候，穆罕默德?马拉?贝格却变卦了。
其实，穆罕默德?马拉?贝格绝不单单像他说的那样，是因为几个月来已经与太平天国红军将士们建立起了深厚的感情，而舍不得放太平天国的红军将士们回家。其内心的深意，还是想把邹国剑和他的将士们当成是自己的门神，继续挽留在他的浩罕。
在穆罕默德?马拉?贝格的一再强烈而真挚的要求下，左宗棠终于碍不住面子，答应了他的请求。
但左宗棠还是搞了个折中，既邹国剑的人马继续踏上回家的旅程，太平天国的西北军政公署再会另外组织一个数万人的开拓团，进入到浩罕的塔什罕地区。
当然，左宗棠还要告诉穆罕默德?马拉?贝格，天国的拓荒团不仅可以协助他们发展生产，在浩罕遇到外敌入侵的时候，所有的拓荒团成员，除去老弱妇孺之外，都将会义无反顾地投入到浩罕抵御外辱的战斗中去。
就这样，自一八五八年十二月起，在林凤祥和左宗棠、李侍贤三人的大力关怀下，太平天国政府帮助浩罕走上和平经济发展之路的拓荒团成员们，陆陆续续地进入了塔什罕，至一八五九年底，在这一地区的太平天国拓荒团已达一万余户。
在随后的日子里，已经逐渐与浩罕民众融为了一体的太平天国的拓荒团团民，不仅为浩罕国的工农业发展做出了重大的贡献，同时也像是那个传说中极其善于打鬼的钟馗一样，对那些还想有觊觎浩罕国之心的小鬼们，起到了极大的震慑作用。
一八五八年十一月初，浩罕境内的太平天国最后一支红军部队，离开已经被多次精心打扫，整齐洁净的驻地，撤离浩罕。
当左宗棠踏上返回伊犁之路的时候，穆罕默德?马拉?贝格也背起了早已收拾好的行囊，先是作为左宗棠的旅伴，一直陪着左宗棠到了惠远城。
在惠远城，穆罕默德?马拉?贝格受到了以林凤祥为首的太平天国西北军政公署要员们的热烈欢迎及久别亲人般的热情款待。
六天后，穆罕默德?马拉?贝格依依不舍地告别了林凤祥和左宗棠、李侍贤等人，在西北军政公署专门为他所派出的由祁宝相亲帅的一营精骑人马的陪同和护送下，继续踏上了前往天京的悠闲旅程。
完成身上所肩负着的光复天国大西北重任的林凤祥和左宗棠，在战火和硝烟散去之后，又与李侍贤一起，全身心地投入到了建设和发展天国大西北的伟大事业之中。
为了适应新的形势需要，西北军区根据天朝最高统帅部的命令，对下辖的各部队进行了一系列的整编和裁减。
此间，朱锡琨、李鸿藻和罗琼树分别所统率的红二军、红十九军及红二十军得到了适当的加强，并按照三三制重新进行了整编。各军除去有着三个步兵师之外，还都新诞生了一个炮兵师，再加上军师直属的警卫、通讯、特务、后勤等各类的专业分队，每军全员编制已超三万人。
第一民族军与第二民族军的番号被取消，与其他各部所属的独立骑兵分队一起，先是被整编成了西北军区独立骑兵军，其后，又获得了天朝红军第三骑兵军的新番号。
刘昌林所帅的西北红军独立骑兵师，在西北全面光复之后不久，就被划拨进了石祥桢北方军区的建制，两年后，扩编为天朝红军第二骑兵军。
而西北军区所属的其他各军，则一律被划到了李侍贤所主持的西北农垦兵团的序列，成为了一手拿枪、一手拿着各种劳动用具的农垦军。
当然，在整个大西北的农垦运动之中，新疆的农垦任务当属最重。原因很简单，尽管在新疆一省就有着锡琨和李鸿藻这两支强大的主力野战军，看上去好像不少，但是，在西北军政公署及西北军区安排下，无论是位于北疆的李鸿藻部，还是南疆的朱锡琨一军，却都没有一个是在靠近边境的位置上。不仅如此，在西北军区的下面，还根本就没有单独的边防军的建制。
也就是说，所有垦区内包含着边境地段的农垦军们所肩负的责任，就绝不是仅仅的埋头生产，他们同时还要担负起维护祖国边防的安宁重任。
其实，这类的情况在西北的其他各省同样也能遇到，只不过表现的形式略有一点儿的不同而已。那就是各省的农垦军在发展生产的同时，还要负责起其所在地各城市的卫戍及警备。
于是，在新疆，农十一、农十四、农十三军从南到北一字排开，农十一军的陈德才坐镇喀什噶尔，手挽和阗；农十四军的邹国剑虽然是把军部设在了古尔班阿里玛图，其垦区的势力却扩及至库车；而农十三军韦以德，则将塔尔巴哈台和吐鲁番，通通地都一起搂进了自己的怀里。
在近十年的时间里，以林凤祥和左宗棠为首的西北军政公署，利用天朝政府所颁发的各种奖励政策，由内地的河南、两湖、江浙，甚至两广等地，为李侍贤的西北农垦兵团充实了数百户的人马。
在广大农垦人的努力下，新疆也与西北的其他各省一样，不仅令遍及天山南北的一个个大型的农场和牧场拔地而起，不仅建立起来了大大小小数以百计的各式工业企业，在各方面都已经达到了自给自足的目标，还