待孙伯纶回到了归化城，筹谋已久的大清洗随着巴达西的乱咬便立即展开，从下水海附近驻扎的宫帐军主力到刚刚迁徙到青海大草滩的土谢图人和土默特人，无数的脑袋滚滚而落，那些林丹汗的旧部，冥顽不化的头人和那些无法接受孙伯纶的台吉，统统成为了刀下亡魂，最好的结果便是诛杀所有男丁，妻女为奴，而绝大部分遭到了族诛，这些名单上有着各种各样的名字，但他们大部分的人姓氏则是和成吉思汗是一样的。
而大清洗惹来了各部首领的反扑，但在炽热的铅子和冰冷的长矛下，这些藏于黑暗之下的人也被收割掉了生命，成为了这次大清洗的意外之喜。
大清洗之后便是大变革，孙伯纶在完全掌握了军权之后，便以大汗阿布鼐的名义对漠南的政治局面和社会制度进行改革，以往的以鄂托克和艾马克为主的部落制名存实亡，取而代之的便是后世清朝对游牧民族统治的有效实践——盟旗制度。
中国的历史上，北方游牧民族与中原王朝的斗争一直是主流，而历朝历代能够实现对北方长时间有效统治的只有汉朝和清朝，而彻底解决北方游牧民族威胁的便只有清朝。
从地域上来讲，想要统治北方，便要占据游牧民族最核心的三个区域：科尔沁、呼伦贝尔草原，河套以及西域。
而大部分的游牧民族都因为科尔沁、呼伦贝尔兴起，在夺取了河套之后便拥有入主中原的资本，而当不是中原王朝或其他民族对手的时候，便可以前往西域，那个以绿洲为地域生态的地方，有许许多多的小势力，他们的军队强不过万人，少则几千人，西逃之后，便可以击败他们养伤，好卷土重来。
所以在中国历史上，能占据这三个区域的王朝都是是强大的，但是从根本上解决游牧民族威胁的只有清朝，而能做到这一点，减丁政策、兴黄教和盟旗制度便是其中最重要的。
而已经占据漠南，获得统治地位的孙伯纶，便借鉴盟旗制度，深入进行了改革。
在消灭了内部不稳定因素和大部分旧有的贵族、既得利益者之后，孙伯纶把所有的部落打散，分成一个个的扎萨克，每个扎萨克多不过三千帐，少的只有一千帐，扎萨克的首领由原本部落的台吉、孙伯纶麾下的将军和效忠的头人担任，但扎萨克里的牧民并不是他们的私人奴隶，牧民只对扎萨克的头领有交税和从征的义务。
扎萨克首领同样不能对内部事务一言而决，内部事务由一个三方机构共同决断，分别是扎萨克首领、喇嘛和断事官。
在分配牧地上，孙伯纶把原来属于一个部落的扎萨克远远的分开，其牧地不得相连，不同部落的扎萨克混杂在一起，五到十个组成一个盟，由孙伯纶专门成立的理番司和幕府负责。
扎萨克制度一开始遭到了许多人的反对，但在铁血政策下，反对的声音被压制，当这个制度推广之后，更多人的选择支持，因为他们发现，五十多个扎萨克中，只有不到一半拥有首领，而剩下那一半的首领是空缺的，这意味着，未来在孙伯纶的大旗下立下军功的人，都有可能获得自己的扎萨克，而孙伯纶向来注重能力而非血脉。
而扎萨克制度带来的好处就是高动员效率，孙伯纶麾下已经有近百万人口，在以往与后金的战斗中，经常倾巢出动，能做到这一点是因为每次作战区域都距离套内这个大本营很近，但日后战场会转移到左翼蒙古甚至辽东，显然无法支持这种作战样式。
为此，孙伯纶一方面保留了一支规模在三万人左右的常备军，这些常备军除了步营和铁甲军中的汉人，其余都是各部落精挑细选的勇士，而当大规模战争时候，便由各扎萨克的台吉征召士兵参战，孙伯纶只需提供部分兵甲器械即可。
然而孙伯纶并不是一味地践行自己的意志，在许多问题上也进行了一定程度的妥协，例如徐麻子、余彦这类汉人是否可以担当扎萨克首领的问题上，孙伯纶便进行了适当的变通。
大部分的扎萨克都是由某个部落的人组成，比如封给乌鲁思的扎萨克便全部是察哈尔人，而额吉尔家族的三个扎萨克，都是土默特人，额吉尔也担任了土默特盟的盟主，而由汉人担任的扎萨克之中，便不是如此，那些牧民或者是投奔来的小部落，或者是愿意从原来部落剥离的牧民，甚至是已经成为汉将家丁亲卫的亲属，乃至于一些习惯了草原放牧生活的板升汉人。
而余彦等汉人将军想要成为扎萨克首领，还需要娶一名蒙古妻子，并把这位妻子生下的带有蒙古血裔的子嗣立为扎萨克的继承人。
而为了保证各扎萨克的忠诚和未来发展，孙伯纶规定，继承扎萨克的后裔必须得到理番司的任命，并有在军中服役的经历，而与此政策一道实施的便是以孙伯纶亲卫队扩编来的质子军。
质子军一直是蒙古人的传统，取诸侯将校之子弟充军，曰秃鲁华，成吉思汗西征的时候便存在了，孙伯纶这般作为，倒也有迹可循。
在完成了对蒙古人的改革之后，孙伯纶从中原大举移民，而出了军户和匠户之外，暂缓分发土地，大兴农庄，而以农庄为基础制定的食邑制度，惠及的便是孙伯纶麾下所有有功之臣，不分民族和文武。
孙伯纶在漠南进行大刀阔斧的改革，皇太极也在想方设法的集中权力，早在崇祯五年，废除了与三大贝勒、南面俱坐，改为自己