经过几天的赶路，小智他们在一个明媚的上午来到港口，却错过了前往大陆本土的通讯船，其实是小智故意耗了些时间在和小刚他们一起买必需品。
闲的实在没事，小霞拿出三根鱼竿递给小智和小刚，坐在码头上钓鱼，小智主要是为了弥补自己在巨大神奇宝贝岛屿上啥都没有钓到的心理寄托。
“太棒了，我终于钓到了~”，一会功夫，就有东西咬伤上了小智的鱼钩，小智用力的收杆。
“墨海马？”，小智钓起了一只似乎受了伤的墨海马，小智本以为他会自己出现，结果是被自己钓了上来。
“是墨海马耶，好可爱哦”，小霞看到了小智钓起了可爱的墨海马，少女心萌发。
“可是，他好像受伤了”，小刚担心的说道。
之后墨海马喷出墨汁在水面上绘出了玛瑙水母和毒刺水母的样子，向小智他们传递了信息。
“现在应该是治疗他的伤口为优先，可是这里没有神奇宝贝中心啊，好~”，小霞看到墨海马是受了伤的，就想丢出宝贝球收服墨海马进行治疗。
‘轰’，就在这时，海面上的一艘轮船受到了攻击，发生了爆炸，船上的人都跳到了海里。
“大事不好了，那艘船！”，小刚看到后惊慌的说道。
“没办法，先救人，出来吧，杰尼龟，暴鲤龙”，小智看到那些说中人快溺水了，就立刻派出杰尼龟跟暴鲤龙过去救人。
“你们也去吧”，之后小霞也派出了自己的海星星，宝石海星跟角金鱼。
“喂，你们快上来”，小智坐在暴鲤龙的背上对刚溺水的船员喊道。
“好！”，一些船员爬上了小智的暴鲤龙的背上。
所有的船员被送到岸上后，小智一行人根据船员吞吞吐吐的话语去到社长金婆婆表妹那边去了，到那后，听了一大堆废话后···“一些烦人的玛瑙水母却老是爱跑来妨碍我的工程，世界上为什么会存在如此令人讨厌的东西呢”
“你说令人讨厌”，对于喜爱水系神奇宝贝的小霞听了金表妹的话有些气愤的说道。
“恶心透顶了，也不能够拿来吃，他就只能妨碍我赚钱，这样吧，你们来帮我赶跑这些水母怎么样，成功的话，一年之内全世界最豪华的晚餐随便你们吃到高兴，还有奖金100万元”，婆婆继续的说道。
“不好意思，我们拒绝，虽然奖励很诱人，但我不会为了钱而去伤害神奇宝贝”，小智率先说出口，“而且我觉得玛瑙水母袭击人肯定是有原因的”，小智后来又替小霞说明了理由，随后三人别离开了金表妹的大楼。
“这时代竟然还有不要钱的小鬼”，金表妹在自己的办公室嘲讽道。
“那个，小智谢谢你替我解围”，路上小智的做法让小霞很感动的说道。
“没什么啦，毕竟我们是伙伴嘛，你说对吧，皮卡丘”，“皮卡~皮~”，小智和皮卡丘回应小霞说道。
“我也觉得小智说的没错，神奇宝贝只要不受到威胁之类的是不会轻易去攻击人类的”，小刚再赞同小智的意见。
“对了，小霞，墨海马怎么样了”，小刚接着询问小霞说道。
“已经没事了，你看”，随后小霞拿出墨海马的宝贝球给小刚看。
“小霞你什么时候收服的”，小智只记得小霞实在最后一个片段收服墨海马的。
“怎么啦，本小姐收服神奇宝贝还要跟你说吗”，小霞对小智吐舌头地说道。
小智······小刚······
就在这时，广播中说只要有训练家能够赶走玛瑙水母，就可以得到丰厚的奖赏。之后这个工作被火箭队得到了，玛瑙水母们最后受到刺激对火箭队发动了攻击。
结果船上的那瓶国产三杯醋倒在玛瑙水母们身上，玛瑙水母再次受到强烈的刺激集体合体进化成了巨大的毒刺水母，抓住了火箭队三人组，摧毁了金表妹的海上饭店。
“啊，快逃啊”，大家看着海啸都四处的逃散了，而小智也拉着小霞到了一栋楼的顶层，看着这么大的毒刺水母，小智只能把希望寄托在小霞身上了，毒刺水母随后又使用海水淹没的城市，所有人最后都躲在了高楼上。
毒刺水母开始不断地破坏着城市，其他玛瑙水母也顺着海水进入到了城市，之后其中一只玛瑙水母控制了喵喵对人类说出自己破坏城市的原因。
“原来，之前墨海马想告诉我们的是这件事情，立志要成为水系训练家的我，真是太失败了”，小霞他们明白的事情的因果后，开始深深的自责，随后，小霞跑了出去。
“小霞！等等”，小智虽然知道小霞会阻止毒刺水母，但还是不放心就跟了上去，毕竟自己可能造成一系列不可估计的蝴蝶效应。
毒刺水母看到小霞正跑在接近自己的天桥上，以为她会有什么威胁到自己的手段，便抓起附近的天线朝着小霞砸去。
正当小霞看到天线正向自己袭来的时候，以为完蛋了的时候，“皮卡丘，伏特攻击”，皮卡丘使用伏特攻击快速的撞开了砸向小霞的天线，小霞回头一看，看见是小智在帮助自己，还有小刚也赶了上来，眼旁流露出了眼泪，但还是止住不愿被看出来。
“小霞，这里有我，你一定要阻止毒刺水母危害大家”，小智随后对小霞喊道。
“小智，你放心，作为水系神奇宝贝训练家的我，不会让你失望的”，小霞回应小智道。
“嗯，小刚你