原本剧情中阿修罗和因陀罗的力量合一，再以千手和宇智波一族的基因作为载体，便能获得六道的力量。但周尊非常疑惑，六道的查克拉是否会引起六道仙人的注意呢？这点非常重要，原著剧情最后，六道仙人靠着宇智波斑半个身体残留的六道查克拉，显露人世，而最后，甚至将自己的力量交给了鸣人和宇智波佐助两人，成功封印了辉夜姬。
这样就让周尊感觉到非常棘手，因为周尊现在就是非常想解决六道和辉夜这两个麻烦的家伙，一个不知道在背后谋划什么，一个则是外星入侵者。这个忍界还真是惨，怎么看忍者都是被饲养的家畜啊
可两个人都不是善茬，一个老谋深算，一个则完全是查克拉根源，这样，不得不让周尊暂时针对漩涡鸣人和宇智波佐助两人。
周尊直接控制被宇智波鼬封印的“伪神格”，没有查克拉完全靠着量子干涉效应的自身细胞，根本不会受到针对查克拉的封印术影响。从封印所在的宇智波族地中冲了出来，直接在燃烧所有的力量，形成一枚前所未有的魔种后，没入宇智波的族地之中。
在这之后，木叶依然和平，似乎周尊并未有任何的影响，但在不知名的角落中，宇智波鼬却敏锐的发现自己的弟弟有些不对劲，没有以往那么黏人了，反而面色阴沉了很多，无时无刻不是心事重重。
宇智波鼬更发现，自己的弟弟，看向自己的目光非常怪异，仇恨但也带着一丝怜悯，这让宇智波鼬不明所以，只能更多的照顾自己的弟弟。但宇智波佐助却并不领情，反而一反之前阳光的大少爷形象，直接变成了一个冷面面瘫，不断的追求力量，勤奋修炼，而宇智波佐助，也迅速成为忍者学校中的另一个新兴天才。使得原本因为宇智波止水叛逃，而造成的宇智波一族衰弱的名号再次恢复了过来。
对宇智波佐助下手之后，周尊便放下对木叶的关注专心对查克拉的相关情况进行研究，在周尊对查克拉的研发中，靠着从大蛇丸那里取得的秽土转生，对其中的灵魂和查克拉进行了深入的研究，但也正是在研究中，发现一个让周尊非常困惑的问题，查克拉的波粒二象性转化过程中，并未遵守能量守恒，在转化过程中，有部分的能量不见了。
查克拉并非是什么极为玄幻的不科学能量，而是也符合着能量守恒定律，能量的转化，在理论上是守恒不变，无论是动能、热能、核能、电能、光能，全都是能量的一种表现，在理论转化中，绝对会遵守着恒定的定理，而如果有什么不平衡的地方，那绝对是新的能量损耗和转化定律发现的开始。放射性物质本质的发现，正是基于这种思维模式出现。
为了解决这个问题，借助整个铁之国构建的电磁加速器为基础，将其改造成了电磁粒子加速碰撞器，将查克拉构成的粒子态成为加速粒子，直接进行粒子加速碰撞，进行基础的物理粒子研究，希望能发现其中的秘密。
效果依然不怎么样，在粒子碰撞中，部分的物质消失了，并非是转化成任何的波态、辐射态、粒子态、热能等等形式的能量逸散，而是直接从这个过程中消失不见。这就让周尊非常奇异，认为这种消失的能量，正是查克拉中最为关键的部分，也是彻底解密查克拉能量的关键。
为了了解这其中查克拉的秘密，周尊用了多种方法，最终才在偶然间，对查克拉进行量子态分析模拟的时候，从中接收到了一些非常诡异的乱码信号一样的东西。
也是无意间对这些乱码信号的再构建和解密，才让查克拉的秘密终于揭示在眼前，在查克拉的转化和提炼中，不仅仅部分会结合宿主心灵量子场域，在其中部分能量会改变其中的量子信息，加入特殊的混沌态编程的信息，如同个人的思维和记忆信息一般铭刻在查克拉中。
这也正是为何原著中鸣人父母留下部分的查克拉也就能在以后，变成波风水门和漩涡玖辛奈帮助鸣人收服九尾。而秽土转生、复活、查克拉的特性，这些都是靠着铭刻在其中的信息流编码而构成的。
这种信息，本身并非是任何的能量和粒子，真正只是一些信息存在于查克拉内，可这些信息确实是消失的能量去向，对于这种的确有着能量的信息流，周尊不能简单将之归纳于能量和量子领域，而是另外将之称为信息场。
周尊的研究渐渐拉起帷幕，查克拉秘密的揭示让研究进入新的层次，在此刻，辉夜君麻吕却突然带来了大蛇丸的邀请。
“大蛇丸想要覆灭木叶？？”周尊看着辉夜君麻吕，摸不着头脑“他脑子秀逗了？”
辉夜君麻吕张了张嘴，真的不知道该如何吐槽，其实辉夜君麻吕心底也有些想要吐槽大蛇丸
大蛇丸现在哪天不是吃喝自如，没事研研究，或是培养培养下一代。解决不死之身之后，大蛇丸如同退休老人，真是悠闲的不亦乐乎。
周尊脑子抓破了都没办法想象大蛇丸到底是怎么想的？难道自己死不了，就喜欢出来搞事么？还是因为大蛇丸想回去衣锦还乡装个逼么？
“额，周尊大人，大