有关徐惠，李世民想不声不响的把她带走，以免以后加害武媚。所有徐惠的罪行，也不公开了，以免破坏了武媚心中那点儿唯存的嫔妃间的真情。他情愿武媚日后知道了徐惠被赐死的真相而恨他，也不想武媚的心中为人心的险恶而凉透了心。
贞观二十三年（649年）五月二十四日，李世民病情危及，召长孙无忌到含风殿。
李世民躺在床上，一手握着长孙无忌的手，一手摸着长孙无忌的腮。长孙无忌无法自控的大声痛哭，使得李世民本想交代的事情也说不出口了，只好让长孙无忌离去。
五月二十六日，李世民自知时间不多，召长孙无忌与褚遂良到含风殿：“长孙无忌，褚遂良，朕的后事全部交给你们了。朕死后，你们要对太子善加辅佐教导，治理好大唐。褚遂良，长孙无忌对朕竭尽忠诚，朕能拥有大唐江山，长孙无忌出力较多，朕死后，不要让小人进谗言挑拨离间。”
李世民又对太子李治说：“雉奴，有无忌、遂良在，你不用为大唐江山担忧。日后有什么事情，要多与他们商议。朕死后，不可马上发丧。等你回京，一切安排妥当，再发丧即位，以保安全。”
随后，李世民命褚遂良草拟遗诏。遗诏写完不久，李世民就离世了。
李治悲痛，却只能隐藏于心，秘不发丧。
五月二十七日，李治起身往长安走，飞骑、精悍步兵及旧将领纷纷跟随。二十八日，李治到了京城，李世民所用的马车，侍卫兵如同平时一样，继太子之后到达京城，安顿在两仪殿。
李治任命太子左庶子于志宁为侍中，少詹事张行成兼任侍中，任命检校刑部尚书、右庶子、兼吏部侍郎高季辅兼任中书令。
五月二十九日，在太极殿发丧，宣示太宗李世民的遗诏，太子李治即皇帝位，后宫中除武才人、柳采女、小翠、张氏奉旨出家感业寺带发修行，韦昭容（韦尼子）等无子嗣的嫔妃均依例去了崇圣宫，徐充容赐自尽以殉葬。军国大事，不可停下不办；平常琐细事务，委托给有关官署。诸王在外任都督、刺史的，都听凭他们前来奔丧，但濮王李泰不在奔丧的范围内。废止辽东的征战及各项土木工程。
阿史那社尔和契苾何力将军，曾之前民间流传与武媚有染，且与李世民情意深重，请求殉葬，被李治驳回了。
去赐死徐惠的，是王伏胜。李世民在将遗诏给王伏胜的时候，将徐惠的罪行一一说给了王伏胜，并讲明了不处置徐惠的原因是因为顾及武媚的心情，让他把这些都告诉徐惠。
徐惠听后狂笑：“哈哈哈……我原以为一切都是我的计划周详，才没被陛下得知。哪知，全因为陛下对武媚的情深义重，连心情都要考虑得如此周全。陛下已去，我活着也没什么意思。”
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