细菌战研究网络中第三个主要环节1937年，随着南京的陷落，罪恶昭著的细菌战思想家和组织者石井四郎及其属下的军医官们开始寻求以南京为基地，进一步扩大细菌战的研究网络。1939年4月18日，“中支那防疫给水部”不声不响地在南京成立。这支新部队对外的公开名称是“多摩部队”，1943年12月以后称“登部队”，有时也被称为“桧部队”，秘密番号是“荣字1644部队”。荣字1644部队成为继满洲731部队、满洲100部队之后石井的细菌战研究的第三个重要场所。而石井本人则在担任731部队队长之后，同时担任1644部队的第一任部队队长。
1644部队本部设在南京原中央陆军医院旧址（今天的军区总医院和南京无线电厂）之上，即市中心的中山东路路北。路南是明故宫飞机场，东面是汉奸伪政权的军官学校，西南是航空队宿舍。该部队本部范围内有两座主要的大楼，一座楼高六层，是司令部大楼，是司令官办公室和各个行政单位的办公室；另一座四层的楼房，是副楼，但却是部队的心脏，因为这里是进行细菌战研究和关押细菌实验用的“犯人”的囚室。另外，该部队还在本部北边的太平门附近九华山下设立了附属机构，伪称“血清疫苗制造所”，实际上是生产细菌的工厂。除此之外，1644部队还在上海、苏州、常州、杭州、九江、南昌、安庆、汉口等地设立12个支队，全部工作人员约1500人。细菌、化学实验的罪恶和细菌战的兽行南京1644细菌部队的设施尽管在规模上比731部队和100部队的规模要小，但它却拥有巨大的细菌生产能力。日本投降后，中国方面清理了“血清疫苗制造所”。当时“制造所”里还有剩下未及处理的培养基，有东洋菜（琼脂）30余吨，鱼肉精膏百余箱。据大略推算，每2~3公斤琼脂可制造细菌悬液20~30毫升，仅日军所余的这一批培养基就足以制造灭绝人性的细菌武器3万万毫升。另据日本细菌战犯自己讲，如果开动南京的全部设备，荣字1644部队一个生产周期能生产10公斤细菌。在进行细菌培养的同时，1644部队还进行跳蚤的繁殖，为了繁殖跳蚤共用了约100只汽油桶。随着一个个生产周期的运行，一群又一群的跳蚤从这些汽油桶里蜂拥而出，而细菌专家便拿它们来进行鼠疫试验。
在这里，我们主要强调，日军不仅在动物身上做实验，而且与731细菌部队一样，进行惨无人道的人体试验。如注射试验：将所谓的犯人从前面讲到的四层楼楼房的顶楼押到三楼，带到三楼实验室后，便安置在床上。翻译告诉他不要害怕，并告诉他穿白大褂的人是医生，是到南京来“用药给你治病”的。然后，趁受害者不注意，“医生”迅速给受害者注射蛇毒、氰氢酸或其他毒物，一个“犯人”刚刚被注射完就瘫了，而他的心脏要过几分钟才能停止跳动。如服药实验：为了验证亚砷盐酸能引起心脏跳动理论是否正确，细菌实验者给受害者喂掺入亚砷盐酸的馒头，但受害者并未病倒。沮丧的实验者又增加了剂量，但仍然毫无反应。最后，实验者丧心病狂地将剂量增加到10倍。就是这样的活体实验，南京细菌部队在存在的6年内每周都在进行着。据美国专家哈里斯估计，因实验而死亡的人数至少是1200人。除了在细菌战方面进行活体实验以外，1644部队还在化学战方面进行活体实验。1644部队有一个带观察窗的毒气室进行人体实验。日本研究者为了验证氰氢酸是一种具有潜在效力的化学武器，便把“犯人”带到毒气室里，绑在椅子上。一位“医生”戴着防毒面具进入毒气室，打开盛着氰氢酸的容器的封口，然后记录实验对象临死前的痛苦形状。
1644部队作为细菌战网络中第三个主要的环节，它的主要职责是生产病原体，在俘虏身上实验这些产品，同时它还积极参加了石井四郎在浙江进行的三次最负恶名的细菌战实战实验。这三次实战实验，均是与东北731细菌部队一起进行的。1940年10月4日，日机在浙江衢州投撒了混有染上鼠疫的“人鼠共同蚤”的麦粒、粟子等物。38天后，该地区22名鼠疫患者都不治而亡。22日，日军又在宁波上空投撒了染有鼠疫苗的跳蚤和麦子、棉花等物。此后，该地区发生鼠疫，99人染患，仅有两人被治愈。同年，日军还在金华等地投撒了鼠疫苗，造成鼠疫蔓延。1942年春，1644部队与731部队在浙赣地区进行了一次最大规模的细菌战。方法与上两次空投不同，但更为阴险。这一次，日军将细菌投入水井、沼泽和民房，还特制了一部分“蛋形、长扁形的饼干”，染有细菌，然后让士兵向中国人分发。由此造成鼠疫的大爆发，据浙江省史料记载，从1940—1944年，仅浙江省就有136万贫民死于鼠疫等细菌感染的疾病。1941年春，日本为了破坏中国军队控制的重要枢纽常德及交通沿线地区，又派出了第二批远征队，用飞机撒有鼠疫的跳蚤，引起该地区发生鼠疫，400多人死亡。
日军在中国的最高司令部向各个细菌工厂发出了就地销毁的命令，南京的1644部队忠实地执行了这一命令。他们将两大橱柜的文件“烧得一张纸片也不遗漏”，花了3天共40多个小时。他们将所有的在押俘虏杀害，焚尸灭迹，并将原先的囚室，改造成娱乐室的样子。另外他们还将原先埋在部队驻地里的尸骨挖出来重新进行焚烧，并将剩下