崇祯皇帝朱由检沉吟了半天，终于道，“朕当着你们所有人，也不藏着掖着，大明需要钱，但朕要跟你们说道理，你们的钱，是怎么来的，你们比朕更清楚，如果朕就这样硬着夺了你们的命，夺了你们的家产，你们会觉得朕这是过河拆桥，你们听着，朕给你们一天时日考虑，愿意留在大明的中央水师的人，从今日起，一律不追究以往的过失，不愿意留下的，朕也绝不勉强，同样不追究，这是第一条。至于第二条，这些兵勇和奴隶，都交由邹维琏，你没有意见吧？”
郑芝龙是砧板上的鱼肉，哪里有什么意见？听见皇帝说不追究，已经很庆幸了，急忙点点头。
“第三条，这些东西，绝不是你们的私财，这当中，绝大部分是取自大明的百姓头上，当然，也有从日本人那里搜刮的，有和洋人贸易获得的，大明需要钱，你们自愿捐款吧，朕给你们一日时间考虑，明日答复朕，还有第四条，明日朕要给此次所有的有功将士们lùn_gōng，封爵，这当中，就包括你郑芝龙，散了吧。”崇祯皇帝朱由检站起身来，揉了揉眼睛，这十多天，他是一下子都没有休息过的，毕竟不适应大海上面的漂泊，人疲惫的很。
郑芝龙以为自己听错了，内心一阵欢喜，现在能保命，他已经觉得是万幸了，至于财富，都已经被你封存了，都到了你的口袋里面。还说什么让我们捐资？只是名声好听一些罢了！谁敢从皇帝的口袋里面再把钱给掏出来？
郑芝龙底下人众也是同样的想法。这都是秃子头上的虱子，明摆着的事情。
台湾土地肥沃，当时荷兰东印度公司统治台湾南部。在大员（今台南市）修筑热兰遮城、普罗民遮城两城，驻防近两千人，但大陆移民却多达数万。此外本业的贸易商业上，在日本锁国后，只许中国人和荷兰人前往贸易，郑芝龙借由对日本的贸易，因而更富。
大明的爵位制度取消了子爵和男爵。就只有公侯伯三种爵位，崇祯皇帝朱由检是打算取消爵位制度的，但是在现今的形势下。似乎没有办法，反而是在想通了这点之后，他第一次有了一份慷慨大气的胸怀，在第二日。所有郑芝龙的属下。包括郑芝龙本人，在宣布要将家产都捐给朝廷之后。
崇祯皇帝朱由检封了郑芝龙一个侯爵，封了所有原来的郑家军二十多名高层将领以伯爵，并将郑芝龙升任兵部侍郎职衔，和中央军校海军分校的校长，放在京师，专门负责海军军校的事务。同时，将这二十多个伯爵也全部带回京师。一举抽离了郑家在原来的郑家军当中的影响力，郑芝龙的舰队。彻底的被中央水师收编。从此大明再无郑家军这么一股势力，这也是崇祯皇帝朱由检挖掉的第一股大明地方军阀。
经此一役，崇祯皇帝朱由检和大明水师的声势大振，普特曼斯只好放弃与刘香勾结，改与大明朝廷修好，转而表达今后想在台湾、而不是强势前往福建寻求对华贸易的意愿，由大明朝廷派船到台湾进行贸易。
在一位住在热兰遮城的同安商人林亨万居间协调下，崇祯皇帝朱由检同意和荷兰人进行贸易往来。但是必须退出台湾，退出所有的大明国土，并建议荷兰人在占城国和暹罗同大明合作，只有这样，大明才允许东印度公司的存在，否则就将同荷兰全面开战。
普特曼斯是很清楚崇祯皇帝朱由检眼下的处境的，但是疯子一般的皇帝，同时皇帝在信中所表现出的大国威严，让他不得不接受了皇帝的建议，并提出给两年的缓冲期，崇祯皇帝朱由检同意。
外交并不是一味的打杀，崇祯皇帝朱由检暂时还没有办法将重心放在对世界海权的争夺上面去。
于是福建商船开始驶抵台湾。
东印度公司向荷兰本土提出增兵亚洲说：如果公司想存在下去，必须把大明水师这一根刺从公司脚下拔除。
九死一生的刘香不满荷兰人又与郑芝龙修好，在返回扬州，返回京畿地区的途中，利用月亮被遮住，以部众六百多人袭击大员（今台南安平）的荷兰人城堡热兰遮城，并且已经用云梯爬上了城墙。被荷兰哨兵发觉，经开枪和炮轰后，刘香率部众逃散而去。数天后，这支海盗从高雄离开台湾，
崇祯皇帝朱由检带着中央水师战舰群抵达南京的时候，接到了邹维琏的电文，称与刘香残部在金门外洋遭遇，李旦之子李国助倒戈投降明军。彻底击溃刘香海上武装集团，刘香引火自尽；刘香死后，台湾海峡恢复安宁，原来害怕海贼伏击的中国商船开始源源驶向台湾。
崇祯皇帝朱由检剪除大明海域群雄，并把海上力量纳入地方官府体制，取得制海权，合法掌控东西洋贸易制度的运作。
日本袄地锁国，退出东亚海洋竞争；荷兰殖民者也不得与大明朝廷达成海上航行与贸易协议，规定荷兰的对日本贸易，需经大明的皇家商船将中国特产运至台湾，转手之后，方由荷兰方面运往日本出售。崇祯皇帝朱由检所统治的大明朝廷遂成为东方海洋世界的唯一强权。
崇祯皇帝朱由检回电邹维琏，让其利用泉州安平镇的航海和经商基地，打破官方的海禁，繁荣海市，武装船队旗帜鲜明，戈甲坚利，航行于中国沿海、台湾、澳门和日本、菲律宾等东南亚各地之间，充分利用自己的权势和财力，扩大海上贸易，几乎垄断了整个亚洲与海外诸国的贸易。
崇祯皇帝朱由检