敲定了七位内阁大学士的人选之后，雷云继而又任命了六部的尚书；其中王图为户部尚书，蔡邕为礼部尚书，贾诩为兵部尚书，田丰、田韶分别兼任刑部、工部尚书；至于吏部尚书暂时空置，由祢衡、徐庶分兼左右侍郎暂理部事。
内阁与六部的框架建立起来以后，他又宣布设立大理寺与御史台；其中大理寺掌管刑狱案件审理，最高长官为大理寺卿，下设少卿二人（掌折狱、祥刑）、正二人（掌议狱、正科条）、丞六人（掌分判寺事，正刑之轻重）、主簿二人（掌印，省署抄目）、狱丞二人（掌率狱史，知囚徒）等等。御史台则主掌监察、弹劾及建议；最高长官为御史大夫，下设御史中丞、殿中侍御史、监察御史以及各州监察御史等等。
接下来，他又根据规划设立了宗正府、内务府、太常寺、光禄寺等机构，将一个国家的初步框架建立起来！
一应机构设立之后，随后自然是各机构职位任命，而很多相关职位他心中也早就有了人选，比如任晏明为宗人府宗令，田丰为左都御史，沮授为大理寺卿，王睿为内务府总管等等等等……
此外，为了突出法制的理念，他还将大理寺与御史台的地位列于六部之上，作为其最高长官的大理寺卿与左都御史均官授正一品，与内阁大学士平齐……
至此，整个燕国的国家体制终于变得完善起来！
料理罢国事，雷云在军事方面也有所动作。首先，他将原属于军部的职权拆分开来，其中一些建设性的事宜如征兵、兵籍、编制、军械、军令、训练、授衔等划归兵部，至于军事方面的决策与指挥权他则准备另设一个专门的机构……
经过几日的考量与商榷，他最终决定仿清代设立军机处！
虽然是名称相同，但是他所设立的军机处与清代的军机处还是有所不同的，其中最主要他这里所设的军机处只是国家的最高军事指挥和决策机构，统摄燕国所有的军队，并不涉及任何国家政务。
如果说内阁是他在国事方面所设的一个秘书处，那么军机处便是他在军事方面设立的一个秘书班子，二者均直属他本人；如此一来，国家所有的军政大事最后便完全取决于他一人！
设立军机处之后，军机处的主要成员便提上来日程。经过一番深思熟虑之后，他决定设立“军机参赞”一职，而后任命晏明、贾诩、李儒、沮授、徐庶五人为军机参赞。军机参赞既无品级，又无军衔，更无独自调兵之权，但是却可参议一切军机大事，亦可在非常时刻通过紧急投票的方式暂时调动各地兵马！
当雷云忙完所有的军国大事走出乾清宫的时候，他不禁长长的吐了一口气。
他知道从这一刻开始，他的燕国将变得越来越强盛，而剩下的则要交给时间了。
……
“快点……都快一点！跟上……”
清晨，太阳才刚刚自东方的天际露出脑袋，宫城的御花园中便响起了一阵阵呼喝的声音。
这声音的源头不是别人，正是身穿一套古代版“运动服”的雷云！
此时的他正在园中跑步锻炼，可儿、蔡琰、甄洛、大乔、小乔等所有的女人一个没少都在气喘吁吁、一身香汗地排著队伍跟在后面，就连年龄稍微大一点的两个儿子雷炎、雷清也在众人后面吃力地追赶著，小小的脸庞上竟然有著一股同龄孩童所不具备的韧劲儿。
“夫君……妾不行了……就让妾歇一会儿罢，就一小会儿……”
跑著跑著，体质稍弱的小乔气喘吁吁地捂著足蹲在地上，苦著小脸娇声央求起来。
“不行……快起来！”见她如此，雷云当即虎著脸走了过去，“昨日说好了从今日开始，每日晨起要跑完三里的路程。这才第一日，无论如何也要跑完。”
“夫君……”闻得他之言，小乔那双明媚的大眼睛立时变得水汪汪的，真可谓我见犹怜。
不过，早就见多了这招、已经有所免疫的雷云当然不会上当，当即冷著脸道：“少扮可怜……若是不跑完便要认罚，你来选一样罢。”
“夫君，你也太狠心了……小乔妹妹都伤着了，你却一点也不怜惜，枉她平日还对你百依百顺的……”不等小乔开口，一旁同样不堪其苦的甄洛当即也开口声讨道。
她这么一起哄，其余的几个女人也开始叽叽喳喳的说情，总之目的只有一个——不干了。
虽然遭到了媳妇们集体抗议，但是雷云仍旧毫不松口，板著脸不为所动……
他之所以开始早晨带领诸女锻炼，主要原因还是因为她们当中有近半数均不喜动、近日体质下降的情况已经越发的明显，因此他才不得不如此。
他也知道一开始她们当中可能会有人不太适应，但是为了她们能有一个好的身体，这个恶人他必需得当。
“哼……跑就跑。”
“姐妹们……咱们不求这个狠心人。”
见雷云一副油盐不进、不容商量的模样，众女无可奈何，只得咬住贝齿、迈著比蜗牛也快不了多少的步子继续前进，看得雷云大摇其头。
直到众女跑完规定的路程，雷云方命随侍的婢女将甄洛、小乔等几个体质稍弱的女人扶回坤宁宫。
待诸女香汤沐浴之后，雷云又亲自为几个疲惫不堪的女人放松筋骨，如此体贴的举动也让诸女方才的那一点点怨念也消失无影无踪，尽管嘴上仍在抱怨……
待甄洛几女的精力差