维持世界的四粒水晶失去光芒，令世界陷入一片混乱之中，在elia城出现了四位光之战士（玩家），他们手上持着水晶，救了被garland拐走的nd并没有死掉，四位卡欧斯把他送回二千年前变成邪恶卡欧斯，而他又在二千年前的过去把四位卡欧斯复活，就这样为了阻止这循环所以四位光之战士回到过去和邪恶卡欧斯决一死战，而改变了过去的光之战士也成为传说…
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剧本：寺田宪史
ia皇帝为了征服世界而从魔界呼出魔物，向世界各国发动攻击，而和帝国对立的反乱军的总部fynn王国也在帝国的总攻击下失去了首都，而逃往边境的小村altair。
在逃走当中，四名fynn的年青人frioniel、被帝**队而重伤，幸得hilda公主和白魔aria的哥哥leon却失纵了。
为了打对帝国，frioniel三人便加入反乱军。
在反乱军把fynn的首都夺后，竟然一道龙卷风把fynn大破坏！？也因此死了很多的人。还好得到飞龙的帮助进入龙卷风中心，原来龙卷风是帝国的战舰所造成，把皇帝打倒后阻止了帝国的野心。在众人兴奋之际，竟然传来帝国的新任皇帝的暗黑骑士登上皇位，而此人竟是leon！闯入帝都正当frioniel和leon对决之际，死去的皇帝从地狱复活，龙骑士richard为救大家而牺牲了（人称最恶的ff2，死同伴最多，所以gba版有h）。
把地狱城的皇帝打败后，世界真正回复和平。
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剧本：寺田宪史
大陆发生了巨大变动，世界被闇黑所包围，水晶不知所纵。
小村ur的四名年轻人为了试胆而不小心跌进洞穴中（ds改为luh一人），发现了风之水晶而成为了水晶战士。
原来四名年轻人和cid都不是这个浮游大陆的人，cid说他们是在一场飞空艇灾难幸存的婴儿，为了拯救世界而往下方的世界去，原来下方世界在大灾难后已经沉到海里去，在一片茫茫大海找到一艘破难船，得到水之巫女elia的帮助解除了时间的封印，但elia也为救玩者而牺牲。
大魔导士noaa、une和zande，noaa，把梦境世界的力量给予une，把人类一样的生命给予zande，但zande认为和人类一样的生活是毫无价值的，所以就制作了一班手下，引起大地震，企图破坏光和闇的平衡。
光闇失衡产生出来了暗黑之云的意志体，水晶战士得到黑暗世界的水晶战士帮助，抑制了暗黑之云的力量，把世界回复光辉。
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剧本：时田贵司、阪口博信
baron王国由于得到飞空艇技术而强大起来，对他国作出侵略，抢夺水晶。故事中的主角暗黑骑士cecil为baron飞空艇团的队长，因为对baron王侵略一事作出质疑而被放逐到ecil和好友kain打倒了i村后，国王给的指轮竟然引起了村中大火，失去母亲的少女引发了威力把大地震动…原来是baron王为了消灭村的召唤士。
baron王身边的golbez更以飞空艇团的强大火力陆续抢夺水晶，利用kain的妒忌心来操控他打倒cecil，更把cecil的青梅竹马rosa捉掉。
原本打算乘船救回roecil和同伴失散了流落到一个他以前曾经抢夺水晶的地方yil到试练之山去取圣剑。
在试练之山的墓地中cecil听到一把神秘的声音，取到了圣剑，承受着暗黑骑士的自己的攻击，终于成功成为圣骑士，声音呼叫着我的儿子啊、阻止golbez…
il成为圣骑士生还归来而感到惊讶，但也相信cecil而为他打开通往baron的转移点。
原来baron王其实是水之天王kainazzo所假扮，虽然拆穿了假baron王，可是golbez已经带走了飞空艇团，而且以roil取得最后的土之水晶，得到清醒过来的kain帮忙而救回rosa。
所有水晶已被夺去，从kain的口中得知原来还有地底的水晶，虽然cecil一行人努力阻止golbez的抢夺，但最后的水晶终于因为kain再次被操纵而失去。
这时候，mysidia村民的祈祷竟然浮起了古代的魔导船，利用魔导船到了第二个月亮去，从月之民fusoya得知，原来月之民是他们是火星和木星之间的星球灭亡的生还者，为了等待地球人们进化共存而制造了另一个月亮沉睡，但当中zemus不想长眠而想把地球摧毁，虽然月之民封印了他，但他却利用意念操纵golbez收集水晶，目的是启动babil之巨人把地球摧毁。
而魔导船则是fusoya的弟弟kluya制造出来，kluya和地球的女生相恋，生下了两名孩子，一名是cecil。
阻止了babil之巨人，fuecil的哥哥！
在月球的中核打倒了zeuolbez决定跟fusoya和月之民沉睡，对于曾经令很多人痛苦的哥哥，cecil最后也说出了“再见了，哥哥。”
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剧本：北濑佳范、阪口博信
风之水晶破粹，风停顿了，一块巨大的陨石从天而降，butz解救了ty城的公主lenna和失忆的老人galuf，便想乘坐海贼faris的船，原来那艘船是由海龙syldra所拉着。
为了阻止其他水晶破粹，冒险渡过有怪物的运海越上旋涡，海龙syldra不知所踪，一行人漂流到船的墓场，在误打误撞的情况下发现了faris是女的…
一行人到了ウォルス、カルナック去仍然无法阻止水和火之水晶破裂，土之水晶被流砂挡着而无法进入。
在古代图书馆里找到了cid失纵了的孙子mid，原来他只是看书看