即便柿崎景家及时下令麾下铁炮队对一向一揆军展开还击，毕竟上杉军所配置的铁炮数量不如一向一揆军多，很快上杉军就处于不利的境地，伤亡也在逐渐增多。
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柿崎景家见自己无力挽回败局后，只能让长子柿崎佑家率所剩无几的骑马武士断后，自己则是与小岛职镇一边收拢己方败军，一边朝着富山城后撤。
可柿崎景家并不知道他与柿崎佑家这一分别竟然成为了永别。
为了掩护己方军势后撤，柿崎佑家与柿崎出云守（柿崎景家之叔）在抵御如同潮水一般袭来的一向一揆军时，先后被铁炮击毙。其中，柿崎佑家年仅二十岁。
随着京田原之战的惨败，站在上杉家一方的越中诸将士气极为沮丧，几乎丧失了反抗一向一揆军的斗志。神保长职、神保氏张、神保觉广等人在权衡再三后，认为麾下的兵力所剩无几，根本无力抵御一向一揆众的大军，最后纷纷放弃了自己的居城，带着家卷乘船一口气逃至庄田定贤所镇守的宫崎城。
至此，越中射水郡大半，以及妇负郡近半都被一向一揆军所夺取。而上杉军在此次合战中被讨取的人数达到了两千余人，余者更是人人带伤。
好在柿崎景家在京田原之战开始之前，就暗中将上杉政虎即将率军进入越中的消息用箭书射进高冈城的三之丸。故而，管名重国在上杉军惨败后仍然下定决心坚守城池，以此城尽可能的牵制一向一揆军，让上杉政虎减轻一些压力。