当八条景定得知九户政实以其弟九户实亲为南部家家督，并改名为南部实亲后，自然不想让其得逞，随即许可田子信直恢复南部苗字，让其与南部实亲进行分庭抗礼。
而恢复南部苗字的南部信直也没有让景定失望，当即调略了九户城西北方屏障之一的下斗米城城主下斗米行胤，并在召集旧臣之后，以两千余军势将九户城北方重镇四户城团团包围起来，还切断了九户郡与三户郡之间的联系。
与此同时，八户直荣也在家中重臣下河原盈方、高梨茂树、武田信纯等人的辅左下，在与栉引家的交战中连战连捷，并讨取栉引家重臣岛森安艺守（岛守安艺守，岛守城城主）、四户满忠、小笠原兵部少辅等人，甚至攻落岛守城、法师冈馆、福田馆、平馆等地。
但八户军在对栉引家本据栉引城发起勐攻时接连碰壁，八户直荣、下河原盈方、高梨茂树、武田信纯等人只好将栉引城团团包围起来，从长计议。
随着北线和南线纷纷告急，弄得九户政实是焦头烂额。接过前线指挥权的八条景定随即抓住时机，给九户政实写了一封劝降信，承诺君无戏言，只要九户政实能主动开城投降，就能保全家名存续，对九户家举兵反叛以及攻落三户城等事可以既往不咎。
而九户政实在看完八条景定亲笔写下的劝降信后，叹息良久，又将劝降信转给城守信尹、高田康实、四户宗泰等一门亲族众阅览，让他们来提出各自的意见。
而城守信尹、高田康实、四户宗泰等人在看完劝降信后，竟然会不约而同地力劝九户政实开城向上杉军投降。
可九户政实反而向众人怒吼道：「从古至今兴衰皆是天意，如今我军尚未力屈，为何要主动投降？！」
城守信尹、高田康实、四户宗泰等人见九户政实铁了心要继续抵抗下去，再也不敢替向上杉军开城投降一事了。
然而，对自己人态度强硬完全改变不了上杉军兵临九户城下的事实，九户政实开始苦思冥想退敌之策。
也就在这时，领有整个下北半岛以及七户乡、六户乡等地的七户家国率两千余军势抵达九户城外，这就使得九户城中的守军战斗意志进一步增强。
见九户政实长时间不作任何回复后，景定就只好开始率军围攻九户城。
尽管九户军在先前屡战屡败，但城中的兵力仍然有六千余人，而且还顽强固守，加上九户城的城防坚固，故而上杉军从永禄七年十一月直至永禄八年三月连续攻城，伤亡逐渐增多，但九户城依旧坚挺。
毕竟北奥的气候环境恶劣，加上九户城的地势易守难攻，上杉军没能迅速将其攻落也是情有可原。但上杉家中部分家臣却并不这么想，反而以上杉景信为首的家臣们暗中弹劾景定作战不力、劳师糜饷，应立即停止对奥羽两州的征伐。….
上杉谦信虽然对景定非常信任，但这下有些动摇了，还真打算下达里书将景定召回。
而上杉家重臣斋藤朝信在得知此事后，大吃一惊急忙劝谏谦信：「秦用白起、燕用乐毅皆是旷年持久，才能够克敌制胜。八条令公出兵抵达陆州之际就已是初秋，北奥苦寒之地，我军甚至在不占天时、地利、人和的情况下与敌军进行交战，御屋形殿应给予八条令公足够的时间来让他静谧奥羽两州。」
谦信这才打消了召回景定的念头，但还是派遣麾下旗本荒川长实作为使者前去催促景定尽快静谧奥羽两州。
在谦信的压力下，景定再度对九户城发起了更为勐烈的攻势。果然，这次大有收获，上杉军一度攻上了九户城三之丸的城头，与九户军在三之丸展开激烈的近战。
三之丸的守将晴山治部少辅、円子金五郎等人在见战况逐渐不利于己方后，亲自率五十余名徒步武
士向上杉军发起反击，在即将把上杉军赶出城外之际，城下突然出现了一队铁炮队，并向他们进行集火射击，晴山治部少辅、円子金五郎等人当成被打成了筛子。
这就样，景定下令各部集中攻击九户城三之丸的大手门后，终于将大手门夺取，并进而以绝对的优势兵力夺取了三之丸。
九户政实这下只好在收拢败军后退守二之丸和本丸，惊惧不已，顿时心生投降之意。
然而，上杉军却并没有给九户政实丝毫机会。
随最上义守一同参阵的最上义光率一百余军势如同蚂蚁一般攀上二之丸，并与守军展开惨烈的厮杀，经过一番苦战后，终于打开了一个缺口，石桥广繁、最上义守、柏山明吉、真田幸纲等部随即一拥而上，在几个时辰后接连攻落二之丸和本丸。
城守信尹、高田康实、四户宗泰、七户家国、小豆泽骏河守、芦名泽太郎兵卫、黑土丹后守等诸多参与国人一揆武将被讨取。
九户政实却在混战之中，非常幸运的率十余名马廻众成功突出重围。他试图逃往三户城，前去投奔南部实亲、二户一休斋等人，打算在三户郡、北郡等地重整旗鼓，与上杉军再战。
但上杉军却对其紧追不舍，最终在高森山一带追上了正在逃亡的九户政实。在经过一阵短兵相接后，九户政实被相马盛胤所讨取。
从永禄七年五月至永禄八年四月，坚持了十一个月的九户一揆（九户之乱）大致被平定下来。
而在战后，九户一族因九户政实先前对三户城屠城而付出惨重了代价——包括老弱妇孺在内，两百余人无一