圣魂帝国在军事方面已经是站在了顶端，如果再让其包揽了基因方面的顶点，那整个天琴银河无异于将会成为圣魂帝国的囊中之物，怀揣着恐惧的高级文明们，最终是联合了起来对圣魂帝国发起了一场旷世之战。
圣魂帝国虽然军事实力无人能敌，但是很可惜圣魂帝国孤立无援，那些高级文明尽管是比圣魂帝国弱上很多，但是毕竟大家都是高级文明，相差的差距也还是非常有限的，猛虎架不住群狼的圣魂帝国最终是覆灭了。
不过虽然圣魂帝国是覆灭了，但是圣魂帝国的阴魂是并没有散去，在帝国覆灭的瞬间，满怀愤怒与怨气的圣魂帝国国王是下令让自己的研究员将化神基因链散发到了天琴银河的各处，国王决定，即使自己亡国灭族，也要让这些人鸡犬不宁，永远生活着恐惧之中！
事实上，国王的这个决定，也的确是让那些高级文明鸡飞狗跳了一阵子，那些高级文明为了将散布在天琴银河各处的化神基因链铲除掉，是费尽了心思，不过这费尽心思的寻找，到底真是为了铲除隐患，还是另有目的，那就不好说了。
废土3397的这帮倒霉的原住民，就是高级文明为了铲除隐患的产物，为了不留痕迹，那些高级文明甚至是使用了禁忌的武器，黑洞触发器。
黑洞触发器，是一种反物种的极具破坏性的武器，它的作用是在有出现黑洞隐患的地方，触发黑洞，黑洞的力量是无人可挡的，即使是最强的母舰，在其面前那也是不堪一击的。
为了毁掉一个星球，他们是搭进去了半个星系，可见那些高级文明对于要铲除这帝国的阴魂的决心有多大，不过因为触发器的不可操控性，虫洞出现的位置是偏了点，因此才导致了废土3397现在的样子。