永禄三年，七月五日。就当太阳下山之后，三好军迅速在京都各个关卡要道上做好了部署。总大将三好义继在其一门重臣三好政保的协助下率四千余军势于鸭川沿岸的三本木布下了本阵；松永久通率军一千余在乌丸一带待命；岩成友通率军一千余在室町一带待命；三好长逸率军两千余在西大路一带待命；三好政康率军两千余在勘解由小路一带待命。一万余三好军将二条御所包围的严严实实，甚至连一只鸟都快飞不进去了。
而京都东南方的鸟羽伏见两地则是由三好长直（摄津三好、尼崎豪族）和今村庆满（原细川氏纲家臣、出仕三好家后任山城国代官和小泉城城主）二人各率五百余军势驻守，鸟羽和伏见两地恰好扼守住出仕将军家的近江甲贺郡豪族通往京都的道路。在将三好长直和今村庆满布置在鸟羽和伏见两地后，三好三人众与松永久通等人还是觉得不放心，随后又派遣三好长胜（三好长逸一门众）、三好房一（三好康长家臣）、横田宗昭（三好家一门众）等人分别率军五百余驻守在鸟羽和伏见两地东北方地势较高的龙云寺、桃山、御香宫三地。
三好家诸将在各地全部布置妥当之后，夜里开始下起了雨。
明智光秀虽然身在坂本，但是对局势还是略知一二的。他很清楚眼下三好家派出一万三千余大军上洛肯定是来者不善善者不来，随即让先前来到京都修行的上泉秀纲、疋田景兼、丸目长惠（上泉秀纲弟子）等兵法家迅速进入二条御所护卫足利义辉，自己则是迅速在领内征召军势，以备不时之需。
上泉秀纲、疋田景兼、丸目长惠等人才小心翼翼的进入二条御所并且见到了足利义辉本人之后，所有人都没有想到，在今天夜里会发生一场震惊五畿七道六十余州的大变。
二条御所的大手门正对着室町大街，御所栋门的改修也已经完工，御所内的两座箭橹也修建完成了。
戊时过后，雨势稍微减弱了，到了亥时，部署在乌丸、室町、西大路、勘解由小路等地的三好军各部同时手持松明火把，从各自的所在地向着二条御所包抄而来。三好军一万余大军势向二条御所发起总攻击，为了获得绝对的优势，这支三好军一共装备了一千五百挺铁炮，非常大胆的从四个方向同时发动攻击。
与此同时，足利义辉正坐在静室里盯着上百柄太刀发呆，伸手取来那柄天下的著名太刀童子切安纲，缓缓抽出露出雪亮的刀刃，光滑如镜的刀背上映照出那张瘦削清癯的面容。
“是什么声音？！”正在擦刀的足利义辉瞬间起身拉开纸门走到走廊上，他随即想到了占据着京畿大部分的三好家和近江的六角家，难道是他们起兵反叛了？
随即足利义辉派遣近臣沼田光长、细川隆是、武田辉信等人前去大手门处查看。
沼田光长、细川隆是、武田辉信等人迅速跑到大手门附近的箭橹上一看，发现御所周边的大街小巷内都点着松明火把。包围着二条御所军势的旗指物皆为拔钉纹。不过，为了确定攻击的二条御所的敌方总大将，沼田光长、细川隆是、武田辉信等人还是向下吼道：“究竟是何人谋反？！为首大将速速报上名来！”
“吾乃三好左京大夫家臣，今日特来此地请求申诉。”岩成友通随即大声回答道。
沼田光长、细川隆是、武田辉信等人急忙奔下箭橹前去向足利义辉汇报。同时，岩城友通也指挥着一千余三好军向二条御所的大手门发起了猛攻。
由于二条御所内守军稀少，奉公众武士们只能眼睁睁的看着二条御所的四方城门被攻城锤猛烈的撞开，奉公众武士们被打的节节败退。
“请求申诉？派遣一名使者携带一纸诉状就可以做到，需要出动一万五千军势把二条御所团团围住吗？这样的事情余可真的是头一次听说呢！”足利义辉听完沼田光长、细川隆是、武田辉信等人的汇报后冷笑道。随后，他便在小姓和近臣的帮助下迅速穿戴铠甲准备迎战。
足利义辉在换上足利家祖传的大铠和戴上配有五枚金缀的头盔之后，将收藏的上百柄太刀中的三十余柄太刀插在地上宝刀插在走廊，与来袭的三好军对战，砍钝一把就换另一把，一直到用完最后一把刀为止，没有一人能够近得了他的身。
虽然足利义辉身旁有上泉秀纲、疋田景兼、丸目长惠等擅长剑术的武士护卫着，但是奉公众依旧扭转不了局势。进士藤延、荒川晴宣、荒川辉宗、彦部晴直、彦部辉信、杉原晴盛、小笠原稙盛、沼田光长、细川隆是、武田辉信、摄津糸千代丸、一色淡路守、治部藤通、治部藤阿弥等五十余名奉公众、侧近先后被三好军讨死。
就当足利义辉率残余奉公众暂时击退了岩城友通部后，上泉秀纲、疋田景兼、丸目长惠等人劝谏他立即向南近江坂本方向突围，抵达坂本之后便能联合六角家、朽木家等大名与三好家抗衡。
然而足利义辉拒绝了上泉秀纲、疋田景兼、丸目长惠等人的建议，仍然决定在二条御所内坚守。在双方激战多时后，足利义辉力斩百人，折损刀剑数柄，也已渐渐力怯，见三好军仍然如潮水一般涌来，层层密密，杀不尽，斩不绝，在见到二条御所已经被叛军完全包围地如同大海中的一叶孤舟，沉默的足利义辉已经对命运有所觉悟了，心知自己的大限已至，遂率众且战且退避入内室。
足利义