经过经过一段时间的特训，傲骨燕和木守宫都学会了基础的柔术，现在小智一行人要横穿武斗岛，去武斗岛的正面挑战武斗道馆。
“哎，那个好像是……”，走出不远，就看到一旁的陡峭壁上有一个穿着白大褂的人好像在查看着什么，而且好像还是熟人，小胜看到后说道，而后就看到一只长翅鸥飞了过去，把人给啄了下来。毕竟谁都不喜欢陌生人私自翻查自己的家，即便是没有恶意的情况下。
“小田卷博士”，小智他们立刻跑过去，原来是小田卷博士。
“哦，是你们啊，好久没见了。”小田卷博士看到是小智他们也很高兴。
“小田卷博士为什么会到武斗岛来呢？”大家坐到一旁的大石头上，小遥好奇的问。
“哦，我一直有一个心愿，就是能够研究这座岛上的神奇宝贝，比如说，那边的长翅鸥都是把巢穴修筑在陡峭的悬崖边上”。
“可是，爬上那种地方很危险耶”，小遥看着陡峭的岩壁心有余悸的说，也不想想自己上次为了抓刺尾虫也一样爬过岩壁。
“你在说什么啊，姐姐，在野外观察神奇宝贝的领域，小田卷博士可以一个很有名的人哦，为了能够观察神奇宝贝，什么样的困难，他都不怕，不管什么地方都敢去探险。”小胜马上站出来反驳小遥，拥护小田卷博士。
“呵呵，是这样嘛……”小遥在这些方面完全不是小胜的对手。
“很荣幸能够得到你的夸奖。”小田卷博士笑着说，“对了，小智，你们几个怎么会在这里，我还以为你们几个差不多快到凯那市了呢？”
“因为藤树非常厉害，所以我们就在这里训练了几天，现在才要去武斗道馆挑战。”小智解释说，说实话单靠傲骨燕和木守宫，能不能打赢超力王小智心里也没底。
“小田卷博士，我们可以跟着你吗？我们也想看看你的观察研究神奇宝贝。”小胜期待的眼神看着小田卷。
“当然可以了。”小田卷点了点头。
大家跟着小田卷博士来到了一处洞窟旁，刚走到洞窟入口，小遥就看到一旁正做着一个男孩，失落的坐在那里。
“你好，请问你是不是遇到什么困难了，我可以帮你，我叫做小智。”小智友好的和男孩打招呼。
“我叫和辉…”男孩也自我介绍。
“我的土居忍士…它……它被……两个带着喵喵的人给抢走了……。”
“什么，喵喵，是火箭队——”，一听是带着喵喵的两个人，已经和火箭队打交道很久的小刚一下就知道了。
“我在这里和土居忍士建了一个秘密基地，原本那里不会有人来打扰，是属于我和它的小天地，可是刚刚有两人一喵发现了这里，抢走了我的土居忍士，还把我赶了出来。”。
“可恶——”，就在这时，小遥突然爆发了，说道，“真是讨厌的火箭队，小智，我们帮他把土居忍士抢回来吧！”
“好了，我们一起帮和辉去把土居忍士夺回来。”，小智这时说道，随后大家就朝着和辉的秘密基地走去。
不过，“啊，我的秘密基地被破坏了”，一行人到达秘密基地后，就发现一片狼藉，桌椅等等都被损害了，而且墙上还开了一个大洞，向着里面延伸而去。
“我们去看看吧”，小智说完后，就朝前走去，大家也紧随其后。
“你们看，那个建筑物是……”小遥惊讶的说到，里面耸立着一座高高的建筑，和当初在古辰镇见到的地下遗迹的材质差不多。
“没想到，在地下会有这样的建筑。”小田卷博士也是大吃一惊。
“那里有人”，小刚随后看到建筑旁有人在那里，是一个身穿红色斗篷的男人。
“是当初在古辰镇见过的那些人”，小遥一眼就认出了那些人，而后，建筑旁边的水里也跳出五个人，一身蓝色潜水服。
“大狼犬，使用影子球”，身穿红色斗篷的人，立刻让身旁的大狼犬使用影子球来攻击水里出来的五个人。
“利牙鱼，使用水炮”，那五个人中心的红色卷发的女人也说了一句，随后就看到水中出现了一只利牙鱼，用水炮挡下了大狼犬的影子球。
“辛苦你们了，谢谢你们帮忙，火岩队”，那个女人对对面的人说道。
“水舰队，果然是你们”，而那个身穿红斗篷的男人一看是自己的死对头，水舰队的人。
“这里就留给我来处理，各位就请先走吧，尽量避免不必要的对战，以完成任务为目标”，随后女人让旁边四人去建筑物里搜寻东西去了，“火村行动队长，由你亲自出动，这件事看来，火岩队一定很看重这个遗迹喽！”
“行动队长泉美吗？你应该很庆幸这个地方有水，才能让你使用最得意的利牙鱼”，红斗篷的男人是火岩队的行动队长火村，而潜水服的女人则是水舰队的行动队长泉美，双方都是各自组织的重要成员。
“是火岩队和水舰队，他们的关系好像很不好的样子。”躲在一旁的小智说到。
“这两个名字我好像听过，好像是利用神奇宝贝来做坏事的人，不过他们来这个遗迹想要做什么。”小田卷博士沉迷于研究，也很很不解。
“现在不适合动手，看来只能等下一次好了。”小智心想到，现在他身边有那么多人，打起来不方便我老姑小遥它们，他们人多麻烦。
“如果这里没有你们想要的，只有我们追逐的力量的话