后来到了后几代皇帝的时候，内阁阁员也只有私下给皇帝出主意，代皇帝批阅奏章而已。直到明英宗时期，他准许太监王振建立司礼监代皇帝“批红”，他把批阅和审核奏章的权力交给了内阁阁员。也就是说当时文人组成的内阁阁员和太监组成的司礼监成为了皇帝的左右人，一个管出主意，一个管批准不批准。除了一些大事情要上报之外，一般的军国大事就由内阁和司礼监处理了。从此内阁渐渐走上政治舞台，渐渐代替六部成为了中央政府最核心的衙门。自此内阁阁员成为了没有名义的宰相，成为了不是宰相的宰相。
到了嘉靖皇帝中后期，内阁的权利到达了顶峰。嘉靖皇帝号称二十年不上朝，除了偶尔个别会见几个内阁阁员之外，一般的大臣几乎不认识嘉靖皇帝本人。所有的国家大事都交给内阁阁员和司礼监负责不说，其实权力掌握在内阁首辅严嵩和司礼监掌印太监吕芳两个人手里。所以大家管严嵩这个内阁首辅称之为外相，吕芳这个司礼监掌印太监为內相。文武百官以严嵩马首是瞻，锦衣卫、东厂和司礼监等部门只听吕芳一个人的话。百官称严嵩为“严相”，大半的官员都是严嵩的弟子或者弟子的弟子，在严嵩面前行弟子礼。锦衣卫和东厂的人，跟着太监们一起称呼吕芳为“老祖宗”，真的把吕芳当做自己的祖宗一样供着敬着。
但是嘉靖皇帝不是傻子，他也防备着严嵩和吕芳。严嵩虽然控制着朝局，但是不是所有的人都愿意屈从于严嵩。嘉靖皇帝就把徐阶等几个和严嵩不对路的人保护起来。有意无意地壮大徐阶的力量，最后把徐阶安排进了内阁，让徐阶和严嵩内斗不止。只有这些人内部不团结，皇帝的位置才会太平。对于吕芳这个奴才更加简单了，吕芳再怎么样也只不过是一个太监，太监的一切都是主子给的。皇帝作为太监的主子，他可以给奴才一切，也可以收回一切。嘉靖皇帝利用陈洪牵制吕芳，必要的时候直接把吕芳换了，导师胡吕芳就什么也没有了。
按照内阁的传统，内阁有正式成员三到四名，统称为内阁阁员。但是因为分工和排名有先后，所以等级和权利也有区别。第一名为内阁首辅，是真正的“一把手”，是真正的宰相，百官之首。负责全面管理军国大事，分管吏部，负责官员的调动和升迁。相当于现在的国务院总理兼全国组织部部长；排名第二的是内阁次辅，分管军队和兵部，有时候也分管刑部或者工部。相当现在的国务院常务副总理兼国防部长兼政法委书记；第三名是内阁三辅，一般分管户部和全国税收，管国家的财务问题。相当于现在的国务院副总理兼财政部部长兼国税局局长兼储备部部长；最后一名为内阁四辅，分管礼部和后勤。相当于现在的国务院副总理兼教育部部长兼文化部部长兼军队后勤部部长等职务。
严嵩主政的时候他什么事情都一把抓，不但兼管吏部、户部、兵部，而且连不应该插手的都察院他也管了。除了没有油水的礼部，麻烦事情多多的刑部之外，就连工部也不放过。工部尚书也就是工部一把手是严嵩的儿子严世藩，严世藩为了自己的利益什么钱也都敢拿。不但在几个大工程中间中饱私囊，偷工减料不说，而且连一些嘉靖皇帝的私人工程也敢动手脚，差一点真的害死嘉靖皇帝本人。为了控制出仕人员，为了让自己的人上台，严嵩霸道地从徐阶分管的礼部分走最有油水的科考权。也就是说将来各地的科考，不再属于礼部的范围，直接掌握在严嵩手里。徐阶对于这个决定是敢怒不敢言，只好任由严嵩一个人控制大局。
严嵩之所以霸着内阁首辅的位子不下台，第一是因为不愿意放权，第二是为了他的儿子严世藩。严世藩是一个连严嵩都觉得不错的接班人，嘉靖皇帝更是曾经默许过让严世藩接班，成为父子两代内阁首辅的美名。可是想要父子两代人同在内阁已经不容易了，想要儿子直接接老子的班更是不容易。这么多人盯着，这么多人看着，严嵩不能直接不管不顾地把位子留给自己的日子严世藩。所以严嵩只好坚持着，坚持到严世藩有资历有能力接管内阁后，严嵩才决定离开内阁。严嵩一面霸着位子不放手，一边努力培养儿子严世藩。大家都知道这个事情，所以不管是自己人还是外人，都喜欢称呼严嵩为“严相”或者“严阁老”，严世藩为“小阁老”。
严嵩不是一个傻子，也知道严世藩进入内阁不容易，想要直接接手内阁首辅更加不可能。所以严嵩开始打自己的小算盘，想法子把权力过渡给自己的儿子严世藩。为此严嵩曾经私下找过徐阶，为了儿子严世藩的前途，严嵩也曾经想过让步。严嵩承诺把内阁首辅的位置让给已经是内阁次辅的徐阶，条件是徐阶赞同把已经是“内阁行走”的严世藩提拔为内阁阁员。只要徐阶让严世藩成为内阁阁员，并暗中照顾一二的话，严嵩马上向嘉靖皇帝请辞同时推荐徐阶担任下一任内阁首辅。严嵩给一个徐阶梦寐以求的内阁首辅地位，换来儿子严世藩正式成为内阁阁员。不用几年的时间严世藩就可以利用老子严嵩留下的资源一步一步高升，最后挤走徐阶成为内阁首辅。这是严嵩的小聪明，徐阶也是知道的，但是徐阶真的有点心动。徐阶相当内阁首辅已经好久了，要不是严嵩霸着不让位的话，徐阶已经当上了内阁首辅。虽然徐阶知道他就算当上了