离开夜叉岭后，基利并没有回到吐蕃，而是在川康一带的藏传佛教寺院内住下，这期间他的行为不可细考，也未见于其他史料。
蒙元在云南建立中枢行省时，基利似乎摒弃了教派芥蒂，一直在蒙古帝国巨大疆域内的各寺院间传经讲法，据传期间还去过天竺，考证老子化胡经的真伪，随后还参加了佛道间著名的辩论；蹊跷的是，在正史记载的佛道辩论会里，并未留下这个名字，也许只是基利对徒弟们撒的一个谎，也或者他用了一个假名。
虽然每隔几年基利都要回到云南，但是据查未再回夜叉岭北，也未向元朝政府泄露月宫的情况，如此奔波了几十年，最后在基利大约80岁的时候，归隐于洱海以东三十里的灵觉寺内，不再问世事。
一直到了元末，关于灵觉寺内高僧基利法力高深，并且已经活了一百四十岁的传闻不禁而走，但是世间并没有多少人知道其中虚实。
元至正元年，与基利有交往的妙峰和尚在游龙山上兴建游龙寺，山下积水潭中突然出现恶龙，阻断了工程。妙峰和尚显然知道一些基利道行的，于是请他出山驱龙，基利欣然而往。
因为基利做法驱龙时，围观者众多，所以《诸事考略》记载此事颇为详细。
文中记载：整整一个白天，基利只站在山巅观看积水潭中的恶龙游动，而看热闹的来百姓也越聚越多，都在几里外山上看着；有眼力好的说，这个和尚怎么可能有一百多岁，分明只有五十上下，怕不是来骗人蒙事儿的吧？到了午夜月盈时份，基利忽然将手中六环伏魔杖指向积水潭，片刻后，那谭水如开锅般沸腾起来。基利再挥动伏魔杖向南一指，两条恶龙便腾空而起，隐入稠云，向南遁去，从此不再回来。
基利和尚一杖驱双龙的故事，立即就传到了末代梁王巴尔扎拉瓦儿弥耳中。当时，元朝在中原的腐朽统治正处**速瓦解之中。梁王坐镇云南，却苦无实力自保一方，于是突发奇想，想借奇门法术来支撑局面。
《诸事考略》记载，梁王第一次赴灵觉寺与基利密会，基利并未答应出山挽救元朝。只是说了一句：本朝气数已尽，倾覆在即，此乃是天意，不是阳世间的兵马可以扭转之类的扫兴话。
梁王碰了一鼻子灰，悻悻而回。但是身边有官员听出基利话中机锋，于是进言道：高僧所谓，非阳世间的兵马可扭转之言，似有奥妙；数月前，有人眼见高僧持鎏金六环伏魔法杖站立龙潭之上，有如神人一般；其法力之骇人，即使扭转不了天下，庇护云南这偏僻一隅，怕是足够了。梁王顿有所悟，觉得基利当日所言，确实暗有所指。于是隔月再秘赴灵觉寺，求护国之策。
这一回，基利不再遮掩，直说中原覆亡就是眼前的事了，他无力逆转乾坤；但是说到法术，早年因为一些机缘倒是学会一门赴黄泉、借阴兵本事；如能布设此“太阴尸阵”，不消战就足可以吓退敌军，只不过，施展此法要劈山开坛，耗费实在巨大；另外还需掘墓开坟，积尸成山，也着实过于阴损；所以他劝梁王不要再做此想，中原若遣使劝降，不如就降了，也可保此地百姓平安。
梁王哪里肯轻易罢休，当即痛哭流涕，跪地叩拜，称如能阻挡中原大军南下，金山、银山他都有；基利见梁王决心已定，这才半推半就，受拜做了护国法师。然后，他又与梁王约定，这件事只能偷偷来办，万不可将消息走漏出去。
据《太阴仙宫陨如凡尘诸事考略》中记载，基利离开寺院前，自知日后所行之事，邪佞昭彰，狂悖乖谬，绝不为佛门所容；于是在大雄宝殿外，对着大日如来法像叩拜了半日，其间灵觉寺上黑云压顶，擂鼓般的惊雷自东方滚滚而来；直到基利磕破头皮淌下血，起身离开山门，阵阵滚雷才歇。
基利离去时，在佛堂前留下了，经、律、钵、瓶，三衣、念珠、坐具等物；只带走了那根形状怪异的六环伏魔法杖。从此后，他自绝于正道，再未踏足佛门。
此后十余年间，没有人知道基利的所作所为，他和他的徒弟们藏匿于山野莽林间，行迹飘忽不定；只是每月初，基利必然遣人赴中枢行省府库提出梁王应允的白银。而梁王自以为有世外高人相助，有恃无恐，将明庭数次招降的使节全部斩杀，以示必死抵抗的决心。
洪武十四年，明朝北境稍定，太祖命大将傅友德率军三十万，由黔入滇攻打梁王，只一年间大军所向披靡，元军望风而溃。
洪武十五年，昆明不战而破，梁王投滇池自尽。而护国法师基利只是在昆明城破一个月前，差人支取了最后一笔钱，从此后就消失在了所有人的视线中，不再露面。
由以上记载可以推测，基利对梁王的效忠几乎就是一个谎言。而他在与梁王两次密商国是时，先是假意推脱，却又有意无意地流露出他有借阴兵的法力，也很像是欲擒故纵的伎俩。其真实的目的，没有人知道；但是显而易见，他只是借梁王的钱和势，来办他自己的事。
由于基利借阴兵的阴谋鲜有人知道，明朝军队攻打到沧山附近时，并没有防备。蓝玉部将魏人龙率一支偏师偷渡雾水河疾行向南，以图从侧后偷袭龙尾关，一举完成切断最后残敌退路的战役企图；军马连夜经过沧山附近无名山岭时，蹊跷被迷雾所阻，魏将军碍于军令所限时日，只得涉险进兵。
子夜时，前队骑兵走到了雾