这是一个世界，一个由神奇异兽创造的世界，在这个世界上有许多的神奇异兽，同样也有人类，虽然是异兽创造的世界，但是人类依旧是天地的宠儿。在异兽统治的大陆上，人类依靠智慧在异兽手中夺得统治权，并运用智慧制服了异兽，将这些拥有特殊能力的异兽收服，并依此运用它们与其他异兽争斗。在漫长的争斗中，人类发现了这些异兽拥有种族差异，属性之分，还有等级之分。其中便有其中几种先诞生的异兽，它们拥有强大的能力，这是其它异兽所没有的，它们的实力很强，所以被人类称为神兽，那只创造世界的一首被称为……创世神阿尔宙斯。人类没有去打扰它们，让它们发怒，而神兽们也没有去干涉人类的生活。
从此人类开始新的篇章，人类在快速的发展，而那些被收服的异兽渐渐地融入人类的生活，凶性也慢慢地消散，除了野生的以外，野性它同样消散，形态也慢慢开始改变。因此根据生长期的不同，有的异兽在不同生长期拥有的形态也不同，或许这是保持体内潜力而进化出来的方式。有的拥有三个生长期，有的只有两个，甚至有的直接是成熟期，人类称这种生长期的变化为进化。而这些异兽也被人类称为……神奇宝贝。
时境过迁，人类的繁盛兴衰经历王国群立的年代，众雄争霸的年代，双王争锋的年代……其中有许多绝世天才出世，而在这世界上最强的便是双王，但是他们的最后之战却无人知晓，这……是一个无人知晓的谜，或许参与这场战争的人知道，但是那场战争无人存活，因此这个谜成为了世界的未解之谜。最后人类成立了一个联盟，一个管理拥有神奇宝贝的人的联盟，而世界也被分成几个地区，每个地区都有一个联盟分部，拥有神奇宝贝的人成为了一个训练师，训练师通过对神奇宝贝的训练、指令等方式与其他训练师决斗，但不允许出现死亡现象，而且训练师的神奇宝贝不允许伤害到人类，违背的人将受到联盟的通缉。而人类也开始围绕神奇宝贝展开了新的生活，自此人类的生活开始繁荣昌盛。
神奥地区，传说创世神与其座下三神便沉眠于此。天元山，是神奥地区最高的山峰，也是神奥地区的标志，这里的神奇宝贝也比其他地方的强上一筹。在天元山上的神奇宝贝中心里，一个十五、六岁的少年正躺在病床上，旁边还有一位穿着护士服的份发少女，看她的样子也不过二十岁，此时的她却满脸担忧的看着病床上的少年，这个少女是一个乔伊，乔伊是这世界上的医生，是一个大家族，在世界各地都有生气宝贝中心帮助训练师和当地的人们，而乔伊就是神奇宝贝中心的负责人。世界上的一大奇闻就是每个乔伊和君莎几乎都一模一样，君莎同样是一个大家族，只不过君莎是警察，警察局的负责人。在这世界上还有许多家族，其中有几个大家族，而乔伊和君莎并列第三。
躺在病床上的少年手指微微动了一下，那乔伊看见他的手指动了，就知道他要醒了，她那俏丽的脸终于恢复原来的美丽了。少年慢慢睁开了眼睛，看着这陌生的地方，不禁疑惑：这是哪？我怎么会在这里？我记得我看见一条黑色的闪电劈到我面前，接着我就晕过去了，难道我没死？这里又是哪里，少年满头疑问。
“小枫你终于醒了，又没有什么不舒服的地方啊！”
少年满脸疑惑的看着她：她是谁？怎么知道我的名字。“请问你是谁？我们认识吗？”
乔伊被吓到了：“小枫你不要吓我啊！我是你冰姐啊！小枫!”乔伊抓着少年的肩膀激动的说道。
少年被这一下吓到了：“我真的不认识你啊！我们真的很熟吗？”
乔伊放开了少年的肩膀，一脸惊吓的样子，慢慢的向后退去：“不，不可能，小枫怎么可能不记得我呢！不可能……”
少年不忍心看到这个美丽的少女这样的伤心，这样的落寞，怕她做出什么出格的事情来：“你先冷静一下，别这样，可以吗？”
乔伊看着少年那英俊却略显稚嫩的脸，与自己记忆中的小枫一样关心别人，提了一口气压下自己心中的担忧，是自己尽量的冷静，发挥自己所学到的所有知识，来诊断少年的病。乔伊突然想到：这可能是失忆症，因为头部受到重创而导致失去一些记忆，不过这失忆症有可以恢复也有不可恢复的，不知道小枫的失忆症可不可以恢复。乔伊想罢表说：“你还记得自己叫什么吗？”
少年听见乔伊的话，回答道：“夜枫，我叫夜枫！”
乔伊听到少年，也就是夜枫的回答觉得很奇怪，不过乔伊把这归结到记忆混乱里了，乔伊觉得既然还记得自己的名字，应该还可以恢复，便向夜枫说：“我去查一查能帮你恢复你的记忆，等我一下。”
“哎！等一……”话还没说完乔伊就走出了房间，夜枫见乔伊走出去了，根本没有听见他的话很是尴尬，“怎么不听我说完呢！唉……嗯！”一声闷哼，突然夜枫的眼睛瞪得很大，瞳孔也在缩小，像是在忍受极大的痛苦，夜枫的手抱着头，过了一会，夜枫似乎忍不住了“啊……”一声惨叫，惊动整个神奇宝贝中心，也惊动了乔伊。“这个声音是……是小枫”乔伊马上放掉手中的书，奔向夜枫所在的病房，小枫，不要出事啊！
夜枫的病房里
夜枫似乎没力一般躺在床上静静的看着天花板，夜枫