起初阳光羞涩的只散发出淡淡的黄，淡得难以觉察。这微弱的颜色被玻璃窗挡在外面，感觉软软的，暖暖的，很舒服。不久，阳光有些放肆，它试探性地把颜色点点加深，黄、深黄，最后终于大胆地变成了金黄。站在窗前的我，那么轻易地与阳光亲密接触，它把金黄撒遍我的全身———从头到脚。
当然，这一切都是假的。一切都只是齐世自己的想象，他真正的感觉是四周一片漆黑，而且他感受不到自己的手脚，了只能做不规则的滚动。是的，其实他变成了一颗蛋。
这时齐世猛的惊醒了起来，意识无比的清醒，这时一道信息从脑海中传来，或许是信息量太大，他感到剧烈的头痛下意识的翻滚身体，于是他蛋形的身体，便开始翻滚的起来，虽然他已经察觉到不妥，想要停下来，但以他这样的形状，已经完全停不下来了！。。。。。。在这样的翻滚中华丽的昏了过去，头上冒出了星星。
这时一个白色头发的少女，正在山上漫步，倾听鸟儿的叫声，享受森林的宁静。兹兹兹兹，草丛忽然传了一阵声音，少女有点紧张又有点好奇的往前探了探，原来一颗小精灵的蛋。。。。
。。。。。女主和猪脚相遇喽！！
我们的猪脚到底怎么了？原来齐世在那场与小混混，小流氓的厮杀中不幸战死了～～～，好吧，原本想把我们的猪脚显得非常英勇的，但是作者我也觉得确实是太假了只好如实说来－－－－－－这只是一场单方面的屠杀。简单的说就是归天了，或许是老天开眼，或许说是他的勇敢和那份为了正义而不屈的心，磕到的那块石头，其实是红莲骑士兽的数据核心。红莲骑士兽在与其他皇家骑士们一起支撑世界避免数码世界和人类世界碰撞而毁灭，因番长狮子兽和颅骨兽牺牲后。终于明白人类未必都是自私邪恶。世界树并不是正确的，决定阻止世界树的毁灭人类的计划。在八足马兽帮助下回到人类世界，和另外几位皇家骑士一同帮助大门大阻止世界树，最终挽救了数码世界和人类世界。
但最终因为受伤过重，只留下数据核心，辗转反侧后，最终到了主角的头下；然后被主角那饱含勇敢和那份为了正义而不屈的心唤醒，虽然他很想救齐世但已经来不急了，只能带着齐世的灵魂前往数码宝贝世界。再前往数码宝贝世界的途中，却遭遇了时空风暴，被传送到神奇宝贝的世界了。红莲骑士兽为了保护齐世，耗尽了它最后的力量，最后齐世和红莲骑士兽核心数据融合在了一起，红莲骑士兽没有了主意识，齐世也失去了大部分记忆。
最终变成了数码宝贝蛋，接下来的故事，就跟前面一样。只不过被女主角误认为神奇宝贝中的小精灵蛋。
正式剧情就要开使始了，希望大家有点耐心。接下来介绍一下神奇宝贝的背景设定:
先是两个世界通用的：1，口袋妖怪的世界中，也存在有军队和各种枪支大炮，但是其和一般人所在世界(小智等所在世界)完全隔离，消息基本封闭，如同不许用枪支大炮捕捉口袋妖怪一样，战场上也不许用口袋妖怪来作战(从前的冷兵器时代是迫不得已，但是战场上，特别是双方大部队交汇处，绝对不允许使用技能作战。)违着重罚(战场不像一般的世界，偷猎者侥幸还可逃脱，但战场上找关系人十分好找。)黑暗势力不算。
2，不同的地区有着不同的“风土”[相同地区不同时间的“风土”也不同(火红时代的关东和初代时代的关东)]，其对口袋妖怪的所学技能和生活有着很大的影响，不同的“风土”可以让不同的口袋妖怪在其之上生活繁衍，学会不同的技能。但都有所限制，例如皮卡丘在方圆地区学会了铁尾，但要是关东地区的“风土”还未转化过来，就算它学会了也不能用(游戏党可理解为下一世代宠所学会的招在上一世代由于没有相应程序所以不可用啥的)同理，在风土还未转化的时候，有的大陆的某些口袋妖怪是不可以到其他大陆(就像不可以把勇战鹰传到白金学鸟栖一样)，但是各个大陆都有那么一种方法保留住那个大陆的“风土”，使得别的大陆上的口袋妖怪可以在自己的大陆上自由生活，但这种方法一般只是被少数贵族所掌控，使用对象也都是非野生的口袋妖怪。
以及各地区都有其独立的联盟，不同地区和联盟之间如果没有结盟的话，原则上是互相封闭消息的。就如关东和伊树地区如果没有结盟的话，两地的训练家是不可以去对方大陆去旅行的，如果去了就算偷渡，会被判刑。
结盟的主体，也就是说是起领导作用的联盟，这种地位是在战争中定下来的，这也是战争存在的意义。
以及在正式结盟的前几年，各联盟会选出一些人来当做先锋队员进行交换旅行。
各地区的联盟所作出的决定是根据各地区自己所组织的议会以投票制，大多数赞同所决定下来的。
议会的成员是由各地区的贵族，每个家族所固定的两个名额和由民间的高手所选举出的四大天王及冠军所组成。
设定中既然各地区有贵族这种社会阶层，那么各地区的贵族会为自家的下一代提前争取点福利是可以理解的吧。这里设定神奇宝贝的世界中，未成年的孩子拥有神奇宝贝是一件不被允许的事，因为他们很有可能会被那些神奇宝贝在无意中弄伤，也就是说，如果你有能力凭自己的能力抓住