六月间，何腾蛟兵败，总算有了跑到奉天府来见驾的名目了。此时的时局，远非几个月前可比了，刘承胤见何腾蛟兵败，对永历朝廷也开始骄横跋扈起来，竟要求改任何腾蛟为户部尚书专管粮饷，解除他督师的职务。刘承胤到现在名义上也还是何腾蛟的部下，何腾蛟对刘承胤的威福自操当然非常不满了。
永历帝拒绝了刘承胤的无礼要求，他仍然不死心，居然面见何腾蛟索取督师敕印。大言不惭地说：“今督师非我莫人能为也！”
何腾蛟很是油滑，很痛快地答应了下来，但推说敕印不能私授，须皇帝的旨意才可以办理交接手续。刘承胤怎么能不心知肚明何腾蛟的本意，也不再逼迫，开始安排在何腾蛟辞朝后半路袭击之。
何腾蛟打不过清军，还斗不过一介武夫吗？他推病不上朝，揣摩圣上也有了退回广西的意思，先是迎合朝臣们回驾桂林的呼声，上疏道：“使武冈果有山川之险，兵甲之雄，栗米之富？然未有处一隅而能图四海之大者，况堂堂天子呼？今日移驾大事，听皇上自择自行，敢有议迎留者，应当众戳之！”
争取了朝廷的好感和信任，复上疏，请将赵印选、胡一青的滇军拨给自己做督师亲军，得到永历帝的批准。于是，何腾蛟带着这三千精锐驻扎在武冈城外，几天后，突然连夜逃跑了。
第二天，刘承胤得到消息，还没来得及派兵追赶，就得到张先壁带着数万人马败退回来的消息。又听说何腾蛟也到了张先壁的营中，复打出督师的旗号，向武冈城杀来。刘承胤慌了，迫使永历帝下诏制止何腾蛟进城。何腾蛟、张先壁大怒，指责刘承胤劫驾，刘承胤则反斥何腾蛟为犯上。
此时，孔有德大军已在百里之外的消息传来，刘承胤害怕了，趁夜裹着永历帝和满朝文武连夜离开武冈，逃到了广西的全州府。何腾蛟等也没有时间追击了，进入武冈城就着手准备迎敌了。
九月，武冈、永州治所零陵相继失守，刘承胤派部将陈有龙进入湖南的永州地区迎敌。两军在斗溪铺大战一场，参将蒋虎、孙华、张承明、张大胜、聂鸣鹤俱战死，陈有龙领着不到百人跑了回来。刘承胤的心思开始活动了，竟派陈有龙复去请降。
孔有德见到刚才还浴血奋战的陈有龙，怎么看都觉得其中有诈，还说什么要献上永历帝做见面礼，天下竟有这等好事？好在孔有德只是拒绝，没有当场杀了陈有龙。
刘承胤有些急眼了，一面下令全州城门严加看管，防止永历朝廷出逃；一面自己剃头留发，亲自前往孔有德的大营接洽。
应该承认，朱由榔在逃命这件事上经验丰富，确有非凡的天赋。他知道现在的岷王是刘承胤的女婿，趁着刘承胤不在，兄弟刘承永巡城的时机，由岷王带着，亲自跑到刘承胤的府邸来见刘母。
面对跪在下面，一把鼻涕一把泪、没有一丝皇帝尊严的朱由榔，刘母终于被说动了。她亲自带着永历帝来到南门，以死相逼，喝令刘承永打开城门，放永历帝出城。
在总兵官侯性和马吉翔的保护下，永历帝带着太子逃了出来。见永历帝跑了，刘承永也就不再为难满朝的文武了，得到消息的大臣们保着朱由榔的家小也逃出全州，跑回了桂林。
永历帝见到留守桂林的瞿式耜，很是恼怒，竟没有一丝的反省，依然不听他的苦劝，等着家小到了桂林，就一溜烟地跑到了梧州。
何腾蛟经营湖南一年多，兵员多到号称十三镇，又提拔了一批自己的亲信出任总兵、知府等职，到头来，不仅没有收复湖北寸土，反而在四万清军的南下时全盘瓦解。据多尔衮收到孔有德的报捷奏章：除去郝摇旗（郝进忠）在桂阳，张先壁在沅州、武冈的抵抗外，南明将领非降即逃。投降的不仅有大明安国公刘承胤，封为伯爵的王进才、刘承永、董英、高清浩、郑其英，还有总兵官四十七员，以下官员二千余人，马步兵十万有奇。
全州投降以后，何腾蛟跑到了兴安，立即以督师的名义发出檄文，命令各路将领奔赴兴安堵截由全州南下桂林的清军。郝永忠、李赤心、高必正、卢鼎、张先壁、赵印选、胡一青先后云集到了兴安。
孔有德的大军到达了兴安之后，一面命手下猛攻，一面派出六百骑兵、三千步兵的部队，走山间的小路，绕到兴安背后，直接进攻桂林。瞿式耜接到警报时，明磊的大军还在梧州，桂林只有几千新军。
得知清军攻来，同瞿式耜一同留守桂林的侍郎朱盛浓、巡按御使辜言泰、广西布政使杨垂运等竟声称要向明磊求援而集体未战先逃了。于是，桂林城中惊慌一片，大小官吏、士卒、百姓纷纷逃离。等城中平息下来，瞿式耜再看看，身边只有焦链所率的亲兵卫队300人了。
此时，瞿式耜反倒不惊慌了，命家人搜尽家藏，甚至将夫人邵氏的首饰也献出来，分发给这三百士卒，以振士气。但桂林城毕竟太大了，别说城墙了，就是分兵把守几处城门，这点兵力也象撒下芝麻般，没有什么作用的。所以，焦链只是将这三百人聚在城中。
清军数百骑很轻易地突入文昌门，迅速登上城楼。瞿式耜闻讯，一路飞跑，疾呼焦链迎战。
焦链骁勇善战，来不及披甲，干脆将上衣也脱了，赤裸着上身，将大刀背到背后，飞身上马，抓起一把硬弓就冲了出去。到了城楼下，焦链挽弓就射，一连射倒