安顿好众人后，张煌言请葛明到中军大帐议事，屏退亲兵，沉声说道：“清虏侵入江南后，剔发易服，横征暴敛，残酷迫害士民，父老乡亲沦为亡国奴。各地义师纷起，无奈朝廷已灭，义师如同一盘散沙，无法形成合力，共抗清虏。钱肃乐大人委托我到台州，要请鲁王殿下监国，借以号令天下，统一领导抗清武装。鲁王殿下慷慨应之，抱病而出，浙东义师纷纷上表归附，抗清形势顿时大好。尽管殿下无雄才大略，可是在危难中肯于担当，多次亲临战场前线，不避锋镝，带领民众誓死抗清。后来殿下和隆武帝争夺正统，被清虏各个击破，舟山亦失，只好到厦门依靠延平王，居于金门。延平王不满昔日殿下和隆武帝之争，衣食供奉日薄。我虽岁时供奉不绝，但又虑延平王疑心，故近十年不敢入谒殿下。殿下历尽艰难坎坷，飘泊如浮萍，到了金门亦是生活清苦，充饥唯有番薯。”说到此处，张煌言掩面而泣，泪如泉涌。
过了片刻，张煌言擦了擦眼泪，向葛明深施一礼。葛明慌忙还礼，大惊道：“在下不敢当此大礼，不知张大人何故如此？”张煌言热切地说道：“葛兄弟，清虏此番大举进攻厦门，志在必得。我担心鲁王殿下安危，想请你和葛夫人到金门。你们夫妻文武全才，危急时可护保殿下脱离困境。”葛明慨然道：“张大人放心，我们即使舍弃身家性命，也要保得鲁王殿下平安。”
三日后，舟山郑军近百艘战船来到南田岛，留下些武器军资。万云龙和弟子们先登上战船，葛明道别张煌言，携妻女亦上了船，扬帆海上，顺利到达厦门。
万云龙、葛明先是拜见了郑成功，又去拜访熟识的将领。得知郑成功回到厦门后，立即祭祀阵亡将士，厚赐优恤阵亡将士家眷，议定南京战役的功罪，人心渐已稳定。又加紧筹备粮饷军资，把驻守浙东各镇陆续召返厦门，整军练武，准备痛击入侵的清军。万云龙大感放心，便到寺庙里主持香花僧事务。葛明携妻女来到金门岛，把妻女安顿在原住处后，急忙去觐见鲁王，送上了张煌言捎来的金银财物。又召集鲁王的侍卫，共商保护鲁王之策。众人议定，平日严加防护，但有危险，立即把鲁王转移上船，扬帆海上。
顺治十七年三月，大清安南将军达素率军到达闽南，征集一千多艘战船，停泊在泉州、海澄、同安等港湾内，但见桅杆林立，船帆如云，向船上搬运军资的人络绎不绝，一派紧张的备战气氛。达素马不停蹄，立即开始布置军队，自己与同安总兵施琅率军驻扎同安；以福建总督李率泰为主将，海澄公黄梧为副将，驻扎漳州；令广东水师总兵许龙和苏利部先袭击粤闽郑军岛屿，再寻机从外海进攻厦门、金门。各部清将领令后，日夜训练士卒，收集军事情报，准备趁五月南风正盛，各路大军合击厦门。
得到清军的战斗部署情报后，郑成功立即针锋相对调兵应对。令镇守南澳岛的忠勇侯陈霸严密监视，防范清军水师许龙、苏利部入侵，再命驻守铜山岛的忠匡伯张进率水师巡视海上，策应南澳岛郑军，阻挡清军水师从外海攻打厦门、金门。接着布置厦门岛的防御，亲率水师驻扎海门，应战海澄方向来的清军；任命林察总督水师，应战同安方向来的清军；调取三镇水师北上，封堵泉州港。在岛上战略要地，皆安排了军镇防守。
为了免除将士们的后顾之忧，郑成功传令把将士家眷搬往金门岛，并派精兵强将在岛上保护，另调周全斌等部水师驻泊金门外海，防止清军水师从海上偷袭。葛明见郑成功布置缜密，料想金门岛安全无忧，与鲁王护卫交待了注意事宜，辞别妻女，乘船来到厦门岛，与万云龙汇合，参加万礼旧部前冲镇作战。
五月初十日清晨，正值退潮之时，清军四百多艘战船顺着潮水从漳州驶出，直扑厦门岛附近的圭屿。郑成功见潮水不利，担心战船顺潮流飘向外海，传令所有战船抛下碇石，泊成一条鞭阵形，用铳炮打击清军。待潮平风顺后，有令方准起碇冲杀。清军船队顺风顺潮，来势凶猛，须臾便进入射程。郑军战船率先发射火炮，清军立即发炮还击，海面上顿时烟雾升腾弥漫，炮声轰鸣，水柱接连冲天而起。
清军数十艘战船突破火炮封锁，冲至郑军战船近前，包围了先锋忠靖伯陈辉与闽安侯周瑞的坐船。清兵们先是射出一轮箭雨，随后跳帮到郑军船上，与郑军将士们激烈地拼杀。郑军其余战船只能发射铳炮支援，却不敢违抗军令起碇上前相助。
先锋船上战况惨烈，清兵尸体横陈甲板，郑军将士们几近伤亡殆尽，闽安侯周瑞亦中箭身亡。忠靖伯陈辉砍杀一个清兵，便镇定自若地走进官厅内，端坐在椅子上，令两个亲兵搬来火药桶，打开盖子，放在身后。
二百多个满兵见郑军船上无人，争相跳过来，急急冲入官厅内抢功。陈辉一声怒吼，把钢刀掷向一个满兵，正中其胸口。亲兵立即点燃了火药，满兵们吓得向厅外跑去。巨大的爆炸声响起，炸裂船板，清兵们被炸得肢体横飞，鲜有人存活。陈辉被巨大的爆炸波抛到海中，侥幸逃生，被其他郑军船只搭救。清兵们见状，纷纷驾船逃避，再也不敢跳帮厮杀，只是远远地发射铳炮箭矢。
近正午时，潮水渐平，东南风起，郑军形势立时变得有利。郑成功下令所有战船起碇冲锋，顿时喊杀声震天，郑军战船