锦衣卫分为南，北镇抚司和中镇抚司以及侍卫亲军，仪仗队，侍卫亲军由将军、校尉和力士组成，将军名为“天武”，选取体貌雄伟、大能力者充任，作为殿廷卫士。校尉、力士拣选民间身体健康、没有前科的男子充任，校尉掌管卤簿、伞盖，力士举持金鼓、旗帜。
负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南北镇抚司，其中北镇抚司传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。其中“南镇抚司”负责本卫的法纪、军纪，监督北镇抚司有无违纪。
最为特殊的就是中镇抚司，负责监管整个明皇朝内大大小小的门派，下辖掌管着无数间谍以及密探，同时有权知晓和接办南北镇抚司内部任何有关江湖人士的消息与案件，为锦衣卫中最神秘的机构！
锦衣卫南北镇抚司在明皇朝荆州、兖州、雍州、青州、冀州、徐州、豫州、扬州、梁州九大州各设立镇抚都督府，由镇抚使掌管。各州镇抚都督府在下辖各州府依照规模设立千户所和百户所，以便帮助明皇监控天下。
锦衣卫共设都指挥使一人，正一品；
南北中指挥使三人，正二品；
指挥同知六人，正三品；
指挥佥事六人，从三品；
镇抚使九人，正四品；
千户，从四品；
副千户，正五品；
百户，从五品；
试百户，正六品；
总旗，从六品；
小旗，正七品。
下属有将军、校尉、力士，对外有参某某事、校令，而柳仙则是扬州江城一百户所内的锦衣校尉。