此后一段时间汉克很高兴地以比较正常的形象生活，但好景不长，大反派天启发动了对人类的灭绝攻势，把天使改造成死亡使徒，还有饥饿、战争、瘟疫三个使徒，其中瘟疫能散布怪异的病毒，汉克被感染后虽然没死，却出现了智力逐渐退化的症状，每次使用他的超常体力后智力就会下降一个档次，最后变得像儿童一样。这种情况持续到天启败退和天使醒悟后，一个可以使人狂暴化的女人试图控制冰人，汉克保护朋友时被此女的力量触及，再次发生剧烈生理变化，重新变成了长毛兽人，智力也回升到高水平。x因子又经历了几番起落后，五位成员终于回到了x战警中。在金队和蓝队并立的时代，汉克主要在镭射眼的蓝队。这段时期他本人的主题故事不多，主要的出场都是作为队伍的技术顾问，包
括设备开发和医疗检查，以及给新学生出题等等。他有过一些以自己的名字命名的短篇漫画，如在《bea》中帮助一名年轻学生追寻其失踪的家人，但这些故事都不太重要。在x刽子手之歌事件后，对变种人致命的legacy病毒被释放到地球，汉克和莫拉博士开始了艰苦而漫长的分析治疗研究。这时由于历史改变，出现了名为天启时代的时空，在那里，被称为黑暗兽的汉克·麦考伊是个典型的疯狂科学家，以肆无忌惮地在俘虏身上做实验闻名。在天启时代变成平行世界之际，黑暗兽是少数几个穿越到地球616的人物之一。他继续着杀戮生涯，很快发现了这个世界自己的对应体野兽，开始调查他的过去，然后逐个杀死他的老熟人（仅在杀汉克父母时，他下不了手而放弃了）。当汉克发现这一切时，自己也被黑暗兽囚禁了，后者伪装成他的模样进入了学校。他的外部特征与汉克基本一样，没人发觉有异，除了x教授，而这时他已经被怪物on的思想占据，对黑暗shòu_yù擒故纵，把他招成下属，但很快剑齿虎和魔形女救出了真正的野兽，黑暗兽只得再次躲藏起来。
on的大战之后，汉克留在人员减少的x战警中。对病毒的研究始终没有实质性进展，而社会对变种人的压力也越来越大，长期在实验室里的汉克也变得越来越失落，直到莫拉在被魔形女杀害前把自己的最新进展给了x战警，汉克终于开发出了治疗方法，但很快发觉必须要在一个健康人身上植入才能活化，而被植入者必死无疑。汉克失望地把药剂收起来，但不愿看到病毒肆虐的钢力士偷走了它，在自己身上注射，牺牲性命使其生效。
当暴风决定不顾x教授，自己去寻找命运日记时，汉克跟她一起走了，然而很快就在西班牙遇险，遇到一名神秘的超能力者vagas，被他轻易击伤，并眼看着队友灵蝶在自己面前被杀；队友e（贤哲）用精神力治疗昏迷的汉克，促使他身上逐渐发生了二次变异，从原来接近猩猩的模样转化成类似狮子的猫科动物模样。
心灰意冷的汉克又回到了学校。此时随着学校秘密公开，大批学生进入，他也忙于应付新的课务，主要工作是教导科学课程和保健，还担任过不成功的课后辅导工作。镭射眼号召自己的队伍积极参与校外公共行动，汉克是其中一员。他结识了具有外星人血统的绿发女人布兰德，天剑（s.w.o..d.）局的特工，虽然不满她利用x战警的间谍手腕，但在共同的战斗中逐渐有了好感，由此他参与了天剑的反地外入侵工作。
野兽
在大事件之后，世界上大部分变种人丧失了超能力，这个种族濒临灭亡。汉克耗尽心力也无法找出解决办法，不得已向他们的敌人——那些精通生物科技的狂人求教。黑暗兽再次出现诱骗他和自己合作，其实只是为了找机会继续做他的**实验。汉克在所有策略全部失效后，拜访了魔法师奇异大夫和疑似绯红女巫的女人，最后只得承认这次由魔法造成的浩劫是自己这个科学信徒难以处理的。
x战警主力在学校再次被毁后转移到旧金山，汉克随行而去，在此期间，他奉命追踪消失在未来的链索和毕肖普，进行了大量繁复而徒劳的时空调查；他已经察觉到镭射眼变得越来越冷酷，十分不安；在黑暗王朝时期，奥斯本囚禁了汉克，让黑暗兽冒充他参加黑暗x战警，幸好镭射眼等及时救了他。然而在变种人庇护所乌托邦，汉克终于发现镭射眼一直以来为了生存而暗中策划了一些见不得光的血腥行动，感到难以忍受，终于离开x战警，重新加入了阔别多年的复仇者。他在史蒂夫·罗杰斯的秘密复仇者队伍中担任技术支持，在恐惧之源事件中赶赴遭纳粹攻打的华盛顿，目睹了自